翰林院：掌編修國史、草擬有關典禮的文件等事。最高長官為掌院學士（從二品），屬官有侍讀學士（從四品）、侍講學士（從四品）、侍讀（從五品）、侍講（從五品）、修撰（從六品）、編修（正七品）、檢討（從七品）等。
都察院：是監察、彈劾及建議機關。最高長官為左都御史（從一品），屬官有左副都御史（正三品，例由在京部、院大臣兼）、六科掌印給事中（正四品）、御史（從五品）等。右都御史（從一品）例由地方總督兼，右副都御史（正三品）例由地方巡撫兼。
大理寺：為最高法庭性質。最高長官為大理寺卿（正三品），屬官有大理寺少卿（正四品）、大理寺左右寺丞（正六品）、大理寺左右評事（正七品）等。
太僕寺：掌馬政。最高長官為太僕寺卿（從三品），屬官有太僕寺少卿（正四品）、太僕寺員外郎（從五品）、太僕寺主事（正六品）、太僕寺主簿（正七品）等。
太常寺：掌宗廟祭祀事務。最高長官為太常寺卿（正三品），屬官有太常寺少卿（正四品）、太常寺員外郎（從五品）、太常寺滿漢寺丞（正六品）、太常寺協律郎（正八品）等。
詹事府：是文學侍從、詞臣遷轉之階。原歸翰林院，後單設。最高長官為詹事府詹事（正三品），屬官有詹事府少詹事（正四品）、詹事府左右春坊庶子（正五品）、詹事府左右春坊中允（正六品）、詹事府左右春坊贊善（從六品）、詹事府主簿（從七品）等。
宗人府：是管理皇室宗族事務的機構。最高長官稱宗人府令（正一品），由宗室王公大臣兼領，屬官有宗人府丞（正三品）、宗人府理事（正五品）、宗人府副理事（從五品）、宗人府經歷（正六品）等。
吏部：掌全國文官品秩、銓敘、考課、黜陟和封授。最高長官為尚書（從一品）、左右侍郎（正二品），屬官有郎中（正五品）、員外郎（從五品）、主事（正六品）等。
戶部：掌財賦戶籍等事。最高長官與屬官設置同上。
禮部：掌禮儀、祭祀、貢舉、教育。最高長官與屬官設置同上。
工部：掌各項工程、工匠、屯田、水利、交通。最高長官與屬官設置同上。
兵部：掌全國武官黜陟、兵籍、軍械、關禁、驛站等。最高長官與屬官設置同上。
刑部：掌全國刑獄。最高長官與屬官設置同上。