從順治元年(公元1644年)到道光二十年(公元1840年)近200年間，清代的學校教育基本上是沿襲明代舊制，亦分為中央官學和地方官學兩大類。
清代的國子監，亦稱國學和太學，始設於順治元年，置祭酒、司業、監丞、博士、助教、學正、學錄、典簿等官。設六堂為講習之所，六堂為率性、修道、誠心、正義、崇志、廣業。又設號房521間，為學生讀書之所。
國子監的學生通稱為監生。因其資格不同，又分為貢生和監生。貢生有六種：歲貢、恩貢、拔貢、優貢、副貢和例貢。所謂歲貢，也叫常貢，每年各府、州、縣學均根據定額選送貢生若干人，故稱歲貢。所謂恩貢，凡國家遇有慶典或新君即位，特別開恩選送生員入監，以當年正貢作恩貢，陪貢作歲貢。所謂拔貢生不限於府州縣學的廩膳生，而於科試一二等生員中選拔，故謂拔貢。優貢為每三年選送“文行兼優者”入監，僅限於廩生和增生。副貢即選取鄉試中列名副榜的生員入監。例貢為生員捐納資財入監。歲貢、恩貢、拔貢、優貢、副貢，時稱“五貢”，被認為是正途，以區別於例貢。監生有四種：恩監、蔭監、優監和例監。所謂恩監，為八旗官學生考取者。滿漢文官京四品、外三品以上、武官二品以上送一子入監，為蔭監生。優監為優秀附生入監學習者。例監則是庶民通過捐納資財入監者，與例貢一樣，被認為是雜流。例貢、例監的出現，反映了商品經濟的發展，商人階層的文化教育需求。
清代國子監直接教課的有博士、助教、學正、學錄等。每月初一、十五，各監生到國子監隨祭酒、司業行釋奠，然後聽六堂官講“四書”、《性理》、《通鑑》等，聽博士講“五經”等。聽講後，各監生讀講章、复講、上書、复背諸課。如有未能通曉明白者，即到講官處再請講解，或到西廂詢問教官。平日則由助教、學正、學錄課以製義——八股文及策論。由此可見，國子監既重教師傳授，又重學生自學和質疑問難。
國子監博士生活也很清苦。孔尚任(公元1648—1718年)是孔子第六十四世孫，山東曲阜人，康熙帝南巡至曲阜祭孔時，被召講經，大受讚賞，破格提拔為國子監博士。他在《燕台雜興四十首》序中說：“蝸寓在宣武門外，距太學十五里。每月堂期六次，計一歲往返二千二百里；予十年博士，在館者六載，蓋行一萬三千二百里矣。”請看他的詩二首：
前一首通過對國子監博士廳周圍景物的描寫，敘述了10年博士寒“氈破”、“二毛加”的窮困生涯和暮年衰老的惆悵之情。後一首描述孔尚任和天文數學家梅文鼎(公元1633—1721年)，都過著“長安乞米”、老“走紅塵”的貧困生涯。
監生在國子監學習的時間原先不統一，雍正五年(公元1727年)規定各類監生學習時間皆以三年為期。考試分月考與季考兩種：月考每月舉行，由司業主試；季考每三月舉行一次，由祭酒主試。凡月考列一等的給一分，列二等的給半分。如有“五經兼貫、全史精熟”而又善書法者，雖作文不及格，亦准給一分。在一年內以積滿八分為及格，但名額每年不得超過10人。及格的由國子監分別諮送吏部，在吏部歷滿考職後，按照成績，分別錄用。如一年內積分不及格而仍願留監者，聽其自便。
國子監的長官原是祭酒、司業，雍正三年(公元1725年)開始另設管理監事大臣一人，成為國子監的主管官。
清代國子監實施分齋教學制度。乾隆二年(公元1737年)根據刑部尚書兼管理監事大臣孫嘉淦的建議，國子監依照宋代胡瑗的“蘇湖教法”，實施“經義”、“治事”等的分齋教學制度。 “經義”以“御纂經說”的《欽定四書》為主要教材，兼及各家學說；治事教兵刑、天官、河渠、樂律、算法之類，專治一事或兼治數事。當時名賢分掌六堂，各專一經，進行教授。由於乾隆皇帝重視國子監，孫嘉淦則“嚴立課程，獎誘備至”；各堂教師又都是挑選當時比較優秀的人才，可謂“極一時之選”，因此，國子監在此時已達到全盛。
清朝廷對國子監師生管理極嚴，曾制定“監規”28條，要求國子監主要官員與教師明確職責，起“表率”與“模範”作用，“用心講解”，一旦學生違犯學規或“課業不精”，則連教師也一同懲治。
清代國子監也接受外國留學生，當時有琉球、俄羅斯等國經常派遣學生來國子監學習。外國留學生也同樣“月給銀米器物”，待遇很好，學成後則回到自己的國家。
清代宗室官學有“宗學”和“覺羅學”。 “宗學”是專為清宗室子弟設立的學校。 “覺羅學”是專為清愛新覺羅氏子弟設立的學校。 “覺羅學”屬於宗學性質，只是其學生來源比宗學廣，擴展到了整個愛新覺羅氏。有些地方，把宗學和覺羅學合二為一。
清為八旗子弟設立的旗學，有“八旗官學”，隸屬於國子監；“景山官學”、“咸安宮官學”，隸屬於內務府管轄。此外，清朝廷為八旗子弟設立的旗學還有“盛京官學”、“八旗蒙古官學”、“八旗義學”、“八旗教場官學”、“八旗學堂”等。重視對旗人子弟的教育，廣泛設立旗學，這是清代學校教育制度的一個重要特點。
不過在清中葉以後，王公宗室及大臣子弟多是相當腐敗的，有人形容當時的貴冑學堂：“貴冑學堂學生，類皆王公、貝勒、宗室子弟，故其膳極豐厚精美。人設一席，日需庫平銀七八兩。稍不遂意，即遭呵叱，甚且飛盆擲碗焉。總辦、教習皆為學生之奴隸，呼往喝來，唯命是聽學生每日到堂，須由教習遣人往請，有請至四五次，至午刻始蒞止者。抵堂即索午餐，餐畢揚長而去，並不上課。亦有偶爾興至，入講堂，高唱京調一出者，故時人擬之為安樂園雲。”(《清朝野史大觀》卷二)清末北京竹枝詞，亦有諷刺貴冑學堂的，其詞曰：
清代算學設立於乾隆三年(公元1738年)，招收滿、漢學生各12人，蒙古、漢軍(清製以八旗遼東人號為漢軍)學生各六人，隸屬於國子監，也稱為國子監算學。
俄羅斯文館是清代為培養俄語人才而設立的一所俄文學校，創立於乾隆二十二年(公元1757年)，原為安置來京俄商之所，後來在此設學館，“專司翻譯俄羅斯文字，選八旗官學生二十四人入館肄業。”開始聘請駐京俄羅斯人充任教習，後由考得職品之學生留任。
清代的地方官學有府、州、縣、衛學，府、州、縣學同於明代，所謂衛學是在軍隊駐地設立以教育“武臣子弟”，後一般的衛學也並於府、州學。
府、州、縣學的學生，通稱生員，和明代一樣，分為廩膳生、增廣生、附學生三種。初入學者稱附學生員，須經歲、科兩試，成績優秀等第高者才能遞補廩膳、增廣生員。附學生員人數各學校均無限額，而廩膳、增廣生員則有定額。清代地方官學的考試方法，分為歲考與科考兩種：歲考每年舉行一次，科考每隔年舉行，都由學政主試。歲考試卷列入優等的可升等，如附生可補為增廣生，增廣生可補廩膳生；列入劣等的則依次遞降。最優的或在學為廩膳生最久的，可升入中央官學國子監，為拔貢生、優貢生之類。科考的試卷列入優等的，則許以有應鄉試的資格，其他等級亦有分別給獎。
清代地方官學的待遇，遠不及明代，除升格以外，僅有補為廩膳生而已。一般學生入學後得免除本身徭役；家貧不能自給的，發學田租谷，予以救濟。凡遊學遠方，到祖父、父親所在地或臨時有病的，得給假限期補考。凡遇父母喪事，得三年免試。凡學生犯罪，情節輕且有改悔表現，允許改名後恢復；已經定罪的，允許以原名再應童子試。如所犯罪細微，地方官報告學官會同教官加以戒飭，不得像平民一樣加以鞭撻其獎懲辦法，由學政會同各教官，將諸生優劣事蹟報告學部，再由學部复核批准。凡優等學生行為表現最顯著者入國子監；其次量予升級獎賞；最劣等的除名。評定學生優劣，完全以順治九年(公元1652年)的《訓士臥碑文》和康熙三十九年(公元1700年)所頒的《聖諭十六條》為標準。 《訓士臥碑文》雖然對地方官學中學生的為人、求學以及教師的教學等提出了一些具體要求，但其實質是禁止學生過問社會現實問題，剝奪他們結社和出版的權利，要求他們成為“忠臣清官”，心甘情願地為清朝廷效勞。 《聖諭十六條》亦是以封建的政治和倫理道德為標準，對學生的思想、行為、學習、生活等各方面都提出了明確的要求，成為全國各級各類學校培養、教育學生的準則。
清代繼承了明代廣設社學的傳統，康熙九年(公元1670年)下令各省設置社學、社師。社學是設在鄉鎮地區最基層的一種地方官學。雍正元年(公元1723年)又重新審定辦理社學的規定，肯定了社學與府、州、縣學在學制上的相互聯繫性，並提出凡在社學中學習成績優秀的，經考試可升入府、州、縣學為學生；反之，若成績不佳，則被退回原社學。
清代於各省設提督學政，簡稱為“學政”，以侍郎、京堂等官由進士出身者充任，掌管地方文教事務。學政任期三年，三年中兩次巡歷所屬之府及直隸州，集府、州、縣所取的童生加以考試，合格者則為府、州、縣學生員。學政又為地方教職的直屬長官，教師須受地方長官的指導考核，但體制上地方長官對教師不以屬員相待，一般稱之為“老師”。清代凡文官皆迴避本籍，只有教職以用本省人為主，但仍迴避本府或直隸州籍。
清代學制系統圖
清代學制系統圖