翰林院：官署名，掌編修國史、草擬有關典禮的文件等事。最高長官為掌院學士（從二品），屬官有侍讀學士（從四品）、侍講學士（從四品）、侍讀（從五品）、侍講（從五品）、修撰（從六品）、編修（正七品）、檢討（從七品）等。
都察院：官署名，是監察、彈劾及建議機關。最高長官為左都御史（從一品），屬官有左副都御史（正三品，例由在京部、院大臣兼）、六科掌印給事中（正四品）、御史（從五品）等。右都御史（從一品）例由地方總督兼，右副都御史（正三品）例由地方巡撫兼。
大理寺：官署名，有最高法庭性質，最高長官為大理寺卿（正三品），屬官有大理寺少卿（正四品）、大理寺左右寺丞（正六品）、大理寺左右評事（正七品）等。
太僕寺：官署名，掌馬政。最高長官為太僕寺卿（從三品），屬官有太僕寺少卿（正四品）、太僕寺員外郎（從五品）、太僕寺主事（正六品）、太僕寺主簿（正七品）等。
太常寺：官署名，掌宗廟祭祀事務。最高長官為太常寺卿（正三品），屬官有太常寺少卿（正四品）、太常寺員外郎（從五品）、太常寺滿漢寺丞（正六品）、太常寺協律郎（正八品）、太常寺漢贊禮部（正九品）、太常寺司樂（從九品）等。
詹事府：官署名，是文學侍從、詞臣遷轉之階。原歸翰林院，後單設。最高長官為詹事府詹事（正三品），屬官有詹事府少詹事（正四品）、詹事府左右春坊庶子（正五品）、詹事府左右春坊中允（正六品）、詹事府左右春坊贊善（從六品）、詹事府主簿（從七品）等。
宗人府：官署名，是管理皇室宗族事務的機構。最高長官稱宗人府令（正一品），由宗室王公大臣兼領，屬官有宗人府丞（正三品）、宗人府理事（正五品）、宗人府副理事（從五品）、宗人府經歷（正六品）等。
吏部：官署名，掌全國文官品秩、銓敘、課考、黜陟和封授等。最高長官為尚書（從一品）、左右侍郎（正二品），屬官有通政使司通政使（正三品）、通政使司副使（正四品）、郎中（正五品）、員外郎（從五品）、主事（正六品）等。
戶部：官署名，掌財賦、戶籍等。最高長官與屬官設置同上。
禮部：官署名，掌禮儀、祭祀、貢舉、教育等。最高長官與屬官設置同上。
工部：官署名，掌各項工程、工匠、屯田、水利、交通等。最高長官與屬官設置同上。
兵部：官署名，掌全國武官黜陟、兵籍、軍械、關禁、驛站等。最高長官與屬官設置同上。
刑部：官署名，掌全國刑獄。最高長官與屬官設置同上。
總理各國事務衙門：官署名，簡稱“總理衙門”、“總署”、“譯署”。咸豐十年，清政府為辦理洋務及外交事務而特設的中央機構。由恭親王奕等人奏請，於咸豐十一年一月二十日批准成立。官員分大臣、章京兩級。規定由親王一人總領，實際上是首席大臣，其他大臣則從軍機大臣、大學士、尚書、侍郎、京堂中指派兼任，統稱總署大臣。
總理海軍事務衙門：官署名，簡稱“海軍衙門”，是清政府管理全國海軍的機構。光緒十一年十月設立，由醇親王奕譞為總理，慶親王奕劻、北洋大臣李鴻章為會辦，正紅旗漢軍都統善慶和兵部右侍郎曾紀澤為幫辦。中日甲午戰爭北洋海軍覆滅後，該衙門亦裁撤。
督辦政務處：官署名，是清政府為推行新政而設置的辦事機關，於光緒二十七年設立。負責制訂新政各項措施，掌管各地官吏奏章及辦理全國官制、學校、科舉、吏治等事務。
外務部：官署名，光緒二十七年設置，取代總理各國事務衙門掌管對外交涉，班列六部之上。設有總理、親王、會辦尚書、侍郎等官。
軍機處：官署名，清代輔佐皇帝的政務機構。雍正七年因用兵西北，設軍機房，越三年改稱辦理軍機處，簡稱軍機處。於大學士、尚書、侍郎中選拔人員入值，稱軍機大臣，即大軍機。任命時按各人資歷分別稱為軍機處行走、大臣上行走、大臣上學習行走等。下設軍機章京，習慣稱小軍機，掌繕寫諭旨、記載檔案、查核奏議等。
國子監：官署名，封建王朝的中央教育機構。清代設管理監事大臣，在大學士、尚書、侍郎內特簡；次設祭酒、司業；屬官有監丞、博士、助教、學正、學錄、教習等。在地方設府、州、縣學，在京師設國學，以監為學。選入學習者都稱國子監生。原有住監課讀的規定，後來漸成空文。
上海電報局：原來的大北電報公司，是由丹麥、挪威、英國、俄國四國公使聯合創設的通訊機構，壟斷大清對海外的收、發電報業務。
同文館：亦稱“京師同文館”。清末最早的洋務學堂。同治元年為培養翻譯人員，由恭親王奕等奏設，在北京成立，附屬於總理各國事務衙門。先只設英、法、俄文三班，後陸續增設天文、算學及德文、日文等班。光緒二十七年，併入京師大學堂。
公使館：官署名，是國家的駐外機構。最高長官為公使，下設副公使、參贊、武官等。清朝於光緒元年始設。