重新主持財經工作就提出要調整，抓住寶鋼上下馬的難題，深入調查“解剖麻雀”，遏制冒進勢頭。
三中全會後，國務院討論國民經濟年度計劃時，感到問題很多，難以確定下來。鄧小平同當時持財經工作的李先念商量，建議國務院成立一個財經委員會，請陳雲出來當主任，主持全國財經工作。
李先念從50年代以來一直在財經部門擔任領導工作。他對陳雲是很佩服的。常常對人說：“我一生有兩個教師，一個是徐帥，教會我打仗；一個是陳雲，教會我管經濟。”他同意鄧小平的意見，並且主動說，他給陳雲當助手，任副主任。
中央政治局常委會議通過了這個提議。
3月13日，陳云同李先念商討後，第二天，陳雲起草了兩人聯名給中共中央的信，提出了對財經工作的幾點意見：
第一，前進的步子要穩。不要再折騰，必須避免反復和出現大的“馬鞍形”。
第二，從長期來看，國民經濟能做到按比例發展就是最快速度。
第三，現在的國民經濟是沒有綜合平衡的。比例失調的情況是相當嚴重的。
第四，要有兩三年調整時期，才能把各方面的比例失調情況大體上調整過來。
第五，鋼的指標必須可靠。鋼的發展方向，不僅要重數量，而且更要重質量。要著重調整我國所需要的各種鋼材之間的比例關係。鋼的發展速度，要照顧到各行各業包括農業、輕工業、其他重工業、交通運輸業、文教、衛生、城市住宅建設、環境保護等的發展的比例關係。由於鋼的基建週期長，不僅要製訂5至7年計劃，而且要製訂直到2000年的計劃。
第六，借外債必須充分考慮還本付息的支付能力，考慮國內投資能力，做到基本上循序進行。
這封信根據按比例發展經濟的要求，指出了當時經濟形勢不穩的根源在於比例失調，提出要用兩三年的時間進行經濟調整。這樣，實際上是提出了國務院財經委員會的施政方針。
3月21日，中共中央政治局開會。陳雲在會議上，根據他和李先念商定的幾點意見，更具體地提出，要用兩三年的時間，最好3年，來對國民經濟進行調整。
陳雲講話後，鄧小平發言，表示完全支持陳云有關經濟工作的意見，說，中心的任務是3年調整。這是一個大方針、大政策。這次調整，可以肯定地說，沒有很大的決心是搞不成的。首先要有決心，東照顧、西照顧不行，決心很大才能夠干成。這次提三年調整非常好。鄧小平還說，陳雲提出2000年搞8000萬噸鋼有道理。過去提以糧為綱、以鋼為綱，是到了該總結經驗教訓的時候了。鋼多了就什麼問題都解決了？一個國家的工業水平，不光決定於鋼。精密的東西多，用的材料就少。鋼鐵工業的水平，也不光是由數量決定的，還要看質量、品種、規格。把鋼的指標壓下來，把包袱卸下來，就可以有力量去搞別的東西了。鋼鐵要抓質量，抓尖端的，搞得好，8000萬噸鋼，並不一定比2億噸質量差，品種、規格少的鋼的作用小。
1979年3月25日，人民大會堂新疆廳。陳雲走馬上任，主持了國務院財政經濟委員會成立的第一次會議。
經過一段時間緊羅密鼓的籌劃、組織，明確了方針，組建了機構，陳雲又一次領導了大規模的卓有成效的經濟調整。
1979年4月中央工作會議提出對整個國民經濟實行“調整、改革、整頓、提高”的方針，要集中三幾年時間搞好國民經濟的調整工作，進一步為加快實現現代化奠定更穩固的基礎。
受中央委託，陳雲親自抓了寶鋼問題。
寶鋼投資規模巨大，對國民經濟全局影響甚鉅。而且，很多當初沒有全面考慮的問題，開工後都暴露出來。公路等基礎設施嚴重不足，建鋼鐵廠需要新建配套；華東電力、用水本來就緊張，再加上一個寶鋼就更困難；上海地質條件也是個問題，光打地基就要花不少錢，有人形容是用鈔票一寸一寸壘起來的，等等。人們議論紛紛。
顯然，寶鋼問題，是關係調整能否真正落實的關鍵。陳雲決心親自處理這個問題，反映了他對此的重視。
陳雲從1979年4月底5月初開始著手進行全面的調查研究。那時，寶鋼建設已經上馬，而國內又議論紛紛，處於“騎虎難下”狀況。
寶鋼建設，已經同外商訂了合同，日本方面行動很迅速，按照協定準備了材料，組織生產，大批引進設備源源不斷地運抵中國。由於風聞中國即將全面開始經濟調整，外國廠商擔心影響自己的利益，更是加速向中國搶遠設備，貨物已按協議交付，中國方面就不好說不收、不建了。已經定了合同，如果不履約，外商是要索賠的。那樣的損失相當大，也嚴重影響中國的國際聲望和信譽，對進一步的對外開放十分不利。
在國內，寶鋼從1978年破土動工以來，建設工程已全面展開，高爐、焦爐、轉爐和電站等主體工程基礎樁都已打完，現場施工隊伍已經集結了四五萬人。一下子也難以停頓下來。
但是，如果寶鋼照原計劃建設，調整方針就會落空，進口設備要佔用大量外匯，還需要有相應的國內配套設備和材料、資金，大體上是一美元需要一元人民幣的物資和資金來配套，根據當時的財力物力，無論如何是配不起的。
當時意見很不一致。有的說要全部下馬，有的說可以部分下馬，還有說下馬損失太多受不了。有的說已經進口的設備先放起來，形勢好轉了再說；有的卻說與其保存在倉庫裡，倒不如把它安裝起來，哪怕不能開工也行。眾說紛紜，誰都佔理。這個決心不好下。
陳雲看了寶鋼上馬的一些材料，又把寶鋼建設規劃與鞍山鋼鐵公司的情況對了一些對比，有了一個初步的想法：寶鋼工程的一、二期建設，可以適當拉開間距。
陳雲認為，鞍鋼1901年開始建設，日本人搞了40多年，建國後搞了30多年，前後70年，才搞到600萬噸；寶鋼規模相當，用7年時間建成，雖說有幾十年建設經驗，畢竟有些工作還有困難，這是大事，不能含糊。
他還擔心，匆匆忙忙搞突擊，一些問題來不及處理，積累下來，等完工了，出不來鋼鐵，那就不好辦。對外國設備，陳雲並不迷信，他認為，外國設備也是有問題的，要注意。
在一段時間裡，建設週期問題是陳雲考慮的主要問題。
5月9日，國家計委、經委、建委、冶金部和中國人民銀行關於寶鋼建設問題向國務院財經委員會和國務院提交報告，主張：主體設備引進，當然也買技術和專利，但為了增加國內自製設備的能力，將3套軋機改為同外商合作製造。二高爐及三、四號焦爐等大大增加國內分交的比重。把原計劃1981年底建成一高爐系統、1983年底全部建成的進度，予以調整、推遲，不要操之過急。
5月31日，陳雲為了取得第一手的資料，親自赴上海，進行調查研究。
6月6日，陳雲結束在上海的調查，回到北京。從全盤考慮，他最終考慮還是按有關部門的意見，設備要進口，也要有一部分在國內分交。技術資料要全部買下來。
1個半月之內，陳雲集中考慮寶鋼建設方針，三度反复，才最終拍板定案。
6月16日，陳雲在中南海主持召開財經委員會會議，討論寶鋼問題。在會上，他根據一段時間來的調查研究和反复思考的結果，提出了8點意見。
根據陳雲的意見，寶鋼一期工程繼續幹下去，二期工程延期，二期對外已籤的合同按合同進行賠償，已進口的設備得到妥善保管。
得知寶鋼調整後，作為積極推動中日合作建設寶鋼的日本方面負責人，稻山嘉寬對中方的行動表示了理解。他認為：“有人抱怨中國的政策就像秋天的氣候那樣變幻無窮。不過，不會進行調整的國家是不行的，因為中國有以鄧小平為首的優秀的領導人，才能進行調整。一些發展中國家在身負高額累積債務時，又能獲取外匯，原因就是他們進行了調整。”
雖然寶鋼建設後來還經歷了一些波折，但由於動手早、基礎好，最後一一化解了困難和乾擾。寶鋼一期工程於1985年9月建成投產，一年後各項指標就達到和超過了設計水平。工程質量全優，獲國家金牌。一期工程建成後產生巨大效益，為二期工程提供了資金。整個寶鋼的工程技術達到了70年代末、80年代初的水平。二期工程的連鑄、熱軋、凍軋系統主體設備技術已達到80年代中、後期的水平。寶鋼的一些關鍵性技術經濟指標如勞動生產率、產品質量、能耗、環保等等，在國內都居於前列，在世界上也是比較先進的水平。另外，寶鋼引進的技術、現代化管理方法，經消化、創新，已在全國冶金系統逐步推廣。另外，寶鋼建設對機電、交通、煤炭等行業的現代化建設起到一定的促進作用。實踐證明，建設寶鋼的決策是正確的，黨中央、國務院對寶鋼建設的領導是強有力的。
1986年5月18日，陳雲以八旬高齡親自視察了寶鋼，除聽取寶鋼負責人的匯報外，還視察了煉鋼廠、原料碼頭、焦化廠、煉鐵廠和初軋廠，親自看了出焦和出鋼。他對我國以較快速度建成一個現代化的大型鋼鐵企業，由衷地表示高興，特為題詞：“埋頭實幹，從嚴要求，精益求精，不斷創新。”
寶鋼問題定案以後，對1978年確定的120項大工程，也就有了調整的具體藍圖，克服了一段時間頭緒眾多、無處下手的毛病，為國民經濟的全面調整打下了良好的基礎。
正如鄧小平所指出：這次調整“如果要說有什麼改變的話，那就是改掉我們工作中還存在的不符合三中全會精神的毛病，那就是下決心去掉不切實際的設想，去掉主觀主義的高指標，而這正是三中全會的路線要求我們必須做到的。”李先念受中共中央和國務院委託就調整問題作的講話指出：這次調整的主要任務之一就是“堅決地、逐步地把各方面嚴重失調的比例關係基本上調整過來，使整個國民經濟真正納入有計劃、按比例健康發展的軌道”，並宣布了調整比例關係的十二條原則和措施，其中包括：近幾年多進口一些糧食，以利農民休養生息，調動農民積極性，調整工農業比例關係，安排好城鄉人民的生活；將原定1985年鋼產量6000萬噸指標降為4000萬噸，鋼鐵生產不但不能擠輕工業，還要為輕工業讓點路、服點務，同時加快能源。原材料建設；按照國民經濟發展的需要和能源、原材料供應的可能，堅決地、有秩序地關停並轉一批企業；堅決縮短基建戰線，將全國在建的1700多個大中型項目削減到1000個以下；各項計劃要互相銜接，不留缺口，嚴格控制引進規模，引進要循序前進，前後銜接，比較大的引進項目要組織各有關部門會審，二億美元以上的重大引進項目，要報國務院財政經濟委員會審批。從中可以看出，陳雲在中央工作會議上提出的意見在這些調整措施中得到了很好的體現。
這些措施在貫徹實施後也取得了良好的效果。 1979年，國家多進口了幾百萬噸糧食，從而得以降低全國的糧食徵購基數，並減免了部分農業稅，這些措施與農業政策落實、農業投資增長等一系措施配套，使農業生產出現多年來沒有過的好情況，1979年農業增產200多億斤，國家庫存有所增加，其他農副產品也出現了喜人的增長勢頭，棉花增產100多萬擔，油料增長1500多萬擔，增幅達15％，全國絕大多數城市豬肉敞開供應。堅決縮短基本建設戰線方面也邁開了重要的一步，停建、緩建了348個大中型項目，開始遏制長期存在的基建規模過快膨脹的勢頭。以寶山鋼鐵公司建設計劃調整為代表，在調查研究的基礎上，對引進工作進行了重新部署，有的項目延長建設期限，有的推遲上馬，引進工作逐步走上正軌。經過幾年的艱苦努力，調整工作勝利完成，為促進改革開放，加快社會主義現代化建設步伐打下了堅實的基礎。