移宮一案是三案中的最後一案，它有前後兩起，前一起還發生在紅丸案之前，但波瀾不大，只可算是個前奏。後一起則與紅丸案相接很近，牽扯得也更重大，所以算是正案。
所謂移宮，就是一些不應佔據乾清宮的人佔據了那裡，有人為了體制，要讓他們遷出，因此而生出許多事來，這便成了移宮一案。
這個乾清宮，依照左光斗的話來說，那便是：“內廷有乾清宮，猶外廷有皇極殿，惟天子禦天得居之，惟皇后配天得共居之，其他妃嬪雖以次進禦，不得恆居，非但避嫌，亦以別尊卑也。”乾清宮既有如此顯重的地位，所以常是很多妃嬪一心嚮往的所在，入宮之後，最大的願望便是能定居在那裡。萬曆四十八年，王皇后去世以後，萬曆也已有病，鄭貴妃以侍疾為名，便也住進了那裡。到七月十九日，萬曆已經去世，她卻仍自住在那裡，連一點搬出來的意思也沒有。她很清楚，那裡是像徵帝權，應由皇帝進居的所在，她之賴在那裡，是想做一筆交易，從中再撈取點好處。那時她與最得皇長子寵愛的李選侍已來往很密，常有勾結，所以與她合夥打算一同做好這筆生意。皇長子已經擬定了要在八月初一即位為帝，但是卻還是住在他的慈慶宮裡，沒能搬進乾清宮去。新天子而不能入居乾清宮，這在封建皇朝實是件不可容忍的大事，群臣們都很急切，但是鄭貴妃卻仍然不肯遷出，卻教人放出話來，要新天子答應封她為太后，封李選侍為皇后，才肯遷出。首輔方從哲是看重鄭貴妃的意見的，露出一些無可奈何，只好且答應她的想法。但被眾人一語駁倒：欲為太后，得先是皇后，哪有天子既崩而立後者？為此事最急切的是吏部尚書周嘉謨、兵科給事中楊漣和御史左光斗，他們直接向鄭貴妃的家人施加了壓力。那時鄭貴妃的兄弟鄭國泰已經去世，周嘉謨派人把她的侄兒鄭養性叫來，向他曉以利害，要他去告訴鄭貴妃，趕快遷出乾清宮才是知趣，否則惹出麻煩，後悔可就晚了。鄭貴妃給嚇住了，只好移居慈寧宮。這樣，這位已經即位了好幾天的新天子，才得住進了乾清宮。周嘉謨的這一手，有人說倒像是移宮一案的前奏。
這位在位只有一個月的皇帝遷入乾清宮時，卻還沒有皇后，他為太子時作為太子妃的郭氏已於萬曆四十一年（1613）去世，所以跟隨他入居乾清宮的，乃是他最寵愛的李選侍。當時原有兩個李選侍，由於居處是一東一西，所以被人稱為東李、西李。東李人老實，也不得寵；西李又美貌又精靈，才作為選侍就是皇長子最寵愛的人。人們所稱說的李選侍，指的就只是西李。李選侍究於何時入宮，已難確知，給事中惠世揚在劾“方從哲有十大罪、三可殺”一疏中，稱“李選侍乃鄭氏私人”，因此有人認為她大概就是鄭貴妃送給皇太子的八美之一。她和鄭貴妃很有些勾連，彼此相互捧抬，說她是鄭氏私人，大概相去不遠。李選侍不但和鄭貴妃彼此勾結，並且作風也極相似，而且潑辣剽悍尤遠過之。朱常洛的長子朱由校的生母王選侍，便是由於受到她的毆打，因而得病死去的。這朱由校便是後來做了七年皇帝，年號是天啟的明熹宗，李選侍打了他的生母，因此後來疏論李選侍的人，便把“毆斃聖母”作為她的一條罪狀。
李選侍為了給自己奪取權力，確也費盡了心機。她跟隨朱常洛住進乾清宮後，已經曉得這個才即位的皇帝已將不久於世，那個皇長孫朱由校不久即將被立為帝。為此她首先便把這個孩子緊緊扣住，帶在身邊，想把他完全掌握在手裡。另外她對朱常洛召見大臣談些什麼極為留心，總要躲在近處偷偷竊聽。這位皇帝即位不久就臥病不起，倒給她幹這一手準備了條件。那時她已封為康妃，自然於心未足，一心想著要當皇后，已經多次向新天子說過，要他趕快封她。原來依照慣例，皇太子的妻妾，只有正妻得稱為太子妃，其他諸人都無稱妃的資格，只可稱為“選侍”。一旦太子即位，太子妃很自然地便成為皇后，儀式也較簡單，新天子依例賜以冊寶便算成了。選侍們成為一般的皇妃也可依例晉位，如想成為貴妃、皇貴妃都要由閣臣議過擬旨，才能冊立，手續也便多了。朱常洛的太子妃郭氏已在他即位之前很久便已去世，在他即位為帝時，中宮皇后實已無人，但選後在封建社會中是件大事，人品、家世都很要講求，李選侍的要求實在很難達到。但是李選侍卻不管這些，總是極力要求。一天，皇帝臥在暖閣裡召見大臣，說著了她的事，說是想把她封為皇貴妃。李選侍躲在通聯暖閣的房裡偷聽到了，忙把帶在身邊的朱由校推入暖閣，要他到那裡去代她聲明：“不是要封皇貴妃，是要封皇后！”可是禮部侍郎孫如游把封皇貴妃的事都給推開了，他說目前連兩位太后和元妃的諡號都還無暇議及，晉封皇貴妃的事只有緩辦了。此後不久，新天子一命嗚呼，李選侍不但沒能當成皇后，就連個皇貴妃的稱號也沒有撈著。
移宮一案，是在朱常洛去世後就開始了的。依照正規，朱常洛一去世，沒有資格在乾清宮居住的李選侍便該遷出宮去，由繼位為君的新皇帝入內居住。但李選侍卻學會了鄭貴妃的那一手，她也堅持不遷，想藉此再撈點好處。為此，她和也是顧命諸臣之一的兵科給事中楊漣很爭持了一陣，由此並發生了很多變故。這件事的前後始末，便被人稱為“移宮案”。
楊漣的官位不高，照說他是沒有資格成為顧命之臣的。但他在疏論鄭貴妃請封太后時就提到了李選侍和崔文升，說得很是切直。他說：“外廷流言，謂陛下興居無節，侍御蠱惑。必文升藉口以掩其用藥之姦，文升之黨煽布，以預杜外廷之口。既損聖躬，又虧聖德，罪不容死。至貴妃封號，尤乖常典。尊以嫡母，若大行皇后何？尊以生母，若本生太后何？請亟寢前命。”這疏裡有些語言，曾被人認為是過於冒犯天威，指斥乘輿之處。但臥病的皇帝看過後卻覺得很好。三日後，他召見大臣，便特命把楊漣也列入其內。以楊漣的職位而言，離著被召入見還差得很遠，因此，很多人都認為，怕是他那疏文出了毛病，會被召去面斥，甚至怕還要受廷杖。大家都去請求首輔方從哲設法解救，方從哲認為最好還是趕快上疏謝罪，也許還能有救。但是楊漣卻不想謝罪，他說：“頂多不過一死，我並不怕。我自覺無罪，謝什麼罪呢。”他就這麼坦然地去入見了，結果真也沒有什麼。朱常洛只是要人見諸臣傳話給外廷，要他們不要聽外面的那些流言。鄭貴妃請封太后，他也認為以不辦為是，還應許了驅逐崔文升。他說話時，頻頻注視著楊漣，對他像極有好感。從此，他每次召見大臣都要把楊漣也列入數內，所以楊漣也成了受了顧命的諸臣之一。
明光宗朱常洛是在他即位為帝后的第三十天晨間去世的，由於死得有點突然，死時並沒有什麼大臣守在近處。李選侍想到不久廷臣們便要前來哭臨（即向遺體告別），便先將大概即會被立為帝的朱由校扣留在自己的身邊，又命幾名內侍持梃攔住宮門，阻攔有人進入。她擺好了陣式，以便可以討價還價，滿足她的慾望。
廷臣們最先趕向乾清宮的，有吏部尚書周嘉謨、左都御史張問達，以及李汝華、楊漣、左光斗等人。為了等候首輔方從哲和其他閣臣，他們款步徐行，並且議論著目前的事務。他們說到朱由校並未經冊立，又已無生母、嫡母，孤單無依，不知將由誰來扶持。有人以為可以託給李選侍，由她來照料。楊漣立即反對這個想法。他說，天子如何可以託於婦人之手？況且李選侍對這個皇孫又太粗暴。他提起了那次強行討封的事，說他眼看著李選侍把皇長孫拉入推出，很不像樣，如何可以由她來照料。他建議，未經冊立並不要緊，反正如今他已是當然的儲皇，大家應該盡快地去見他，群呼“萬歲”，然後擁護出宮，暫往慈慶宮居住，擺脫開李選侍，才是上策。
匯齊了方從哲、劉一燝、韓爌等閣臣後，大家才都來到乾清宮門，在那裡，他們卻被持梃的內監攔住，不容進入。此時楊漣奮勇當先，他大喝一聲：“奴才！我們是皇帝召來的。皇帝已經晏駕，你們攔在這裡，想幹什麼！”一下喝退了內侍，大家才得進入。
哭臨已畢，群臣方始發現，並沒有見到皇儲。次輔劉一燝忙問近旁的內監，“聖上殯天，皇儲便該在靈前即泣，如何卻不在此？”內監們都避而不答，只有曾為明光宗伴讀的內監王安近前來悄聲道：“是讓李選侍給藏起來了。”劉一燝大聲喊道：“哪個大膽的，敢把新天子給藏起來！”王安又趕忙道：“別急，列位在此稍候，等我進去看看。”
王安到裡面去見到李選侍，向她說了須得群臣擁立的重要，皇儲出見群臣是必不可免的。李選侍一時被他說動了，即將朱由校交給了王安。但是忽而又覺有些不妥，又忙想去拉他。王安牽住朱由校，閃過了這一拉，便忙奔向外面。外間守候著的諸臣，一見便都高呼“萬歲”，並由劉一燝在左，英國公張惟賢在右拉住皇儲的雙手，把他扶著登上了停在宮外的御輦。這時宮內不斷傳出“哥兒回來，哥兒回來”的高呼，還有幾批內侍追趕出來，想把人再搶回去。劉一燝靠緊了御輦疾行，一連擋回去了三批追來的內侍。他把皇儲護送到文華殿後，等候在那裡的群臣便都拜呼“萬歲”，並立即把皇儲先行立為東宮太子。至此，在群臣和李選侍的爭奪中，群臣一方先勝了一局。
東宮冊立完畢，李選侍還不斷派人來催，要叫新冊立的皇太子回乾清宮去。劉一燝向眾人宣說：“乾清宮不能去，殿下暫時先在慈慶宮居住。”才被立為太子的朱由校，很怕李選侍，對這一宣示也極滿意。劉一燝又向王安道：“主上年幼，又沒有母后，外廷有事，都由我們承當，宮中的起居，都要偏勞你們了。”王安一向便看不過李選侍的舉止，對她毆辱王選侍致死更是極為憤恨，因而也就欣然表示同意，願以全力扶助新立的皇太子。
皇太子已立，下一步便是議定登基的日期。對此，意見頗為不一，有的主張盡快辦理，就在當日午時便可舉行登基大典；有的主張稍遲一點，等到九月初三再辦；也有人主張不應過急，總要諸事就緒方好。楊漣便是個主張緩辦的人，他以為父喪未斂，就忙著要袞冕臨朝，於禮似有未合。他的這種主張，以當時的情勢而言，自然並不妥善。因為，雖說太子已立，但那是採用非常手段由群臣擁立的，與正規禮法有所未合，根基也就並不牢固，所以從速登基，才是上策。不然，夜長夢多，會有意外的變故也很難說。楊漣顯然沒想到這些。左光斗甚至氣得啐著他罵道：“事脫不濟，汝死，肉足食乎！”最後，大家議定，應於初六日登基，但必須把李選侍先期從乾清宮裡趕開，才更顯得光輝堂正。這樣一場驅趕李選侍的舉動便開始起來，諸臣紛紛遞出箋奏，要李選侍應順眾議，從速離宮。諸臣也都上疏論述李選侍必須遷出乾清宮的道理。這些疏中，以御史左光斗的疏文說得最為切至。他說：“選侍既非嫡母，又非生母，儼然尊居正宮，而殿下乃退處慈慶，不得守幾筵，行大禮，名分謂何？選侍事先皇無脫簪戒旦之德，於殿下無拊摩養育之恩，此其人，豈可以托聖躬者？且殿下春秋十六齡矣，內輔以忠直老誠，外輔以公孤卿貳，何慮乏人，尚須乳哺而襁負之哉！況睿哲初開，正宜不見可欲，何必託於婦人女子之手？及今不早斷決，將藉撫養之名，行專制之實，武氏之禍再見於今，將來有不忍言者。”
這時李選侍在乾清宮裡也正與她的左右謀劃對策。她的親信內侍李進忠認為，總要設法仍舊把皇太子掌握在手裡。他還說，李選侍可以傳諭出去，凡有奏本，一律先送乾清宮，然後再由這裡轉往慈慶宮去。這樣也就抓住要害了。這個李進忠，就是後來不可一世的魏忠賢，他初入宮時，用的原是“李進忠”這個名字。在追搶朱由校的幾批內監裡，李進忠也是最出力的一個。由於看到了左光斗直斥之為武后的疏文，李選侍極為氣恨，李進忠便又獻策，要她把左光斗召來，然後把他殺了，做個樣子，殺一儆百。但是他們如何召喚得動左光斗，左光斗斷然拒絕，說：“我天子法官也，非天子召不赴。若輩何為者！”此計不成，李進忠又策劃把朱由校騙入乾清宮，能把他控制在身邊，不但左光斗可殺，垂簾聽政也就不在話下了。這些策謀他們都曾力謀實現，但是不但都失敗了，而且逼他們迅速遷出乾清宮的申諭卻不斷傳來，對方反而逼到頭上來了。
對付要她移宮的事，李選侍用的是“拖”的辦法。她不說不遷，卻又總是賴著，還不斷叫人散出必須緩期的說法，希望日久生變。首輔方從哲是她寄予希望的人。方從哲在表面上也是堅主移宮的，卻又主張不可逼得太緊，不妨稍緩。拖到九月初五，已經到了最後關頭，明天新天子就要即位，可是乾清宮還是沒有讓出。至此，群臣積憤已極，紛紛湧到乾清宮外，喧叫著要李選侍趕快離開。這時方從哲仍在勸說眾人，認為就遲一點，也沒什麼。次輔劉一燝可按捺不住了，他引用萬曆時的故事說：“仁聖，嫡母也，移慈慶；慈聖，生母也，移慈寧。今何日，可姑緩耶？”楊漣也說：“昨以皇長子就太子宮猶可，明日為天子，乃反居太子宮以避宮人乎？即兩宮聖母如在，夫死亦當從子。選侍何人，敢欺藐如此！”這時李選侍也不斷派出人來探聽情況，還命人散佈一個說法，說是李選侍也是顧命者之一，把新天子就交給她，也並非無據。楊漣厲聲斥責了說這話的人，並問他們：“你們吃的是李家祿麼？除非你們殺了我，否則，今日不移，死也不去！”劉一燝、周嘉謨等人也紛紛斥責那些人，喧聲直達宮內深處。李選侍被這勢頭嚇住了，只好認可移宮，匆匆忙忙，當日便離了乾清宮，遷往仁壽殿中暫住。新天子因而也就可以如期即位，並且住進這個所在。本來移宮之事，至此已可了結，但由搬遷的時間太緊，竟又生出許多枝節，遂使移宮一事終又成為移宮一案。
由於搬遷的時間太過匆迫，情勢非常混亂，有些內侍便趁機盜取內府秘藏，據為己有。有人因懷裡暗藏的金寶過於沉重，竟在乾清宮外跌倒，把金寶撒了滿地，洩露了偷盜之事。當時被捉獲的便有內侍劉遜、劉朝、田詔等人，後來又陸續捉有王永福、姚進忠、姜升、鄭穩山、劉尚理等多人，都是李選侍的近侍。
新天子朱由校也禀賦了乃祖乃父貪財的習性，對於諸人乘亂盜寶，極為憤怒，立即傳諭把這些人交由刑部嚴辦。這些內侍都已財多勢大，奧援很多，到了刑部，上下打點，倒也無事，還散出一種流言來，說是新皇帝待先朝的妃嬪太薄，作為反擊。李選侍的宮人、內監由於忽然失勢，也極不滿，對此也就加意宣揚，一時倒鬧得宮裡、宮外，怨聲不絕。加之在移宮一事中出力最多的楊漣也有些愚執不化，他在李選侍遷離後便曾宣說：“選侍不移宮，非所以尊天子；既移宮，又當有以安選侍。是在諸公調護，無使中官取快私仇。”他的這番話，更加重了薄待先朝妃嬪的流言，甚至傳出了李選侍投繯自縊，皇八妹（朱由校同父異母的妹妹）投井自殺的傳聞。御史賈繼春覺得這倒是個機會，便上書內閣，責怪他們於新君即位伊始，便導以違忤先皇，逼逐庶母。他還列舉明孝宗不罪萬貴妃、明光宗寬容鄭貴妃兩事，要閣臣輔佐新君，取法於此。他在結尾時更切實地說，“而玉體未寒，愛妾莫保，忝為臣子，夫獨何心！”賈繼春之上書內閣，暗中也有迎合主張移宮稍緩的首輔方從哲的用意，想藉此取悅於首輔方從哲，日後可以有些好處。但是那時的門戶之見已深，凡是敢為李選侍說話的，便都被目為奸邪，方從哲自己都已不敢出聲了，如今忽然半路里又殺出個賈繼春來，那還了得！為此，給事中周朝瑞等便迎頭給了賈繼春一陣痛罵，彰明較著地把他說成了奸黨。賈繼春豈肯示弱，便又上書反攻，書中有“伶仃之皇八妹，入井誰憐；孀寡之未亡人，雉經莫訴”等句，把外間的傳言，以駢句加以宣揚。他這兩句，一時倒成了名句，一時舉朝內外都在傳誦，連刑部尚書黃克纘也很受其影響，對此加以探問，事情竟然鬧到才即位的新君不得不親自出面，降下諭來，說明此事。他在諭內列舉了李選侍的種種罪行，例如毆辱他的生母，要挾要封皇后，妄圖垂簾聽政，等等。並說，“大小臣工，惟私李黨，責備朕躬”。諭文降入內閣，要閣臣擬旨公佈。首輔方從哲認為不妥，說是“跡或涉於彰父之過”，運用他作為首輔的封駁權，封還了這道上諭，沒有把它發出。這時楊漣也覺得賈繼春的前後兩書影響很大，不能不把內情向外說明，澄清那些流言。於是他也上了《敬述移宮始末疏》一文，說明情況。他在疏中還說，“選侍自裁，皇八妹入井，蜚語何自，臣安敢無言。臣寧使今日忤選侍，無寧使移宮不速，不幸而成女後獨覽文書，稱制垂簾之事”。新君下詔獎譽了楊鏈志安社稷，並也降諭證明楊漣所說的都是實情。那道敕文把事情說得也很詳細，大致是這樣的：
這道敕諭支持了楊漣，卻也使賈繼春和另一些人忌恨。賈繼春借出巡江西之便躲出去了，暗中卻指使同夥散佈流言，說楊漣結納內監王安，想被任為閣臣。楊漣是個烈性人，哪裡受得了這個？一面抗章申辯、請退，一面便去往城外候命，以示請退的決心。朱由校又褒獎了楊漣的忠直，而以流言確也太多，便准許楊漣暫且回籍。
次年春季，賈繼春才從江西回來。那時已經改元“天啟”，楊漣也回家了。賈繼春在路上打探得知，楊漣雖去，他的事卻沒完。於是他便先不回京，且先繞道回家，並先馳遞一疏，說明他要上疏給閣臣的緣故。他在疏中有“威福大權，莫聽中涓旁落”一語，內監王安便以此激使天啟發怒，嚴旨切責，要賈繼春明白回奏，他這樣說用心何在？賈繼春慌了手腳，忙上疏認罪，說是凡他所說各事，都是道聽途說，實該萬死。但哀懇也並無用，連上疏為他求免的人，都也幾乎得罪。
賈繼春受到了“除名永錮”的處分。這實是很重的處罰，一般說來，受到這樣的處分，便與仕途絕緣了。但他卻並未如此，四年以後，他忽被魏忠賢以中旨召復原官，並和楊漣為了移宮一案，又大干了一場。魏忠賢倒台後，他也以交結近侍的罪名，被判處徒罪三年。這時他才愁恨而死。
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