當時蔣廷黻擔任系主任。他採取的革新措施之首就是聘請雷海宗回母校主持“中國通史”這門基礎課程。雷海宗在美國芝加哥大學取得博士學位後，回國即開始以文化形態史觀試圖建樹中國通史的宏觀理論架構。因此，何炳棣記憶中的清華歷史系顯然更加多元，“當時陳寅恪先生最精於考據，雷海宗先生注重大的綜合，系主任蔣廷黻先生專攻中國近代外交史，考據與綜合併重，更偏重綜合”。
雷海宗開啟了史學界的風氣，堪稱一代宗師。然而後世研究者看得很明白：他的學術觀念和思想，與後來取得學術話語領導地位的馬克思主義唯物史觀派不盡相同，甚至完全相左。 “這樣一個聲名顯赫的資產階級史學權威，在解放前就曾以與馬克思主義唯物史觀相違的文化史觀聞名於世。雖然，解放後的雷海宗在學習了馬克思主義之後，覺得找到了真理，發現了新的世界，'辯證唯物主義和歷史唯物主義的世界觀'使其恢復了'青年時期的熱情'，但在當道者眼中他的世界觀仍然是資產階級的，所以必須清算。”
他在1957年的遭遇，被後人稱為“蒙難”。當權者甚至擬定了一個為期兩年的“批判計劃”，“以批判雷海宗的資產階級學術思想為重點，一共十五項題目”。 “披著史學家外衣的、具有二十多年反蘇反共政治經驗的老牌右派分子”等罪名不斷襲來，溫文爾雅的雷教授終於聲嘶力竭地承認“我叫雷海宗，反蘇反共二十多年……”。
2002年，雷海宗誕辰一百週年之際，南開大學舉行了隆重的紀念活動。但有觀察者感到遺憾：現在的紀念者大多也是當年曆史的親歷者，讀起他們的回憶文章，還是感覺有些史實較為晦澀，不提也罷。