光緒三年（公元1877年）十一月二十九日，原本冰天雪地的喀什噶爾，在這一天，忽然出現了百年不遇的返暖現象。一時間陽光出奇地發熱，大地也開始冰消雪化，彷彿春天已經來到。
劉錦棠緊緊抓住這天賜良機，號令全軍快速集結，並於該日午後離開喀什噶爾，飛速馳往和闐。和闐守敵正在籌備新年的事情，官軍突至，真正叫猝不及防，除了在城頭豎起白旗請降，再無第二條路可走。
至此，除伊犁尚在俄軍手里外，新疆南北二路全部收復。
捷報遞到肅州的時候，已經是光緒四年（公元1878年）正月初七。
左宗棠讀了捷報，滿心歡喜，當即傳文案進來，口述了《新疆應否改設行省、開置郡縣請敕會議》一折，鄭重向朝廷提出了將新疆改行省、置郡縣的建議。
折子拜發，左宗棠又給劉錦棠書就快函一封，囑劉錦棠給俄國土耳其斯坦總督考夫曼寫信，讓考夫曼交出大清國朝廷欽犯伯克·胡里等逃入俄境之匪首。
左宗棠認為，按常理推算，此時向俄國索要欽犯，俄國理屈詞窮，應該能夠把逃犯交還中國。
左宗棠函稱：“索取首逆，看其如何回答。以常情言之，土耳其斯坦總督理屈詞窮，固宜無所藉口。”
劉錦棠收到左宗棠的信後，馬上給考夫曼致函一封，向其索要欽犯伯克·胡里等人，但考夫曼根本不予理睬。
左宗棠此時正派員奔赴湖州一帶，大量招募湖州蠶工，派蠶工帶桑秧、蠶具到甘，由地方衙門出具相應銀兩，在甘大量授徒養蠶。左宗棠決定在甘肅發展絲織業。
左宗棠另委員籌措資金，準備在蘭州創辦織呢局。光緒四年（公元1878年）二月初九，聖旨遞進肅州。
左宗棠整冠撣衣，步入官廳跪倒接旨。
這自然又是頒獎聖諭：“欽差大臣、大學士、陝甘總督左宗棠，籌兵籌餉，備歷艱辛，卒能謀出萬全，膚公迅奏，加恩由一等伯晉為二等侯。候補三品京堂劉錦棠，智勇深沉，出奇制勝，用能功宣絕域，著由騎都尉世職晉為二等男，遇有三品京堂缺出，開列在前……”聖旨最後又特別強調這樣一句：“伯克·胡里等，仍著該大臣等督飭劉錦棠等設法擒拿，毋任漏網。”以示新疆雖復，但尚非盡善盡美之意。
左宗棠終於成了繼曾國藩之後的又一位漢人侯爺；劉錦棠也因為收復新疆而晉封男爵。
就在聖旨下達的同時，總理衙門開始向俄國駐華代理公使凱陽德，通過外交途徑，交涉索還伊犁一事。這時，幫辦軍務劉典在蘭州病發，不能理事，上折懇請回籍養疾。
左宗棠無奈之下，只好以“年老體弱多病，難以兼顧”為由，上折奏請敕浙江已革巡撫楊昌浚，迅赴蘭州幫辦甘肅新疆善後事宜，上準。楊昌浚為什麼是已革巡撫呢？這還是因為餘杭城葛畢氏一案所受的牽累。所謂葛畢氏一案，就是眾所周知的楊乃武與小白菜一案。時任浙江巡撫的楊昌浚，因失察罪，被革職降四級使用。左宗棠私下認為，如果此時不及時拉楊昌浚一把，楊昌浚此生恐怕再難有出頭之日了。楊昌浚畢竟是左宗棠相交多年的生死弟兄啊。
同年六月二十一日，總理衙門在與俄駐華代理公使凱陽德交涉無果的情況下，只好奏派吏部侍郎、前三口通商大臣崇厚，出使俄國，交涉收回伊犁等事宜。
消息傳至肅州，左宗棠當即檄飭在北疆的金順等人，命其快速督軍趕赴伊犁周邊，準備在交涉不成的時候，用武力收復伊犁。
金順接到飭文不敢怠慢，趕緊調兵遣將悄悄佈置；在喀什噶爾料理善後的劉錦棠，也調老湘軍馬、步數營，離開南疆，悄然開向伊犁。
年底，左宗棠飭劉錦棠在新疆阿克蘇設立製造局和庫車火藥局，並恢復新疆鐵廠的生產。經左宗棠奏請朝廷，新疆鐵廠準招商辦理。
不久，劉典病逝於蘭州。
光緒五年（公元1879年）初，左宗棠檄飭上海轉運局胡雪巖，在上海辦理訂購機器、僱用德國技師一事，擬在肅州試採黃金、石油等礦。
左宗棠上折提出：“礦務須由官辦，但官辦不若包商開辦，故須官辦開其先，商辦承其後。”
左宗棠決定利用自己的有生之年，盡可能多地為國家辦幾件事。
同年八月十七日，大清國駐俄國頭等公使、伊犁談判全權代表崇厚，在俄國與俄外務部大臣吉爾斯，就索還伊犁一事，簽訂了條約。因簽署地在俄國的里瓦幾亞，又稱《里瓦幾亞條約》。該條約共十八條，另有《璦琿專條》、《兵費及卹款專條》以及《陸路通商章程》十七條。該條約主要內容為：一、中國僅收回伊犁城，但俄國割去伊犁西面霍爾果斯河以西、伊犁南面特克斯河流域和塔爾巴哈台地區齋桑湖以東的土地；二、俄國可在蒙古及新疆全境免稅進行貿易；三、中國向俄國賠償兵費五百萬盧布（折合白銀二百八十萬兩）。另外還有擴大通商路線，開放鬆花江，在嘉峪關、烏魯木齊、哈密等處增設領事等條款。
當崇厚與吉爾斯簽訂的這個條約通過聖旨的形式發到肅州後，左宗棠未及讀完，已是氣得鬚髮怒張，渾身亂抖，口里大罵道：“崇厚誤國！崇厚誤國！我要上折，崇厚籤的這個條約，是賣國條約！是坑害國家的條約！朝廷不能允准！若批准這個條約，伊犁九城將不復存在，國家受害大矣。”
左宗棠說到做到，很快拜發《复陳交收伊犁事宜折》，堅稱：“諭旨允行，則實受其害，應設法挽回，以維全局。”
左宗棠已打定主意，如果朝廷當真批准這個條約，他就回京當面向慈禧太后陳述自己的不同意見，用武力收復伊犁。
左宗棠之後，又有兩江總督沈葆楨等一些督撫上的奏摺，認為：“俄人要挾太甚，應將崇厚所議作罷。”
但大學士直隸總督李鴻章等少數人卻認為：“先允後翻，其曲在我。”同意允准崇厚所簽之約。李鴻章最擔心的是“釁由此開”。
在接旨的當天，李鴻章曾對盛宣懷說過這樣一句話：“簽約又毀約，各國均無成案。如果俄國聯絡西洋各國發難於我，我大清如何招架得了啊！”
李鴻章的折子遞進京師，馬上便招來一片罵聲。
一時間，大清國上空，奏摺、條陳往來飛舞，公說公理，婆說婆理，各不相讓，吵得幾近天翻地覆。
不久，左宗棠又接一旨：“通政使司由劉錦棠補授。”
同年十一月初五，左宗棠收到聖旨。因為崇厚即將回國復命，朝廷命左宗棠對南北二疆預先做出佈置。聖旨雖未具體說明是否批准崇厚所簽之約，但左宗棠憑感覺意識到，自己的折子起了作用。
左宗棠所料不錯，他的折子的確起了決定性作用。因為就在聖旨發出的同時，總理衙門秉承慈禧太后的懿旨，照會俄國駐華公使館，以崇厚與吉爾斯所簽之約“未經請旨”、“多有違訓越權之處”、“事多窒礙難行”為由，宣布該條約為無效條約，不予批准。
很快，大清國朝廷又公告中外，宣稱：“將崇厚革職，定斬監候。已將其押回京師，俟秋後問斬。另詔授駐英、法兩國公使曾紀澤為出使俄國欽差大臣，重與俄國就交收伊犁一事談判訂約。”
朝廷很快又給左宗棠下旨，怕改約不成，由此大開釁端，命左宗棠對武力收復伊犁做出具體軍事部署，同時任命劉錦棠幫辦新疆軍務。聖旨又命左宗棠轉飭關外劉錦棠、金順二軍，密切關注駐伊犁俄軍動靜，以防不測。
此時已是光緒六年（公元1880年）的四月中旬，左宗棠已經六十八歲。接到聖旨的時候，左宗棠已在肅州病倒多日。此次病倒，除舊病復發外，又添了咯血一症，他現在每日都在靠人參支撐著精神。他已將自己的壽材做好，而且已經漆過了三遍。鑑於長子孝威的前車之鑑，他儘管幾次發病，但在給兒子及張氏的信中，卻不敢說一詞。他怕兒子們得知他病重的消息後，一起跑來看視他。孝威因為來蘭州一趟而過早夭逝，成了他終身的憾事。他已經失去了一個兒子，不能再讓其他兒子重蹈覆轍了。他儘管每晚都能夢見自己的兒子，可他不敢過深思念他們。老友已大半作古，也該輪到他了。但因伊犁的事一直不見結果，他就此死去，卻又委實放心不下。他已抱定一個信念，就算硬撐，他也要撐到伊犁從俄國人的手裡要回來的那一天。
他抱病拜發《复陳佈置情形》一折。在折中，他支持改派曾紀澤赴俄再議，認為是“以固圉為先”，同時指出：“倘俄狡執挑釁而開釁端，已將合南北兩路全力慎以圖之。”他依據新疆現有的兵力，進行了三路布防：“北路，金順扼守精河；中路，張曜屯阿克蘇；西路，劉錦棠駐喀什噶爾，取道進規伊犁。”
此折拜發不過一個月，他又上《辦理新疆善後事宜》折，強調修濬河渠、建築城堡、廣興屯墾、分設義塾，更定貨幣。他還提出在新疆清丈地畝，賦稅分上、中、下三個等級，仿古製而更減，按民間收糧實數十一分而取其一。
越五日，左宗棠又上《复陳新疆宜開設行省，請先簡督撫臣以專責成》折。此折拜發，左宗棠因連日勞累過度，病情突然加重。
左宗棠在心裡叫苦不迭，自以為大限已到，遂不等聖旨到達，便傳命親兵營集合，於午後率親兵營馬、步各隊出關，向哈密進發。任一班幕僚千般勸、百般攔，他卻一句也聽不進去，極其執拗。
離開肅州前兩刻鐘，左宗棠給朝廷拜發了《督師出屯哈密》折。
此時的左宗棠，體衰多病，已無法騎馬，只能抱杖乘轎，或橫臥車中，但仍決定到哈密就近督軍，為繼續進行的談判增加砝碼；如果改約不成，他就在新疆親自指揮武力收復伊犁的這場戰爭。
考慮到自己年邁多病，此次出關很可能就是走向不歸之路，同時也為了表示武力收復伊犁的決心，左宗棠特命八名親兵抬上自己的棺櫬隨營出關，真正表現了一代名臣視死如歸的沖天豪氣。
左宗棠對隨行的幕僚道：“沒有強大的軍力作保證，我國是斷難從談判桌上要回伊犁！老夫決定出關督軍，就是想讓俄國人知道，不管通過什麼方式，他們都必須交還伊犁。如其不然，我就打他個狗日的！”