正當黃子文在隴東特委領導下，積極組織慶陽蘇區的廣大人民籌備物資支援抗日前線的八路軍和地方游擊隊，全面展開各項後援工作之際，一支暗箭又向他射來……
1938年5月，位居陝甘邊區黨委書記的高崗，通知子文、張文華等去邊區機關澄清與張慕陶牽連之事。子文感到自己與張慕陶是非分明，當前的大事是抗日救亡，不是搞內耗。他寧可為革命受苦受累多做實事，也不願坐在那兒磨嘴皮。於是，他經隴東特委組織部長李鐵輪批准，又返回家鄉武字區。
當子文這次回到三原時，三原的革命形勢已大為好轉。中共三原中心縣委早於1937年3月重新建立，周芝軒任書記，黃子祥任副書記。中共武字區委也於同年7月恢復，康德寬任書記。三原各界人士和廣大群眾的抗日救亡工作，已在中心縣委、區委的領導下，轟轟烈烈地開展起來。他與縣委派駐武字區的談國帆及共產黨員王瑞琪商議後，利用自己在瓦窯堡兵工廠學到的技術，自籌經費，在自己的舊窯里辦起了地下兵工廠，為武裝抗日修理槍枝，製造手榴彈。隨後，又與區委委員郭立三、劉德植（即李豈陽）等，在長坳堡辦了“女子義務學校”（對外叫“紡織廠”），招收武字區和富平縣西原的青年婦女三、四十人，以紡紗織佈為掩護，學習文化、時政和黨的知識，為抗日救亡培養婦女幹部。同年8月，被黨組織送到旬邑職田鎮魯迅師範學校學習的李盛雲畢業後回到武字區，被區委安排到“女子義務學校”任教師。李盛雲與劉德植、陳玉秀一塊，組織學員散發抗日傳單，書寫抗日標語，探聽敵情。又讓學員定期回到各自的村莊，發動組織廣大婦女為抗日前線的戰士做鞋襪，縫棉衣，支援前線。
置身群眾中的黃子文如魚歸海，在抗日救亡工作中顯得十分活躍。同年夏季，太原失守，日軍直逼黃河東岸，窺視陝西和大西北。中共陝西省委及時發出了“保衛陝西，保衛西北”的號召，為了響應省委的號召，並付諸於行動，黃子文采取多種形式，積極宣傳，組織群眾，為保衛陝西，抗擊日本侵略軍做準備。當他得知區委宣傳委員向純渤曾住過“安吳青訓班”後，便與其商議，並徵得三原縣委同意後，與向純渤、劉德植一起去安吳堡，邀請培訓班“抗戰劇團”到武字區進行宣傳演出，以活躍群眾生活，激發群眾抗日救亡的情緒。 “抗戰劇團”在武字區西嶽廟演出期間，他親自安排劇團人員的食宿和安全保衛工作，組織廣大群眾觀看演出。自此以後，西嶽廟便成了影響很大的抗日動員陣地和黨的活動中心。設立在西嶽廟小學的“教員聯合會”，出牆報，教唱歌，演小戲，宣傳抗戰。
黃子文在創建渭北革命根據地時期組織的“渭北游擊隊”於1933年被省委改編為紅四團後，由黃子祥、楊森率領北上了。現在組織起來的游擊隊隊員，年紀輕，無鬥爭經驗，不懂游擊戰術。黃子文針對這一現實，建議縣委與安吳青訓班聯繫，組織青年去安吳學習軍事知識。中共三原中心縣委採納了這一建議，並動員所轄的臨潼縣交口和富平縣選派青年一塊去學習。黃子文在武字區動員了60餘名青年農民，連同交口、富平選派的青年共90餘人，於當年冬季到了安吳堡。安吳青訓班將其編為“農民連”，由黃子文任連長，張戈任指導員。
青訓班對“農民連”的教學任務，除黨的基礎知外，主要講軍事知識，如武器構造與拆裝、地形地物的利用、夜間襲擊及如何打埋伏等等。
1939年1月，國民黨召開了五中全會，確定了消極抗日，積極反共的反動方針。國民黨三原縣黨部和駐軍，也開始了反共活動。中共三原中心縣委遵照中共陝西省委“精幹蔭蔽”的方針，先後將一些領導幹部送往邊區，將一些暴露了身份的黨員疏散外地。
1940年，在國民黨陝西省政府施行聯保制，設置偵察網，搜捕進步人士和共產黨員的形勢下，子文在武字區隨時都有被捕的危險。武字區委書記劉光遠將此事告知中心縣委書記周芝軒時，週指示說：“黃子文這個人太紅了，他到誰家，敵人就懷疑誰家是共產黨，最好讓他離開地方”。劉光遠派交通員將黃子文送到邊區陝西省委駐地。不久，中共陝西省委又送黃子文去延安馬列學院學習，後又轉入延安研究院學習，並深入農村進行調查研究工作。