中國儒學，不僅僅只有朱子學，還有陽明心學也傳到了日本。雖然歷史上沒有心學傳入時間的詳細記載，但是在日本興起陽明學派，是從17世紀的中江藤樹開始的。
中江藤樹本來是一個朱子學者，但他漸漸地對朱子學產生了懷疑。因為他這個人的學風就是不太重視記憶和背誦，而重視體察和內省。到了37歲的時候，中江拿到了王陽明的全部作品，讀了後猛地省悟過來，於是“轉了專業”——從信奉朱子學轉而研習陽明學了。
在學問上，中江藤樹接受了陽明關於“良知”的說法，並且用陽明心學把《大學》、《中庸》和貫穿了起來。在生活中，中江是一個孝子，所以他又非常推崇孝德，甚至把“孝”當作宇宙的本體。此外，中江還把他們本國的神道同這些儒家學說結合起來，形成了神儒合一的理論。而中江的後人，比如熊澤番山、淵崗山、佐藤一齋等人也都有這個特點。
所以，日本陽明學派雖然繼承了中國的陽明思想，但有著日本人自己的思維特點。像這些日本學者，大都主張應該調和朱子學和陽明學之間的矛盾，把儒學和日本神道結合。而且在“知行合一”的問題上，他們把王陽明重實行的思想，同朱熹“格物窮理”的理論結合在一起，從而為吸收西方近代自然科學提供了一種積極的態度。這一點也可以為我們解釋日本的思想界為什麼能夠迅速地接納西洋的學術。