大革命失敗後，第一次國共合作破裂，白色恐怖籠罩全國。黨的活動轉入地下，轉向武裝鬥爭。
在陝北地區，盤踞在榆林的軍閥井岳秀，也發動了瘋狂的“清黨”運動。 1927年8月4日，井部包圍了綏師，命令學校師生全部離校，焚燒了進步書刊，一時火光沖天，喊聲一片，校長常漢三憤慨痛哭。學生們一個個被迫走出校門，受到嚴格的檢查。綏師教員、中共綏德地委書記蔡楠軒和中共綏德地委宣傳委員關中哲以及黨員教員雷五齋、趙少西等被驅逐出境，校長常漢三被禁居綏德，三年不准任公職、任教，不准離開綏德。與此同時，延安駐軍亦奉令封閉了延安省立四中，中共延安地委書記、四中校長田伯英被軟禁在校，大部分教師被遣散回家；爾後由反動分子馮楚錫接任四中校長，對學校進行改組，黨、團員多數被迫離校。在井岳秀部總部的駐地榆林，中共榆林地委負責人馬雲程、周家於、郭洪濤、杜聿德等七人被通緝，他們隨即離開陝北。陝北的黨、團組織大多數一時陷於無人主持的散亂狀態，革命迅即轉人低潮。
1927年9月以後，中共陝西省委陸續派人到陝北恢復和整頓組織。 1928年4月，中共陝北特委成立。 1931年1月，馬明方任特委委員。恢復和發展黨的組織，積聚革命力量。
1927年下半年至1933年，陝北黨組織處於秘密工作時期。馬明方為恢復和發展黨的組織，積聚革命力量，做了大量工作。
1927年下半年，馬明方任中共橫山區委書記，在橫山響水堡以小學教員為掩護，恢復和整頓黨的組織。當時，響水堡小學校長曹亞華、教員強雄飛等都是黨員，街上也有些黨員。他在響水堡積極開展了黨的工作，在教師和學生中發展黨員；同時在學生中進行革命宣傳和思想教育工作。響水堡的黨、團員和進步學生，後來大多數參加了陝北游擊區和陝甘寧邊區的工作。
1928年至1929年，馬明方先後在綏德北區、東區、四十里鋪工作，擔任中共綏德縣委委員、北區區委書記、巡視員等職。
1928年前半年，馬明方是在楊家溝小學以教員作掩護工作的。校長馬醒民，是楊家溝的大地主，教員和學生大部分是本村人，地富子弟多，和外村聯繫很不方便，半年後馬明方就離開學校了。當時與馬明方取得了工作聯繫的有李林威、魏錫九等，他們所地區的工作有進展，發展了一些農民黨員。
1928年下半年，馬明方沒有社會職業作掩護，以中共綏德縣巡視員身分，到各區巡視和幫助工作。 8月，馬明方和景仰山到德南區巡視工作時，在鐵茄坪無定河畔開了區委會議，要求黨員人群眾，大膽開闢工作。當時南區區委書記崔田夫，雇農出身，作積極，在群眾中有威信；區委領導成員崔田民、崔正冉等能密聯繫群眾，所以南區鐵茄坪一帶，農民黨員較多，群眾工作基礎好，黨在群眾中的影響很大。隨後，馬明方又去綏德城區、東區巡視工作，發現東區義合鎮馬家川一帶工作較差，便指導黨員積極在群眾中開展工作。雷家溝、深溝裡、義上坪一帶工作較好，區委負責人劉漢武、霍維德等工作積極。這一帶有一個小學校，冬天有冬書房作為黨組織活動的場所，黨員數量和黨的工作有所發展。這半年來，馬明方在巡視各區委工作時，向很多黨員和群眾進行了調查，對農村情況和黨在農村的工作，有了較多較細的了解。他在實踐中進一步認識到黨的工作重點轉移到農村的重要性。陝北農民是革命的主要力量，他們深受地主、官府的剝削壓榨，生活極端貧困，有很高的革命積極性和勇敢的鬥爭精神，如果脫離農村、脫離農民，革命鬥爭是不能成功的。
1929年，馬明方任北區區委書記，在四十里鋪小學以教員身分作掩護進行工作。校長是一位農民，教員馬繩武等都是黨員，農村、街上、學校中都有黨員、團員，黨的工作主要是發展黨員、團員，建立黨、團組織，在學校師生和農村群眾中進行宣傳工作。當時北區建立起四個支部，黨員發展到20多人，都是農民和僱工。
1929年陝北大旱，赤地千里，百姓吞糠咽菜，不能一飽。地裡的野菜挖光了，榆樹皮也幾乎剝光了，百姓餓得沒辦法，成群結隊逃荒討飯，到處都有抬龍王樓子祈雨的人群。 “黑龍大王老兒早鋪雲頭，下普雨喲！”的呼叫聲此起彼伏，有的黨員自動地帶領饑民結隊成群吃大戶、打稅局、闖衙門，有的饑民問他們認識的黨員：“平常你們宣傳鬧革命、鬧翻身，現在怎麼辦？”當時黨的縣委書記周發源一心做生意，工作消極。黨的縣委常委兼團縣委書記馬文瑞，到米脂縣參加陝北團代會時找黨的特委委員劉志丹、白樂亭等研究如何拯救饑民問題。劉志丹提出：“發動饑民鬥爭，向地主和官府要糧。”馬文瑞回綏德後，向黨的縣委傳達了這個意見，決定通知全縣黨、團組織，發動群眾按照確定的時間，齊集綏德縣城向地主官府要糧，當即用雞毛信傳遍各區。馬明方接到通知後，立即做了部署。由於他是小學教員，不便公開進城，便組織農民黨員帶領群眾進城。到了約定的日子那天，四五千農民背著口袋，拿著镢頭，浩浩蕩盪地匯集綏德縣城。駐軍營長張建南看見群眾聲勢浩大，下令關閉四門，士兵荷槍實彈，守在城牆上面，但飢餓憤怒的群眾，不畏強暴，擠開城門蜂擁而入。張建南下令朝空鳴槍，仍然阻止不住潮水般的人群。當時，縣長和士紳正在開會，聞訊張皇失措，用繩子拴在腰里縋城而逃。群眾找不到縣長，就在地主家裡挖糧，但不知藏處，沒有挖出糧食。於是齊擁到一個山西資本家製蛋粉的雞蛋廠，動手打砸，搶吃蛋粉，這就是有名的“打蛋廠”鬥爭。張建南感到事態嚴重，派人同縣長商量後，勸說群眾出城，但群眾堅持不給救濟決不出城。他們迫不得已在南城搭起台子，給每人發放一塊銀元。當時進城的黨員很多，綏德四師（此時已復校）的黨、團員李光白、黨永亮、許金河、白泰康、賀晉年、吳志淵、白如冰等也化裝成農民在群眾中做工作。有的同志提出，要把經濟鬥爭提高為政治鬥爭。馬文瑞召集各區進城的負責黨員研究，認為時機尚不成熟，鬥爭應適可而止，於是動員群眾陸續出城。這次饑民鬥爭，是陝北黨組織領導的一次大規模的群眾鬥爭，說明這個時期黨在群眾中的工作已經有了相當的基礎；這場鬥爭的勝利，極大地鼓舞了群眾，擴大了黨的影響。
1930年，馬明方任中共鎮川區委書記（直屬中共陝北特委領導）。 1931年陝北特委決定，米脂、佳縣和鎮川兩縣一鎮，合併成立黨的中心縣委，馬明方任中心縣委書記。此期間，他一直以鎮川小學教員為掩護進行工作。鎮川小學校長劉紹讓，教員崔明道、李俊藻、劉述向、杜宏亮都是黨員，工作開展得比較順利，黨員發展到60多人，團員發展到23人；在鎮川堡、上鹽灣和無定河以東的農村中，建立起幾個支部；還建立起鹽工工會、貧農團、互濟會、婦女會等群眾組織。黨領導各群眾組織秘密散發傳單，張貼標語，發動群眾開展了抗租、抗稅、抗捐等鬥爭；並開始醞釀組織游擊隊和開展打土豪的鬥爭。黨員和群眾的積極活動，引起國民黨特務的注意。 1930年四五月間，榆林國民黨特派員孫士英帶兵到鎮川，對鎮川小學進行搜查，毀掉了圖書館的進步書籍，但黨的組織沒有遭受破壞，黨的工作沒有停頓，而且繼續向前發展。
這期間，馬明方還以中共陝北特委委員身分，到綏德西川一帶巡視工作。他到過周家瞼、苗家坪、三皇峁等地，那裡黨的組織和黨的工作都有發展，群眾工作也有了一定的基礎，大革命失敗後黨的工作一度處於散渙、停頓、無人領導的狀況，經過恢復整頓已經有所改變。此期間，由於盲動主義、立三路線的影響，城市中黨的組織和軍隊中的黨組織遭到敵人的破壞，力量有所削弱。但黨在農村中受到的影響不大，農村中黨的組織和黨的工作都有較大的發展。陝北黨組織在秘密工作的幾年來所集聚的力量，為發動游擊戰爭和開闢根據地創造了必要的條件。
正當各項工作向前發展的時候，馬明方受到敵人的通緝。 1931年3月，馬明方回家時，被衙役捕捉，他奮力掙脫，頭髮被揪去了一撮，幸得村人救護，得以逃脫。村人李祿喜護送他渡過黃河。馬明方到了太原後，同中共山西特委劉天章取得聯繫，向劉天章報告了他被捕逃脫的經過和他所知道的陝北的一些工作情況，要求山西特委將他被捕逃脫的情況報告陝北特委，並要求山西特委給他分配工作。劉天章要他暫等一等，待陝北特委來信後再決定他回陝北還是留在太原工作。他在太原住了30來天，山西特委分配他在太原市攤販中開展互濟會的工作。有一天，他回到所住的會館，反動派正在會館裡搜捕共產黨人。馬明方回頭走出大街口時，也被捕了。他趁空隙把小本子上記的簡單的工作要點撕毀。同時被捕的人中只有個別人認得他，敵人傳訊時，他謊稱名叫趙得勝，山西磧口人，父親在北平做生意，他是在去北平看望父親，路過會館門口時被捕的。這樣競騙過了敵人，將他釋放。隨後，中共山西特委任他為巡視員，派去晉北巡視工作。他在大同和附近的煤礦中工作了一段時間，便回到太原匯報工作。但太原的黨組織已遭到很大的破壞，無法找到關係，所以又返回陝北，同中共陝北特委書記趙伯平取得聯繫，在特委專職做黨的工作。 1932年冬，趙伯平去西安向中共陝西省委匯報工作，馬明方任中共陝北特委代理書記。此時增加馬文瑞、王兆卿為特委委員。
陝北游擊戰爭的開展和革命根據地的建立，是在井岡山道路指引下，逐步發展起來的。 1933年7月，中共陝北特委笫四次擴大會議在佳縣高起家抓召開，由馬明方主持。這次會議對於開展陝北游擊戰爭有重要的歷史意義。
出席會議的人員除特委委員馬明方、馬文瑞、畢維周、王兆卿、常學恭（後叛變）、崔逢運、魯學曾（魯賁）外，還有各地代表崔田夫、崔田民、高朗亭、趙福祥、高長久、張崗、張達志、賈怀智等人。這次會議的主要議題是討論開展陝北游擊戰爭問題。馬明方在政治報告中詳盡地分析了陝北革命鬥爭的形勢、敵我力量的對比，充分說明開展游擊戰爭的必要性和重要性。報告中指出：陝北統治階級殘酷地壓榨老百姓，苛捐雜稅名目繁多，地租、高利貸剝削很重，老百姓已經到了無法生活下去的地步。統治階級的政治壓迫和經濟剝削，引起陝北廣大人民的強烈反抗。陝北地廣人稀，山多溝深，而井岳秀軍力單薄，除各縣城和較大的一些鎮子裡駐有少數敵軍外，廣大農村沒有駐軍，有利於開展游擊戰爭。陝北黨組織有了一定的基礎，聯繫著廣大的群眾，在群眾中有威信，有號召力。陝北特委創建的游擊隊第一支隊已堅持鬥爭一年多了，可作為武裝鬥爭的骨幹力量，又有陝甘邊紅二十六軍的影響和有力的支援，只要黨的領導正確，依靠群眾，發動群眾，開展游擊戰爭是完全可能的。會議經過充分討論，一致同意馬明方的報告。會議決定：武裝工農群眾開展游擊戰爭，建立工農紅軍；發動群眾廣泛開展抗糧、抗捐稅、抗租債的群眾運動；打土豪分田地，沒收地主財物，分配給勞動農民，建立革命根據地；大力發展黨、團組織，恢復和加強縣、區黨組織的建設，加強黨在各方面的領導作用。同時決定：（一）擴大第一支隊，創建安定（今子長縣）游擊區。 （二）建立第二支隊，創建綏（德）清（澗）游擊區。 （三）建立第三支隊，創建神（木）府（谷）游擊區。安定地區、綏清地區、神府地區黨的力量較強，群眾基礎較好，首先在這三個地區開展游擊戰爭，創建革命根據地，北起府谷，南接延安，便於打擊敵人，擴大黨的影響，互相呼應。會議決定，派畢維周任第一支隊政委，王兆卿協助整頓一支隊的工作，崔田夫、崔田民、高朗亭到綏清組建第二支隊，馬文瑞到神府組建第三支隊。
會議選舉了黨、團特委委員，健全了黨、團領導機構。在選舉前，已經醞釀選舉馬明方為黨的特委書記，可是崔逢運說：中央駐北方代表指示，書記要選工人當。他提出綏德的一個木匠賀牛任書記，大家不同意，商議的結果大家選舉崔田夫為書記。因為崔田夫是雇農，又是很老的黨員，階級覺悟高，革命意志強，勇於對敵鬥爭。會議選舉馬明方、馬文瑞、常學恭、畢維周、王兆卿、崔逢運、魯學曾、崔田民、張達志、高長久等10人為黨的特委委員，馬明方為特委組織部部長。
會後，馬明方、馬文瑞、常學恭到米脂縣姜家新莊起草會議決議，其他委員分赴指定地點傳達會議精神。畢維周、王兆卿和去第一支隊為特委取活動經費的高祿孝去安定時途經鎮川堡，住在鎮川堡的米脂區委書記崔明道家裡。米脂國民黨駐軍的一個特務董佩義，混入共產黨，和共產黨員高慶恩住在一個院裡，偵察到黨的一些活動情況，即帶敵軍首先逮捕了共產黨員高慶恩、王守義。接著帶領敵軍去鎮川堡抓崔明道。適逢畢維周、王兆卿、高祿孝在崔明道家裡，於是這四個同志同時被捕。敵軍在董佩義帶領下又去姜家新莊捉拿馬明方、馬文瑞、常學恭，幸虧這個村子群眾的覺悟高，姜好興的母親正在大門外放哨，看見國民黨軍隊進村來了，就大呼：“白軍來了！”馬明方、馬文瑞、常學恭聞聲跳崖逃去，敵人撲了空。隨後跟踪追捕，被群眾指到另一條溝裡去。馬明方、馬文瑞等脫險後，到鎮川堡去找崔明道，從群眾口中始得知崔明道等四個同志被捕，於是又分路轉移到佳縣南坬村。被捕的畢維周等六同志，在米脂城內遭到敵人嚴刑拷打，他們始終堅貞不屈，四天之後，被敵人殺害在十里鋪無定河畔，這就是“米脂事件”。馬文瑞後來寫了一篇《無定河畔的六烈士》，寄託深切的哀悼。
“米脂事件”發生後，崔田夫、馬明方、馬文瑞、張達志、常學恭、高長久在佳縣寨則溝開了特委緊急會議。會議分析了事變發生後的形勢，認為雖然特委兩位委員和四位同志遇害，但陝北黨、團組織沒有受到破壞，並在繼續積極活動。一致表示：要以對敵人更大的仇恨堅持鬥爭，堅決實現擴大會議的各項決議。當即決定：派常學恭去北平匯報工作，其他委員仍分頭到各地傳達擴大會議精神，整頓組織，振奮黨員革命精神，加強組織紀律和保密工作。這是又一次重要的會議，堅定了陝北黨組織開展游擊戰爭的決心和信心。會後馬明方去安定幫助第一支隊和地方工作。馬明方還未到安定，得知一支隊已失敗，他又返回佳縣。
擴大會議之前，崔正冉、王聚德搞到土匪的三支駁殼槍，開始了打土豪的活動。擴大會議之後，8月5日，崔田民根據特委決定，在清澗王家山宣布正式成立了陝北游擊隊第二支隊，由高朗亭、崔正冉、王聚德負責，在綏德南區和清澗東區一帶活動。 10月4日，殺了綏德南區區長薛運統。次年1月21日，在清澗解家溝殺了土豪劣紳收款衙役九人，砍傷一人，人稱殺了九個半，鼓舞了群眾的鬥志，擴大了黨的影響。九十月間，根據特委指示，在神府地區成立了陝北游擊隊第三支隊，隊長王兆相，政委馬萬里，活動於神木南區一帶。
一年來，陝北地區開展游擊戰爭已有一定基礎，積累了一些經驗。陝北已有一定數量黨員、團員，組織起三支游擊隊，建立起安定、綏清、神府一帶三塊小的根據地，這是創造和發展陝北游擊根據地的基礎和骨幹力量。尤其重要的是，當時以毛澤東為代表的正確路線和戰略戰術已傳到陝北，對指導陝北游擊戰爭和根據地的建立起著極大的作用。
1933年12月下旬，郭洪濤、李鐵輪奉中央駐北方代表的指示，回到陝北。郭洪濤被北方代表指定擔任特委組織部部長。在此前，11月17日，北方代表委任謝子長為駐西北軍事特派員。
1934年1月，中共陝北特委在佳縣南坬村（一說曹家坬村）召開了黨團特委聯席會議，參加會議的有崔田夫、馬明方、郭洪濤、馬文瑞、張達志、高長久、李鐵輪等。會上，郭洪濤傳達了中央駐北方代表的指示。北方代表聽了不符合當時陝北革命鬥爭實際情況的匯報，認為陝北特委把第二支隊的三枝槍調給第三支隊是取消了綏清區的游擊活動。一支隊冒險攻堅，沒有發動群眾建立根據地。後又未採取分散活動，而是埋了槍支，散了隊伍。北方代表據此批評陝北特委犯了富農路線錯誤和領導游擊戰爭消極怠工的錯誤。馬明方、馬文瑞對這個批評進行了抵制。
實際情況是：1933年9月，特委決定將第二支隊的三枝槍調給特委成立特務隊，保衛特委；不久，特務隊取消，將這三枝槍調給神府第三支隊。第二支隊的番號並沒有取消，先後又搞到四枝槍，在綏清地區活動。安定第一支隊的失敗，是他們11月下旬從陝甘邊回來後，打了幾個敗仗，隊長、政委先後犧牲，一時群龍無首，埋了槍支，不久特委派人取出槍支，繼續活動。謝子長回到安定後，迅速恢復了第一支隊，擴大了游擊區。所以不能說特委犯了什麼路線錯誤。郭洪濤在後來也認為他傳達北方代表的批評是錯誤的，並做了自我批評。
南坬村會議對陝北革命形勢作了正確的分析，決定擴大和發展第一、二、三支隊，新建綏、米、佳、吳邊游擊根據地。同時決定，健全黨、團組織，在各地普遍成立赤衛隊、少先隊、貧農團、婦女會、兒童團等組織，廣泛開展抗糧、抗稅、抗租、抗債的群眾鬥爭，堅決
會後，馬明方到米脂組建米東縣及這個縣的黨、團縣委，馬文瑞去三邊做兵運工作，郭洪濤、高長久、李鐵輪到吳堡找馬佩勳等建立了陝北游擊隊第四支隊，崔正冉等在綏德建立了第五支隊。游擊隊和根據地都有了新的發展。
1934年4月5日（清明節），中共陝北特委在佳縣神堂溝召開了黨團特委聯席會議，參加會議的有崔田夫、馬明方、郭洪濤、高長久、張達志、崔田民、李鐵輪等七人。會議決定：繼續發展游擊戰爭，擴大游擊隊，並提出為創造一師紅軍而鬥爭的奮鬥目標；組織突擊隊，武裝公開村莊，擴大游擊根據地，把分割的各根據地連成一片，進而實行分配土地，建立蘇維埃政權。又召開了一次游擊隊和游擊區代表的聯席會議，具體部署黨團特委聯席會議各項決議的實施。
為了加強對游擊戰爭的領導，特委於7月8日在安定楊道峁成立了陝北游擊隊總指揮部，謝子長兼任總指揮，郭洪濤兼任政委，賀晉年任參謀長。總指揮部成立後，即帶領第一、二、五支隊，在數百名赤衛隊配合下，一舉攻進安定城，殲敵數十人，打開監獄，放出被捕的共產黨員、游擊隊員和革命群眾逾百人，擴大了政治影響，鼓舞了群眾鬥爭情緒，進一步推動了陝北游擊戰爭的發展。其時，馬明方、李鐵輪在佳吳積極開展工作。馬明方、白如冰等在佳縣王家坪一帶隱蔽活動時，發現敵人一個暗探，他們用鐵鍬、木棍將其打死，保護了特委機關安全。
此期間，游擊戰爭擴展到十餘縣。紅色村莊像雨後春筍般地發展起來，到8月間，已經形成村村相連的四大塊根據地。即：神、府邊，綏、米、佳、吳邊，綏、清、延川邊和安定一帶（包括橫山、米西、綏西等地區）。
1934年6月，崔田夫去天津向中央駐北方代表匯報陝北工作時，馬明方同崔田夫商定了匯報內容，提出統一陝甘邊和陝北的領導，確定陝北紅軍的番號，給陝北派幹部等重要建議，得到北方代表的同意，並派黃漢（黃翰）向陝北特委和陝甘邊特委做了傳達。
1934年夏，正當蔣介石調動幾十萬大軍，對中央革命根據地進行第五次“圍剿”的時候，陝北軍閥井岳秀也開始對陝北革命根據地發動第一次“圍剿”。謝子長率領紅二十六軍四十二師第三團與陝北游擊隊總指揮部直屬第一、二、五支隊於8月由陝甘邊返回陝北，在陝北蘇區廣大群眾和赤衛隊的配合下，三戰三捷，徹底粉碎了敵人的第一次“圍剿”，紅色區域迅速擴大，除神府蘇區外，其餘三塊根據地已連成一片，縱橫數百里，人口40萬。
1934年8月底，中共陝北特委在清澗寺墕裡召開了黨團特委聯席會議。會議通過了馬明方起草的關於粉碎敵人第二次“圍剿”的決議，決定將第一、二、三支隊改編為紅軍第一、二、三團（後改編為紅二十七軍八十四師，楊琪任師長，張達誌任政委），並決定建立各級革命委員會，實行分配土地。馬明方分管政權建設工作，很快組成陝北省蘇維埃籌備委員會，展開了政權建設工作。
1935年2月5日，中共陝甘邊特委和中共陝北特委在赤源縣周家鹼（今屬子長縣）召開聯席會議，劉志丹、高崗、馬明方、郭洪濤等參加了會議。會議決定成立中共西北工作委員會和西北軍事委員會，統一領導兩個蘇區和兩支紅軍，馬明方被選為西北工作委員會委員。這次會議為粉碎敵人第二次“圍剿”在組織上、軍事上做了充分準備，並為創建西北革命根據地奠定了堅實基礎。 1935年5月西北軍委宣布成立前敵指揮部，劉志丹任總指揮，高崗任政委。在劉志丹指揮下，徹底粉碎了敵人的第二次“圍剿”，解放了安定、延川、延長、安塞、靖邊、保安等六座縣城，兩個蘇區連成一片，面積3萬平方公里，人口90萬。
馬明方沒有參加前線軍事指揮，但他同陝北蘇區其他負責人一起領導各級黨組織積極發展黨員，組織赤衛隊、游擊小組等群眾武裝，配合主力作戰；廣泛發動和組織群眾，帶路送信，堅壁清野，站崗放哨，清查敵探奸細，監視敵人活動；組織擔架運輸，安置慰問傷病員等；在新開闢的地區，摧毀地主統治的鄉村政權和舊秩序，建立貧農會，使革命根據地進一步擴大和鞏固。
從1934年8月開始，到1935年1月，陝北先後建立了赤源、佳縣、神木、清澗、吳堡、綏德、延川、秀延、延水等九個縣的蘇維埃政權（開始稱革命委員會）。 1935年1月25日，陝北第一次工農兵代表大會在赤源縣白廟岔（今屬安塞縣）召開，出席大會的各縣代表150多名，馬明方在會議上作了報告，會議就建立和加強各級工農民主政權，實行土地分配，鞏固和發展根據地等問題進行了討論。大會選舉產生了陝北省蘇維埃執行委員會，馬明方當選為陝北省蘇維埃政府主席，崔田民、霍維德為副主席。陝北省蘇維埃政府下設土地、糧食、財政、教育、勞動、內務、貿易、保衛等部門，後來又設立了巡視員。會議還通過了《工農民主政府組織法》《土地法》勞動法》《婚姻法》等法令。 1月31日，舉行了數千人參加的群眾大會，熱烈慶祝陝北省蘇維埃政府的成立。
陝北省蘇維埃政府在馬明方領導下，開展了根據地的各項建設工作。各級蘇維埃政府發動群眾，積極參軍參戰，支援前線，打土豪、分田地、發展生產、興辦教育等。陝北省蘇維埃政府的成立，標誌著陝北革命向前發展了一大步。馬明方經常到各地指導工作。他到秀延縣檢查工作時，正遇縣革命委員會副主席強曉初在場院召開鄉蘇維埃代表大會，他站在一棵樹下仔細觀察，強曉初當時不認識他，問他姓名之後，方知是馬明方（其時他化名李明方）。強問他這個會開得怎樣，他說，很好。他對省蘇維埃政府的其他負責同志講，有個青年娃娃主持大會，開得很好。後來強被調任陝北省蘇維埃政府巡視員。
馬明方平易近人，工作踏實，下去巡視、檢查工作的同志和下面來的同志，向他匯報工作時，他問得非常仔細並給以具體指導。有時睡在一個炕上，談到半夜。他沒有一點架子，同大家同吃同住同工作，給幹部很大的教育和幫助。當時，陝北省蘇維埃政府還辦了縣、區幹部訓練班，魏懷禮、強曉初、謝懷德等都在訓練班學習過；各縣蘇維埃政府也都辦了短期訓練班，訓練區、鄉級幹部。馬明方曾給訓練班講過黨的建設、蘇維埃工作等課程。這些訓練班為蘇區培養了大批縣、區、鄉干部，對建設和鞏固蘇維埃政權，發展革命鬥爭，起了重要的作用。
陝北的土地分配是1934年9月正式開始的。為了取得土改的經驗，郭洪濤等到清澗袁家溝搞了土改試點。袁家溝分配土地的主要政策和做法是：
（1）沒收地主、富農的土地；
（2）中農土地不動；
（3）紅屬、貧雇農分好地；
（4）參加革命的富農和擁護蘇維埃政權的富農分給同農民一樣的土地，其他富農分壞地；
（5）參加革命的地主和擁護蘇維埃政權的地主分給同農民一樣的土地，其他地主不分地；
（6）單身漢分雙份地（考慮以後成家）。
這些政策措施，特委同志一致同意，並編成教材，組織訓練班，培訓幹部。這些幹部經過培訓以後，派往各地進行土地分配工作。馬明方也到一些地區巡視指導土地分配工作。
在分配土地中，有的地方動了中農的土地，採取打亂平分的辦法；有的地方不加區別給富農一律分遠地壞地，給地主一律不分地；有些地方將地主、富農、商人、農民的契約全燒了，有的地方侵犯了工商業。馬明方發現這些錯誤做法，隨時報告特委，加以糾正。
儘管在土地分配中發生過某些“左”的偏差，但這是陝北第一次大規模的土地改革，徹底摧毀了地主階級封建剝削制度。廣大貧雇農分到了土地，革命熱情更高。絕大多數中農的土地未動，而且由於取消了一切苛捐雜稅，推翻了封建統治的超經濟剝削和政治壓迫，因而他們對革命也是真誠擁護的。蘇維埃政權更加鞏固，革命鬥爭更加向前發展。
1935年12月，經過長征到達陝北的中共中央在瓦窯堡召開了政治局會議，確立了抗日民族統一戰線的策略路線，頒布了一系列調整階級關係的新政策。 1935年12月6日，中共中央發布了《關於改變對富農策略的決定》，規定富農土地不動；1936年7月，中央發布了關於土地政策的新規定，規定地主與農民一樣分地，留夠生產資料和生活資料。中共陝北省委和陝北省蘇維埃政府堅決執行了中央的各項決定，在一切尚未分配土地的地方，按照新的規定分配土地；在已經土改的地區，凡未給地主分地的，也進行了必要的調劑；並對回到陝北的逃亡地主，做了適當的安置。
中共中央和中央紅軍到達陝北後，面臨著一個重大的問題，就是部隊和機關人員的供應問題。中央政府西北辦事處財政部長林伯渠曾找馬明方商談如何解決供應問題。馬明方、霍維德、艾楚南等根據中共陝北省委的指示，把沒收地主、土豪的銀元和物資上繳中央，動員婦女織了許多毛衣、毛襪和縫製許多軍鞋給部隊穿，動員群眾拿出糧食給部隊吃，組織商人到山西等地買回大批布匹和棉花，做成軍裝供部隊穿，終於渡過最初的困難。
1935年11月下旬，林伯渠、毛澤民和馬明方等在瓦窯堡召開了陝北各縣、區的財政工作聯席會議，編制了政府的財政預算，統一了財政，建立和健全了財政制度和機構。 1936年5月24日，陝北省委、省蘇維埃政府發出緊急動員收集糧食的號召，決定進一步向群眾借糧2000石，買糧2500石，6月底以前完成。同時發動群眾送糧慰勞紅軍，各機關開展節糧運動，以保證紅軍供應。
1936年1月15日，中央政府西北辦事處公佈了《西北蘇維埃選舉法》。陝北省蘇維埃政府指示各縣按照選舉辦法，選出陝北省蘇維埃代表。 3月10日至15日，陝北省蘇維埃第二次代表大會在瓦窯堡舉行，會議代表339人，吳亮平、王觀瀾、鄧振詢、郭洪濤先後致詞，馬明方作了報告。大會選舉馬明方、霍維德、艾楚南等49人為省蘇維埃執行委員。在16日舉行的第一次執委會上，推舉13人組成主席團，馬明方任省蘇維埃政府主席，霍維德任副主席。
在紅軍東征和西征時，馬明方號召各級蘇維埃政府在各級黨委領導下動員大批人力物力，全力支援革命戰爭；同時號召各地廣泛開展游擊戰爭，鞏固和擴大根據地，爭取國民黨東北軍和西北軍聯合抗日。 1936年7月，馬明方在中共中央辦的《黨的工作》第三期上發表《游擊區域內的蘇維埃工作》一文，文中指出：（一）主力紅軍向西行動之後，黨中央明顯的給我們指出，陝北的主要任務是支持著頑強的游擊戰爭。在這些地區，第一位的重要工作是積極領導游擊戰爭，號召廣大群眾參加游擊隊，擴大原來的游擊隊，創造新的更多的游擊隊和擊小組，使游擊隊和游擊小組如蛛網般普遍地發展起來，在敵人的前方側方後方去行動、襲擊，以至消滅進攻我們的敵人。決定游擊戰爭勝利的重要的，是全體赤衛軍和全蘇區群眾的總武裝與總動員，使群眾的武裝動員和游擊隊的行動打成一片。 （二）蘇維埃應在邊界和工作薄弱的地區，加強偵探網的佈置。要將得力的可靠的同志打進民團、保甲、白軍部隊做間諜。對於豪紳地主和對蘇維埃表示不滿意的可疑分子，應監視和偵察他們的行動。 （三）爭取廣大的白軍士兵與官長是保證游擊戰爭勝利發展的重要工作。白軍長官士兵一般地存在著抗日與同情我們的情緒，蘇區的每個男女在接近白軍士兵長官時，應當注意做爭取他們的工作，利用各種機會建立白軍中上層和下層關係，爭取一切可能，與敵人建立互不侵犯，共同抗日等協議。 （四）在土地革命未解決的地區，必須利用一切可能，進行分配土地的鬥爭，使群眾從封建地主剝削之下解放出來，而能更堅決為著自己的利益而鬥爭。我們的同志在任何艱苦的環境下應當以百折不撓的精神為著鞏固和擴大我們的抗日根據地，創建國防政府與抗日聯軍，為爭取中華民族的解放與領土完整而奮鬥到底！馬明方的這篇文章，其實是陝北省蘇維埃的動員令，對當時陝北革命鬥爭起了重要指導作用。
1936年冬，中共陝北省委書記郭洪濤調任中共中央組織部副部長，馬明方被中央任命為中共陝北省委書記。
1937年2月，中共中央決定成立中共陝甘寧特區委員會，任命郭洪濤為書記，馬明方為委員。 5月2日至14日，全國黨代表會議在延安舉行，正式代表226人，列席代表74人，馬明方為正式代表，並被選入主席團。 15日，中共陝甘寧特區第一次代表大會在延安舉行，馬明方當選為特區黨委委員。中共陝北省委隨後撤銷。
1937年9月6日，陝甘寧邊區政府成立，馬明方先後任邊區政府主席團委員兼內務部代部長、民政廳廳長。後因積勞成疾，經中央批准於1938年4月去蘇聯治病。