2003年9月28日，陳水扁在民進黨成立17週年時口出狂言，要製訂“台灣新憲法”，其目的是為藉機實施“台獨”公投製造法律依據，使全面實現“台灣獨立”合法化。隨後陳水扁又拋出“台獨”時間表，叫囂要在“2003年完成公投立法”“2004年實施公投”“2006年制憲”“2008年實施新憲”。
11月11日，陳水扁授意手下舉辦了一個所謂的研討會。他對著一群學者再次叫嚷“一邊一國論”；鼓吹“公投”“新憲法”。
就在陳水扁為“台獨”造勢之時，11月15日，國民黨主席連戰作出令人非常意外的決定，他不但要求該黨“立法院黨團”對民進黨推動“公投立法”的活動採取放任態度，甚至公開提出比陳水扁更激進的“新憲三部曲”：2004年2月前，各方提出“新憲法”版本，並進行辯論；2004年實施“公投入憲”，成立“修憲”機制；2005年通過“公投”，制定並實施“新憲法”。
台灣島內在兩岸關係話題上的鬥爭已進入白熱化。 11月18日下午，陳水扁再次向國民黨、親民黨發難，暗示要以“台灣新憲法”對抗連戰的“中華民國憲法”。 18日晚，國民黨中央當即回應，“再次超前一步”，提出把原定於2004年5月推動的“公投入憲”，提前至本月24日。
面對“台獨”勢力的囂張氣焰，11月21日，中國國務院新聞辦公室在北京舉行新聞發布會，新上任的社科院台灣研究所所長余克禮及國務院新聞辦新聞局副局長郭衛民，全國台研會副會長許世銓，清華大學法學院教授、中國國際法學會副會長李兆傑等專家學者就台灣問題發表談話。
余克禮說，“公投法”本月底獲得通過的可能性很大，如果它含有“統獨公投”的內容，將為“台獨”勢力搞“台獨”提供“法理”依據。這意味著與大陸攤牌，中國政府將被迫採取斷然措施。
外界評論認為，向來說話直來直去的余克禮向台灣發出的警告是嚴肅的，表明大陸在台灣態度上轉變更為強硬，已經做好一切準備以應付“台獨”的挑釁，包括採取“斷然措施”，以武力打擊分裂勢力。
很多人都有這樣的看法，陳水扁之所以越來越猖狂，除了有美國的撐腰外，還想鑽大陸舉行奧運會的空子。認為中國大陸一方面忙於經濟建設，一方面要在2008年舉行奧運會，無暇顧及台灣的事件。
在11月19日的中華全國新聞工作者協會的記者招待會上，余克禮毫不含糊地警告陳水扁之流：“台獨”分子還是不要打奧運會的主意好。
余克禮說，奧運會在中國舉行是中國人民盼望了很久的事情，2008年這一願望終於可以實現，對於中國來說確實是歷史上很有紀念意義的一年。而奧林匹克精神在一個13億人口的大國、以奧運會的形式加以弘揚，也是對國際奧林匹克運動的一大貢獻。如果少數民族敗類想乘機鑽空子搞“台獨”，中國政府一定會採取堅決措施阻止其圖謀得逞。中國政府的做法不僅將得到海內外華夏兒女的支持，也會得到國際社會的理解。
人們或許還沒有忘記兩年前，余克禮就北京申奧成功及進入世貿組織後兩岸關係如何發展等問題，接受了台灣“中央社”記者專訪的情形。當記者問及“北京申奧成功是否會給兩岸提供改善關係良機的問題”時，余克禮預言，雖然北京申奧成功可以為化解兩岸僵局創造條件，但是兩岸關係最後走向何方，最根本的還是要看台灣執政當局所採取的政策，如果台灣執政當局不接受“一個中國”原則，不接受“九二共識”，那麼兩岸政治僵局將很難打破。他認為，我們當然希望把奧運辦好，但是台灣執政當局如果認為大陸為了辦好奧運會，就可以趁機挑戰“一個中國”政策或者採取什麼激烈的分裂手段或動作，就將直接破壞兩岸關係和平與穩定的基礎，導致所有中國人都不願意看到的後果。他同時認為，兩岸入世後如果希望經貿關係能有突破性的發展，根本還是要解決政治問題，政治問題不解決，兩岸經貿關係就很難取得突破性進展。
儘管余克禮表態總是不失強硬，但無不寄希望於兩岸的和平穩定。但種種跡象表明，台灣分離勢力一直把中央政府的忍耐當作軟弱，低估解放軍敢戰的決心。這就使得大陸的官員和學者不得不面對複雜的形勢，勇敢地以主動姿態迎接各種挑釁，以保衛祖國的領土完整。
11月18日，余克禮在接受新加坡《聯合早報》記者採訪時，以非同尋常的口吻指出：“中國將勇於面對美日軍事干涉。”
余克禮在全國台研機構有“第二梯隊主力”之說。這是2003年8月第12屆海峽兩岸關係學術研究會上，台灣政治大學中山所所長邵宗海教授的一大“發現”。當時這位年逾古稀的老前輩在會上看到包括余克禮在內的大陸老中青台研專家後，感到這個比論文更有意義的“特色”。他感慨道：在兩岸關係研究領域，“第三梯隊”在建立，年輕學者正在接班。他指著在台上就座、年已七旬的全國台灣研究會名譽副會長姜殿銘和50來歲的余克禮說，如果把薑先生視為“第一梯隊”，余先生視為“第二梯隊”，那麼，現在比余先生還年輕的“第三梯隊”已經在成長。
邵宗海教授的說法是恰如其分的，當國內台研專家隊伍中的老將如姜殿銘、許世銓、陳孔立、范希同等從台研機構的第一把手的位置上退出後，余克禮等第二梯隊已開始獨掌面門。
2001年復旦大學國際政治系畢業的劉國深博士從范希同手上接過了廈門大學台研所所長的職務，當時才37歲；2003年北京聯合大學台灣研究所（前身是1989年5月成立的北京聯合大學應用文理學院台灣研究室）成立後，56歲的歷史學家徐博東教授成為所長，年輕的朱顯龍擔任副所長；稍後，擔任副所長多年的余克禮接替許世銓擔任社科院台研所所長。此外第二梯隊中還有南京大學台研所所長崔之清、清華大學台研所所長劉振濤、和平與發展研究中心研究員辛旗等。
這些第二梯隊的主力隊在兩岸關係的研究中是活躍的力量，也是高層最看重的智囊團。而作為台研機構中級別最高的台研所所長，余克禮似乎更為引人注目。