南宋兵制大體上沿襲北宋制度，兵役制仍以募兵為主，禁軍、廂兵、鄉兵等各種軍隊的名稱仍然存在。所不同的是，禁軍作為國家主力軍的地位已為新形成的駐屯大軍所取代，西北邊防的藩兵也因陝西的失去而不再存在。
建炎是宋高宗趙構的年號(公元1127—1130年)。靖康元年(公元1126年)，趙構被任命為河北兵馬大元帥，宗澤為副元帥。趙構把所領軍隊分前、後、左、中、右五軍，這是南宋建軍之始。趙構即位後，將三衙和樞密院閒置一邊，另置御營司，由宰相、執政兼任正、副使，其下設都統制，統管御營兵。御營兵分為五軍，後因苗傅和劉正彥兵變，五軍成為三軍。即劉光世的御營副使軍、韓世忠的御前左軍和張俊的御前右軍。南宋兵制初具規模。到建炎四年(公元1130年)，御前左右軍改為神武軍，御營副使軍改為御前巡衛軍，統歸樞密院領導，撤銷御營司，恢復北宋舊制。
紹興元年(公元1131年)以後，南宋在江南穩定了統治，兵制漸趨穩定。當時，除川陝的吳玠〔jie介〕大軍外，東南地區的大軍為劉光世的御前巡衛軍、韓世忠的神武左軍、張俊的神武右軍、王躞的神武前軍、陳思恭的神武后軍、楊沂中的神武中軍。後來王躞、陳思恭部併入神武左右軍。岳飛軍於紹興三年用神武后軍番號。這樣，在紹興初年便形成了吳玠、岳飛、張俊、劉光世、韓世忠為主帥的五支屯駐大軍，總兵力30萬。吳玠是川陝大軍主帥，劉光世是御前巡衛軍主帥，韓世忠是神武左軍主帥，張俊是神武右軍主帥，岳飛是神武后軍主帥。
紹興五年(公元1135年)，屯駐大軍的番號改為行營護軍。韓世忠為前護軍，岳飛為後護軍，劉光世為左護軍，吳玠為右護軍，張俊為中護軍。各支大軍都分成若干軍。屯駐大軍的統兵官是都統制、副都統制。軍級統兵官有統制、統領等。軍下設將，將一級有正將、副將、準備將，總稱將官。
紹興十年至十一年(公元1140—1141年)間，劉光世退閒，吳玠病故，只剩下岳飛、韓世忠、張俊三帥。紹興十一年，宋高宗和秦檜推行投降路線，罷韓世忠、張俊兵權，並以莫須有的罪名，殺害民族英雄岳飛，將四支屯駐大軍陸續改編成十支屯駐大軍，部署在長江沿岸和川陝交界處，統稱為御前諸軍，為南宋的主力軍。
南宋中期以後，兵制發生了變化，主要表現在以文制武體制的恢復和加強，各種名目新軍的創建，屯駐大軍的地位下降。
南宋初期，領兵統帥權力很大。宋孝宗即位後，這種局面開始發生變化，由文臣擔任的製置使、宣撫使等被派到屯駐大軍實行監督，但都統制的權力仍然很大。開禧北伐失敗後，南宋加強了文臣對軍隊的監督，制置使、安撫制置使、宣撫使、都視軍馬、都督軍馬之類的監軍官地位上升，都統制的權力下降。制置使等文官成為各大軍實際統兵官，獨攬一個地區的軍政、民政和財政大權，直接指揮前沿軍務。宋元戰爭前，更形成為製置司和都統司兩級指揮系統，而以製置使主持軍務。
屯駐大軍以外的軍隊，在宋高宗時就開始設置，當時有泉州左翼軍、贛州右翼軍等，受當地文臣節制。開禧北伐失敗以後，屯駐大軍衰落，新軍組建更盛，逐漸代替屯駐大軍成為南宋的主力軍。
南宋初，三衙機構仍然保留，但不統兵。班直也保留充當宿衛。紹興五年(公元1135年)，楊沂中的神武中軍改為殿前司軍，三衙始有兵將，且兵力不斷增加。紹興十一年以後，三衙軍與屯駐大軍平列，不再有隸屬關係。三衙各軍的情況是：
殿前司：紹興五年改神武中軍為殿前司軍，紹興九年，殿前司有統制13，統領21，正、副、準備將178。紹興十八年(公元1148年)，兵力增至七萬餘人，轄12軍。
侍衛馬軍司：紹興七年開始組軍，共六軍、12將，6000餘人。後來從四川右護軍調入四個軍。到紹興三十一年(公元1161年)，侍衛馬軍司共有兵力三萬人。孝宗乾道七年(公元1171年)，侍衛馬軍司戍建康，臨安只留殿前司和步軍司兩支部隊。
侍衛步軍司：紹興十二年(公元1142年)始組軍。紹興二十九年(公元1159年)，有五軍編制。乾道年間(公元1165—1173年)有兵力二三萬人。
南宋的軍，相當於北宋的廂；南宋的統制，相當於北宋的廂都指揮使。
北宋禁兵分上、中、下三等，南宋屯駐大軍的士兵分效用、軍兵兩級，或使臣、效用、軍兵三級。使臣是八至九品等武階官的總稱。使臣不帶兵，有的擔任偵察任務，稱探事使臣；有的給大將軍管印，稱背印使臣。使臣也有充當戰士的，因此禁兵中形成使臣、軍兵兩級。宋孝宗時對軍隊進行改革，改變使臣充軍的狀況，實行效用、軍兵兩級制。
效用的身份和待遇高於軍兵，在軍情緊急時，招效用是一種高價的募兵手段。效用一般不刺字。效用的出現和普及，是南宋兵制的一項重大改革，反映了士兵社會地位的提高。刺字制的被廢除，也使應募的壯士，願充軍前效用，而不願為軍兵。
南宋建立後，北宋軍隊管理上的種種流弊保留下來，尤其是姑息、縱容庸將，猜忌和防范良將的現象更甚於北宋。愛國名將岳飛、韓世忠等備受猜忌，岳飛最後被迫害致死。而一些貪鄙的庸將卻受到重用。軍中賄賂成風，有的人因賄賂而升為將帥。武將兼併良田的現像也很普遍。南宋初年大將張俊一年可收租60萬石。有的將領違法私役軍士，讓其從事伐薪燒炭、修建宅第、種植蔬菜、紡織刺繡、製作多種工藝品等工作。有的將領縱容或強令軍士經商或到營外出賣勞動力，從中收取“買工”錢。以上種種腐敗現象，導致南宋軍隊戰鬥力低下。
此外，南宋統治者還繼續執行北宋即開始的鼓勵軍隊經商的政策，如進行商業貿易(稱回易)、開酒店藥局、出租營房等。大將劉光世所統行營左護軍全軍5.2萬人，竟有8000人從事商業貿易，劉光世因而自比為春秋時期富商陶朱公(范蠡)。軍隊經營商業，在一定程度上有彌補軍費不足的積極作用，但更多地成了將校中飽私囊的手段，並且往往阻礙民間商品經濟的正常發展，給社會經濟發展和整個社會生活帶來消極影響。同時，大批軍人從事商業貿易，不事訓練，嚴重腐蝕了軍隊的機體，敗壞了軍紀，極大地削弱了軍隊作為武裝集團的職能。允許、縱容軍隊經商，實在是南宋統治者在軍隊管理方面的一大失誤。宋代，軍隊龐大曾至百萬，但在和遼、西夏、金、元的戰爭中屢屢失敗，終至亡國，不能不追究到軍政腐敗這一根本性的問題上。