章士釗兼署教育總長伊始，他下決心從三件事抓起，即宣布大學統一考試，教育部專設考試委員會，主抓學生的入學及畢業考試；教育部設編譯館，督促獎勵各大學教授著書、譯書；合併北京八所大學。
章士釗的這些措施後來被認為皆切中時弊，但在當時遭到了教育界及青年學生的強烈反對，根本無法得到有效的貫徹實施。因阻止學生參加5月7日的“國恥紀念日”，章士釗自己的住宅也被激憤的學生搗毀，各校學生還聚會請願，要求罷免章士釗。
章士釗整頓學風的舉措歸於失敗，他被迫呈請辭去本兼各職，經段祺瑞挽勸，才重任司法總長職。
此後，學生參加政治運動更為積極踴躍。段祺瑞索性將司法總長委與他人，專調章士釗出任教育總長，意圖整頓教育，抑制愈演愈烈的學潮。這時正好北京國立女子師範大學（女師大）的學生要求撤換楊蔭榆，章士釗便率先拿女師大作為典型開刀。
女師大校長楊蔭榆是中國第一位女大學校長，她遵循西方教育理論，主張學生應專心讀書，不要參加和過問政治運動，在相應的校規校紀上也很嚴格苛刻，由此激起了學生和教職工的嚴重抗議。
女師大學生自治會派代表前往教育部，要求教育部撤換校長。章士釗對學生的這種激烈行為非常惱火，決心以強力壓制的辦法加以整頓。在他的公開支持下，楊蔭榆宣布開除劉和珍、許廣平等六名學生自治會成員。
女師大學生針鋒相對，決定驅逐楊蔭榆，發起“驅羊（楊）運動”，從而爆發了女師大風潮。其間，魯迅、錢玄同等七名教育界名士聯合發表宣言，表示堅決支持學生，魯迅還因此被章士釗開除了在教育部的職務。
魯迅早就在文壇聲名遠播，其雜文之殺傷力更是無人能及。他不僅在文章中將章士釗罵得狗血淋頭，毫不客氣地稱章“是凶獸樣的羊，羊樣的凶獸”，而且還拿起法律武器，告倒了這位昔日上司。
最終扛不住的不是學潮中的師生，而是早已喪失實力的執政府。除楊蔭榆被免去校長職務外，章士釗也在其住宅再度被學生搗毀後，被迫辭去教育總長一職。書生本色的章士釗在加入執政府前頗負時譽，但掌握教育部卻讓他背負了太多的罵名，結局可謂潦倒。
事實上，執政府如此“弱不禁風”，與學潮背後的政潮有著相當大的關係。國共兩黨當時為反奉倒段，採取了聯合馮玉祥及國民軍的策略。馮玉祥則密囑鹿鍾麟對運動加以保護。這樣在國民軍控制下的北京，由國共兩黨所領導的學生運動、群眾運動便日益高漲，而且都將矛頭集中指向了奉系和段祺瑞執政府。
段祺瑞的日子越來越不好過。除飽受輿論指責和攻擊外，在北洋系內部，馮玉祥對他百般迫害，“挾天子以令諸侯”；張作霖也發表宣言，宣布東三省與執政府斷絕一切行政關係。
雖然段祺瑞一直高度重視的關稅會議仍無具體辦法出來，但他實在是乾不下去了，於是決心辭職。 1926年1月6日，段祺瑞讓人擬好了辭職電稿，但電文尚未發出，各報就已刊出內容。有的幕僚就趁勢勸他不能示弱，段祺瑞性格耿直好強，也便將電稿收回，不再提辭職這件事了。
這時的執政府已形同虛設，政令不但出不了北京城一步，就連執政府的大門都出不了，段祺瑞每天的大部分時間都只能用於誦經、下棋。雖然他表面上顯得十分悠閒安詳，但其實憂心如焚，在這一期間所寫的《因雪記》中，他嘆息道：“綱紀蕩然已久，太阿倒持（指大權旁落）有年，人事計窮，欲速不達。心力交瘁，徒勞無補。”
令段祺瑞憂慮的另一件事則是北方“陰雲慘淡，兵氣沉霾”。曾經由馮玉祥佔據上風的“國奉戰爭”已出現新的轉折，一度被逼得差點要下野的張作霖來了個絕地反擊，他先是打敗並槍斃了起兵反叛的郭松齡，接著又聯合直魯晉各軍，將馮玉祥的國民軍包圍了起來。
夾於各方縫隙之中，衝突方彼此間擠壓得越緊，也就意味著無權無勇的執政府越要倒霉了。