那還是山本在擔任海軍次官時，有一段時間，經常有些不倫不類的人跑到海軍省，一進門就叫嚷著要見山本。這些人都穿著長及膝蓋的和服，蹬著木屐。負責接待的海軍省秘書官實松讓察言觀色，左看右看，都覺得這些人不像山本的粉絲，便把他們引進秘書室，想听聽他們到底有些什麼要求。 沒什麼特別要求，程序都是一樣的，就是先宣讀“勸辭書”，要求山本老老實實地請辭下台。如果不干呢，後面還有“鋤奸書”，即“替天行道，誅討山本”。有人甚至揚言，第二天就要給山本放放血。 在意識到山本有生命危險之後，實鬆一邊設法打發走這些不速之客，一邊通知山本趕快躲避。山本嘴還挺硬，說：“就算殺了我也沒用，我相信，即使換上五個甚至十個新的次官，也絲毫不能改變海軍的觀點和立場。”

話雖這麼說，可看到外面的人都排著隊要你的腦袋，山本心裡也是咚咚咚直打鼓。昭和時代，死於刺客之手的軍人政客太多，連首相犬養毅都讓人給殺了。偏偏海軍省又沒憲兵隊，於是只好靠警察來進行巡邏保護。試想一下，連首相府的衛兵都救不了首相，幾個警察又能頂什麼用？ 按日本人的習俗，臨死前要換新的兜襠布。在被死亡威脅籠罩的那些黑色日子裡，山本幾乎每天都要換一塊兜襠布。為此他還預先寫了遺書，秘密地藏在海軍次官的保險櫃裡。 如果不是執掌聯合艦隊，山本的兜襠布興許還真派上了用場。之後他就不存在這種擔心了——海軍司令可以在海軍艦艇上辦公，刺客再牛再狠，也沒法混到軍艦上去。 山本長長地鬆了口氣，笑著對副官說：“你看，'長官'（聯合艦隊司令長官）這個稱呼還不錯嘛，也挺吃香的。海軍'次官'算個啥，不過是個高級勤雜工而已。”

山本自己的人身安全雖然有了保障，但關於日德結盟的爭論並沒有結束，而且還在朝著與他願望完全相反的方向發展。 就在山本出任聯合艦隊司令官的當天，即1939年9月1日，德國突然出兵波蘭。僅僅三週過後，波蘭便整體淪陷了。 進入1940年，德軍的閃電戰更顯彪悍，在極短的時間內便先後攻下荷蘭、比利時、法國等一批國家，並迫使英法軍隊實行敦刻爾克大撤退。 在缺乏道義的世界裡，大家講究的通常都是一個原則，即“得勢疊肩而來，失勢掉臂而去”。現在德國如此得勢，日本人看得目瞪口呆。 昭和時代的日本，政府不過是橡皮圖章，左右這塊圖章的是陸軍。既然有可能跟著德國撿便宜，陸軍便抱著“日本不能落伍”的想法，來了個見風使舵，不停地推著政府與德國和意大利進行談判，以便商議簽署三國同盟條約。

此前，海陸軍一直陷於分裂。山本、原海軍大臣（海相）米內光政，加上海軍省軍務局長井上成美，被稱為海軍親英美派的“三駕馬車”。這三人公然與陸軍唱反調，成為日本遲遲無法與德國結盟的一個重要原因。 到了1940年，“三駕馬車”已經分崩離析。米內辭去了海相一職，井上也被調到中國戰場，擔任艦隊參謀長。在海軍高層，唯一能夠說得上話的，就只剩下一個山本。 簽約之前，現任海相及川古志郎在東京召開了海軍首腦會議。與“三駕馬車”不同，及川是一個信奉“和為貴，忍為高”的人。有人揶揄他說，就是有一隻咬人的狗撲來，及川也會繞道躲避。 這樣的人當然是多一事不如少一事，更不願意繼續與陸軍鬧彆扭。說到底，大家都是給天皇打工的公務員，一天少不了你三頓飯，有什麼必要去惹那些閒氣？

及川主持的這次海軍會議，名為徵求意見，實際上是向陸軍妥協，為簽約掃清道路，所以還沒展開充分討論，他就提前定了調：“如果海軍繼續反對結盟，勢必導致政府內閣總辭職，作為海軍來說，是負不起這樣重大責任的，希望諸位最好表示贊成。” 這話一拋出來，分明就是只准舉手、不准說話的意思。眾人你看看我，我看看你，都不敢言語了。山本見此情景，首先站起來說：“我任海軍省次官時，就看過軍用物資的進口計劃，上面80%都來源於英美，如果與德意締結了同盟條約，勢必要失去這一來源，到時我們用什麼辦法來彌補這一損失呢？” 及川聽了無動於衷，只是一個勁兒地重複他那車軲轆話，也就是意見可以保留，舉手還是照舊。 山本的憂慮有沒有道理？當然有道理，但與會官僚大多跟及川差不多，屬於做一天和尚撞一天鐘的類型。像山本這樣，就算是丟下磚頭瓦片，都要求依次著地的認真的主兒，又能有幾個？於是在及川的主導下，會議很快呈現出一邊倒的趨勢，山本成了孤家寡人。

會議結束後，及川向山本表示抱歉：“事情也是迫不得已，在三國結盟這件事上，政府和天皇都已做出決定，我們只能執行命令，請多原諒吧。” 山本不聽這話還好，一聽更加氣憤：“難道一句原諒就算了嗎？” 1940年9月27日，德意日三國政府的代表在柏林正式簽署了三國同盟條約。 日本選擇與德國結盟，並不是真的想馬上與美國翻臉。恰恰相反，它是要刺激美國，逼對方跟自己多親近親近——你看，我遇到了比你還英俊的，趕快拋個媚眼過來吧。 誰料美國不僅沒拋媚眼，還把日本默默地恨上了。在美國人眼裡，英國和歐洲國家才是關係最鐵的哥們儿，平時或許瞧不出來，你經常會看到他們拌拌嘴、吵吵架什麼的，只有到了危難關頭，人家那種“你吃飯我喝粥，你喝粥我喝水”的真情才流露出來，這哪是日本能比得了的？

德國是英法不共戴天的敵人，現在日本又與德國成了盟國，美國自然就不會對日本有什麼好感。當時的美國報紙宣稱，“日本已用政策做出決定，要與我們為敵”了。 美國國民注視日本人的目光一天比一天冷，物資禁運的措施也越來越苛刻，山本的擔心逐漸成為現實。 山本在給同學的信中憤然寫道：“現在才感到美國的壓力，未免為時太晚了吧！這不正像一個小學生只圖一時痛快，而盲目行事嗎？” 不過，在說出這番話的時候，山本的內心其實已迸發出了另外一個念頭。