1934年春，陝甘邊第三路游擊隊指揮部在陝西的鄢縣、中部縣（今黃陵縣）、宜君、耀縣、旬邑、淳化和甘肅的正寧、寧縣一帶開展游擊戰爭，創建蘇區。 5月，陝甘邊特委和革命委員會為加強政權建設，派黃子文為陝甘邊革命委員會駐三路地區辦事處主任，代行政府職能。 9月，中共陝甘邊南區委員會和陝甘邊南區革命委員會，在中部縣（今黃陵縣）小石岩成立。張邦英任中共南區委員會書記，黃子文任南區革命委員會主席。
南區，山大林深，地勢險要，人口稀少，敵人的統治勢力很薄弱，十分有利於蘇區的創建和擴大。黃子文與張邦英等同志攜手並肩，組織領導南區革命根據地開展各項工作。他們在領導好邸西、郝甘兩個縣級革命委員會的同時，積極開展其它地區的政權建設。同年冬季，黃子文等指導湫頭、三嘉、長舌頭的當地干部，建立了這三個地方的區級政權。同時，在新寧縣設立了辦事處，由南區革命委員會副主席劉永培兼任辦事處主任。 1935年春，南區革命委員會正寧縣辦事處成立，黃子文等派郭遷藩任辦事處主任，派南區革命委員會財政委員封正寶租杜宛協助，籌建正寧縣蘇維埃政府。 2月，第三路游擊隊總指揮張仲良派宋飛到赤淳地區開展革命工作，黃子文與封正寶積極協助並予以指導。同月底，在赤淳西區成立了赤淳縣蘇維埃政府，宋飛任主席。黃子文將有建政工作經驗的封正寶留下，任組織部長，協助宋飛開展工作。
同年3月，正當黃子文、張邦英等領導南區黨委、革命委員會積極開展各地建黨建政工作之際，蔣介石調集陝西井岳秀、楊虎城部、甘肅馬鴻賓部、河南高桂滋部，向陝甘邊南梁革命根據地進行第二次“圍剿”。陝甘邊南區黨委、革命委員會機關因馬鴻賓部圍攻而遭破壞，張邦英、黃子文及機關幹部與敵人展開了游擊戰爭。
4月，陝甘邊區蘇維埃政府主席習仲勳委派政治秘書長張文華尋找紅一團和淳耀游擊隊，組織反“圍剿”鬥爭。張文華、張仲良研究，決定將淳耀游擊隊編入紅一團，由黃子文任團長，張文華任政委。後因張文華腿部扭傷，部隊由黃子文、張仲良率領向禮泉和彬縣出擊。在禮泉涇河畔的北平鎮，子文巧用“引蛇出洞”之計——讓張仲良率部隊埋伏於通往叱幹的大路兩邊，又派兩名河南籍戰士以賣槍作路費為誘餌，托路邊小賣部店主找買主，引誘叱干鎮民團，將其一舉殲滅，獲長短槍30餘支，彈藥若干。這次勝利，一掃戰士們失利後的消極情緒，增強了反“圍剿”的信心。
接著，黃子文和張仲良又率隊北上，配合中宜游擊隊襲擊了柳林西峪民團。隨後，紅一團北上與楊森的騎兵會合，協同轉戰，殲滅敵軍。由於主力紅軍和各路游擊隊密切配合，廣大人民群眾大力支持，終於粉碎了國民黨反動派的“圍剿”，壯大了革命武裝，擴大了革命根據地。