曾國藩開始傳命全軍上下為移師祁門做準備。
李鴻章接令的當天，便偷偷拿出太平天國繪製的皖省全境圖細細觀看。李鴻章一看之下不由大驚失色。他發現，祁門兩面靠山，一面環水，只有一面有大路。李鴻章不知咸豐帝是基於何種考慮，要把兩江總督衙門暫設在這裡。他拿出大清國的皖境圖與太平天國所繪之圖比照著看，這才找出原因。原來，大清國皖圖標註的祁門，只有一面環水，而未指明兩面靠山。李鴻章不知孰對孰錯，沒敢輕易發表意見。
曾國藩拔營向祁門進發。到祁門的當日，李鴻章便急忙帶上兩名文案，對祁門的地形做了一番考察，這才肯定是大清國的地圖錯了。
李鴻章不敢耽擱，急來大營見曾國藩：“恩師，門生剛帶人勘察了一下祁門的地形，所以急著來向恩師進言。”
曾國藩忙問：“少荃，你發現了什麼不對嗎？請講！”
李鴻章用手指著曾國藩面前的地圖道：“按圖上所示，祁門一面環水，三面有路，乃通達開闊之地。其實不然。門生騎馬繞祁門走了一大圈，發現這裡一面環水不錯，但兩面靠山，只有一條大路供行人進出。朝廷擬把督署建在祁門，實是上了地圖的當了！”
曾國藩一愣，不由自問了一句：“這麼大的謬誤，怎麼可能呢？少荃，你午後再陪我走一圈！”
李鴻章心下有些不快，但口裡還是極爽快地答應了一聲。踏勘地形回來後，曾國藩久久不語。
李鴻章急道：“恩師啊，眼見朝廷決策失誤，您老還是快作決斷吧。祁門乃兵家忌地，一旦有事，連條退路都沒有啊！”
曾國藩皺著眉頭問：“少荃，依你之見，大營建在何處最為妥帖？”李鴻章胸有成竹地回答：“恩師容禀，門生大膽以為，大營若屯紮在東流，方為萬全之策。東流地域開闊，進可攻，退可守。”
曾國藩緩緩說道：“朝廷旨令把大營建在祁門，也不全錯。祁門靠近屯溪，而屯溪又是江西、浙江、安徽三省的咽喉。何況，大營建在祁門，也只是權宜之計，一俟江寧克復，自然要移過去。再者，長毛經過內訌，元氣已大不如前，他們現在自身尚難保全，還能分出兵力襲我祁門嗎？少荃哪，我看你是多慮了！”
李鴻章急道：“恩師容禀，所謂喪家之犬亦能傷人，長毛凶頑，又一貫詭詐，我們不能不提早預防啊！恩師為朝廷重臣，又是湘軍之統帥，萬不能疏於防範啊！”
曾國藩不再言語，默默地端起茶杯。李鴻章無奈，只好起身告退。但他不甘心，臨出門又道：“門生懇求恩師三思。”
曾國藩如一座泥塑，一動不動。李鴻章當夜暗遣張昇快馬間道趕回鄉下家中。三天后，張昇返回，帶給李鴻章家信一封。李鴻章持信來見曾國藩，哭道：“家母病重，門生不得不來向恩師辭行！”
曾國藩一愣，隨後道：“這等大事，本部堂焉有不放之理？見到令堂大人，別忘了代我向她問候。傳話糧台，把李觀察存在賬上的俸祿悉數提出。”
李鴻章忙道：“恩師容禀，我大營銀餉正緊，恩師的俸祿也未提過一文，門生更不敢妄取一分。若門生確實需要，再來糧台支取也不為遲。門生就此告別，待家母稍安，門生再來帳前伺候。”
李鴻章雙膝跪倒，接著說道：“門生為恩師安危計，再次懇請恩師，盡快離開祁門，早早移節東流！”
曾國藩扶起李鴻章，未置可否，只淡淡地說一句：“少荃哪，路上不大平靜，你也要小心謹慎！”
李鴻章當日即帶著張昇離開祁門。其實，李母並未染病，這只是李鴻章為堂而皇之離開這里而想出的藉口。至於臨行不支取俸祿，則是李鴻章為自己預留的一個退步。
李鴻章這次又料個正著，就在他離開祁門不到十日，太平軍便兵分四路突破幾道防線，圍向祁門。祁門大營當時只有親兵營及文武隨員約兩千人。
太平軍逼近祁門的消息傳來，不僅幕僚聞之失色，連一貫沉穩的曾國藩也驚得目瞪口呆！他飛調正在安徽作戰的曾國荃、鮑超兩路人馬回援。曾國荃、鮑超二軍在回援的途中分別被太平軍重兵阻擊。
祁門的上空陰霾重重，百姓紛紛出逃，軍心動盪。曾國藩一面出榜安民，一面忙著料理後事，他已經嗅到死亡的氣息。好在鮑超的霆軍比太平軍早半天趕到祁門，曾國藩這才倖免於難。
曾國藩不得不佩服李鴻章的敏銳和先見之明。從提倡開厘捐一事上，曾國藩就從李鴻章的身上，切切實實感受到了一股不可遏制的力量。這股力量能使湘軍在短時間內強大起來，並成為大清國無可替代的重要軍系。
不久，曾國藩移師東流。到東流的當日，曾國藩即給在籍伺候母親的李鴻章飛遞札委，讓他就地募勇五營以備調用。曾國藩不想再委屈自己的這個門生了。李鴻章見到札委後不由熱淚盈眶。有生以來，這是李鴻章收到的最貴重的禮物。
很顯然，對李鴻章為保全性命離開祁門一節，曾國藩不僅未怪罪他，反而對他更加重視了。
在曾國藩看來，李鴻章離開祁門並沒有錯。何況，他臨行前曾再三諫言，是自己沒有聽從勸告。李鴻章很快在鄉下像模像樣地募起勇來。李鴻章仿湘軍營製，每營定額五百人，營官都挑選可靠之人擔任。
三個月的時間，李鴻章陸陸續續募齊五營淮勇，營官由廩生張樹聲和他的弟弟張樹柵、秀才曾軍將與李鴻章自己的兩個弟弟鶴章、蘊章分別任領。
李鴻章在福濟的眼皮底下募起五營團練且又不受其節制，這不能不讓福濟大動肝火；一紙參折從安徽巡撫衙門秘密發往京師。
福濟決定送給湘軍統帥曾國藩一副眼罩戴，福濟不許湘系的人來皖境募勇。可惜的是，福濟的折子還在遞往熱河行宮的途中，湘軍統帥曾國藩即被朝廷實授為兩江總督加欽差大臣銜；過了兩天，安慶被湘軍克復，朝廷又賞曾國藩太子少保銜。
福濟的折子遞進行宮的當日，曾國藩也接到諭旨：“欽差大臣兩江總督曾國藩著統轄江蘇、安徽、江西三省，並浙江全省軍務。所有四省巡撫提鎮以下各官，悉歸節制。”
八月，咸豐帝在熱河行宮病死，大清國所有參、獎、升、降等事一律停止。福濟遞進去的參折成了廢紙一張，他為此險些悔斷了腸子。
很快，年僅六歲的鹹豐子載淳承襲大統，登基為帝，年號為祺祥。太平天國抓住大清國新舊交替這一有利時機，調集重兵猛撲上海，竟連破松江、太倉諸州郡。上海陷入太平軍重兵包圍之中。
當時的湘軍大部分正屯集在江寧的周圍，左宗棠所統率的楚軍正在浙江境內作戰，另有少許湘軍則在安徽、江西境內。
曾國藩根本沒有料到太平軍會出此一招，江蘇巡撫薛煥也早已是蒙頭轉向，不知如何應付突變的局面。
李鴻章恰在此時率五營淮勇，飛速地趕到安慶來向曾國藩禀到。李鴻章軍馬剛剛在城外紮下大營，戶部主事、上海團練幫辦錢鼎銘，也乘著輪船來到安慶。錢鼎銘到時，李鴻章正在安慶城內的總督衙門，向曾國藩講述成軍的經過。
錢鼎銘邁步走進簽押房之後，先向曾國藩和李鴻章施行大禮，然後便從懷中掏出上海官紳的聯銜求援函，雙手舉起，大放悲聲道：“松、太已被長毛所破，上海眼看不保。值此存亡之際，上海道及萬名鄉紳，聯名呈請制軍大人，盡快發兵以援。上海現在是人心惶惶，官民紛紛出逃，下官改裝易服才得來到安慶。”
曾國藩慌忙扶起錢鼎銘，問：“薛中丞的洋槍隊呢？洋槍隊不是很能打嗎？”
錢鼎銘一邊擦淚一邊道：“大人容禀，洋槍隊固然能打，可人數畢竟太少。古人云，好虎不抵群狼，洋槍隊顧了蘇州便顧不得太倉，顧了太倉又無法保護松江。”
“撫標軍呢？”
“撫標軍已經被長毛打得不成樣子了，薛中丞想募勇補充都來不及了呀！”
“錢大人，你一路勞頓，先下去到飯廳用飯。兵發援救上海這件事，我們慢慢計議。來人，送錢大人去飯廳用飯。”
錢鼎銘被人領出去。李鴻章這時說道：“恩師，您老適才怎麼不問江蘇團練大臣龐鐘璐龐大人的情況呢？”
曾國藩苦笑一聲答道：“龐鐘璐的團練只剩了不足一千人，不要說去勦賊，連自保都做不到。咳！薛煥這個人，我久有所聞。他仗著洋人的勢力，株守上海，不思進剿，只顧每日收買寶玩以肥己囊。他奉旨辦理通商以來，廣納賄賂，廣交京中權貴，軍務則不復一城，吏治則不辦一事。薛煥辦的這些事情，在京城傳得沸沸揚揚，太后已傳諭著我詳察。這還用查嗎？江蘇這幾年是讓薛煥弄壞了。少荃，你以為江甦的事情，應該從何做起呢？”
李鴻章想了想答道：“回恩師的話，門生以為，江蘇是兩江的重心，而江寧又是皇家織造之所，江蘇紡織一項自古就很發達。而上海則是洋商雲集之地，漕糧釐金豐盈。如今江寧被長毛佔據，上海則萬萬不能再落敵手。門生適才想，就算錢大人不來安慶，恩師也該對上海有個周詳考慮。”
曾國藩聽完李鴻章的話，沒有回答，而是突然反問了一句：“少荃，你師已成，以後如何打算？”
李鴻章一愣，但很快鎮靜下來，回答：“回恩師話，門生是替恩師練勇，門生的團練，任憑恩師調遣。”
曾國藩站起身道：“走吧，講了這半日，你也累了，隨我出城到你的大營去看看。”李鴻章高興地站起身，忙著去攙扶恩師。
當天，曾國藩將器械糧餉盡撥於李鴻章大營。李鴻章讓委員一一登記在冊。但曾國藩並不再提援上海的事。錢鼎銘雖心急如焚，卻也無可奈何。李鴻章在安慶只能按著曾國藩的吩咐，每日加緊操練人馬。