4月28日起，從台灣基地起飛的國民黨B-24和B-25轟炸機每隔幾天就要光顧南京一次。當時在南京的《紐約時報》記者西默·托平回憶，“它們像黑色的大禿鷹在聚集在南京市發電廠、供水廠、鐵路吊車廠和各種庫房的濱水區上空盤旋。”轟炸機的飛行高度相當低，因為當時共產黨除射程有限的50口徑機槍外，便沒有其他任何防空武器。
可是，“很多本該對準電動輪渡船和江邊工廠投擲的炸彈，卻偏偏落入了江水中。”後來擔任《紐約時報》總編輯的西默·托平在回憶錄《在新舊中國間穿行》中寫道，“看來很大程度上，飛行員是有意盡力避免轟炸自己的同胞的。”在頭幾次空襲中，南京幾乎沒受到任何損失。
風向總的來說都利於新政權。在南京，剛剛主政的共產黨贏得了知識分子的支持。 4月24日黎明，熬了一個通宵將“共產黨佔領總統府”新聞發回美國的西默·托平趕到南京城西北門，他看到湧上街頭的青年學生們在路旁歡迎解放軍進城，一些學生爬上大卡車的頂部高呼口號，向軍隊致意。三個星期前，6000名學生曾以這樣的方式聚集，不過是向國民政府示威，要求政府和共產黨進行和平談判。現在，學生們以極大的熱情歡迎共產黨政權的建立。他們在軍隊的護送下到長江邊去加固河堤，以防春訊。劉伯承為代表的南京軍管會聰明地把兩個階層結合到了一起，這延續了共產黨在農村工作的豐富經驗。金陵大學農學院的學生們生平第一次參與了農村的生活實踐，加拿大外交官切斯特·郎寧在南京城郊的農村碰到的農民激動不已地向他展示剛剛領到的新農具，並告訴他農民們參加了新組織的委員會，城裡的學生們經常來看他們，給他們提供化肥，並取去了土壤樣品。
以前農民進城頂多是販賣田裡的農作物，1949年5月，南京72個村的農民則高舉寫著各自村莊名字的白色橫幅和紅旗氣宇軒昂地在南京城的大路上游行。他們跟上街組成“演講隊”向市民宣傳“新民主”的學生們一起高唱共產主義歌曲，一些學生加入了農民的遊行隊伍，和他們一起扭秧歌。郎寧後來以觀察者的角度在自己的回憶錄中記錄了這讓他感到新鮮的景象，他說：“農民進城我雖常見，卻沒見過農民上街慶祝遊行，大家還給讓道。”“各個階層參與，這是南京解放後新政權讓這個城市釋放出巨大能量的關鍵。”
共產黨的目的是要把南京從“消費城市”變成“生產城市”。瀋陽的經驗已經很清楚了，共產黨用不著在南京消滅資產階級。劉伯承說，在新民主主義階段，共產黨需要集中力量，通過促進私營和公共企業，達到發展生產的目的。在積累資本的同時也要注意發展生產力。
南京軍管會下設1個秘書處和8個局來管理市政。這8個局分管供應、外交事務、不動產監控、金融及經濟事務、軍事接管、政治接管、文化接管以及公共治安。這些部門中的多數職員都是對新政權有好感的原國民政府僱員。工廠、市政府辦公室裡，共產黨開設“再教育班”或組織“學習小組”，學習討論毛澤東思想。外國記者們得到允許觀摩一次南京發電廠機關工作人員學習會，一名工會代表在會上介紹老“解放區”的學習小組怎樣開展活動。這種學習會在1949年末開始越來越頻繁。