對曾毓雋重提的聯孫話題，段祺瑞深以為然，遂再次派人敦請孫中山早日入京。 1924年12月31日，已在途中身染重病的孫中山應邀扶病入京。第二天，段祺瑞在北京召開善後會議，同時電邀孫中山、黎元洪以及在京的國民黨人參加。
按照“三元老方案”，應該是先開國是會議，再討論就職，現在段祺瑞卻是以執政的身份主持會議，而且孫中山隨後對會議所提出的修改意見，也未被段祺瑞所接受。孫中山對此表示強烈不滿，除他自己拒絕與會外，同時命令國民黨人一律不參加會議。黎元洪和西南要人也都以拒絕與會作為抵制。
因為到會人數不足，善後會議被迫拖了兩週時間才召開第一次正式會議。雖然段祺瑞的執政地位通過這次會議獲得了法律依據，但他的兩大願望都落空了，既不能與國民黨順利合作，也無法取得西南諸侯的支持。
拋去西南方面不談，孫、段其實從根子上就無法融合。孫中山是革命領袖，他的那套三民主義及其三大政策，與整個北洋係都格格不入。段祺瑞作為北洋領袖，本身就自有一套，當然更無法接受和吸收孫中山所提出的東西。
自孫、段以下，情形也是如此：一般段派人員基於南北成見，對國民黨人不能推誠相見，而國民黨人對段政府同樣猜疑加指責，始終不能信任。
隨孫中山一同進京的汪精衛曾到段公館與段祺瑞見面，但卻話不投機，越說越擰。雙方不但不能解決任何問題，還弄得很不痛快。
也許求同存異的唯一辦法，就是雙方領袖能夠坐下來面對面地認真地談一談，但自孫中山到京後，孫、段始終未能正式會晤。某次，有人問隨孫中山一同進京的汪精衛：“先生（孫中山）北來，老段有沒有拜會過先生？”汪精衛回答：“這個契弟（汪的口頭禪，用以指代他所不喜歡的人）怎會來看先生的！”
其實汪精衛說的並不是真話。自孫中山來京後，段祺瑞曾多次要親訪孫中山，以交流意見，但都被汪精衛等人擋駕。國民黨人倒也不是故意要為難老段，而是在京名醫在對孫中山的病情進行會診後，一致認為病人應完全靜養，嚴禁會客。平時能夠與孫中山見面的僅汪精衛、孫夫人宋慶齡等少數人，連許多國民黨元老都被迫打消了同孫中山會面的念頭。
1925年3月12日，孫中山病逝於北京。雖然政見不合，但段祺瑞總體來說對孫中山是尊重的，當孫中山逝世的消息傳來時，他正在出席國務會議，聽聞後立即宣布散會，除派人到孫中山行轅弔唁外，還批准內務部所議，對孫中山採用國葬的方式下葬。
反而在京的國民黨中執委認為在廣東有己方的政府，不能承認北京政府所做的決定，因而拒絕國葬，只同意採用國民葬禮。
到了孫中山發喪公祭的日子，根據原定安排，段祺瑞本來要親臨吊奠，他也已經穿好大禮服，準備登車前往。這時京師警察總監朱深來段公館報告，說他剛剛由設祭的中央公園趕來，並且說他已偵聽到，國民黨人將在段祺瑞設祭時施以非常手段。
曾毓雋正好也在段祺瑞身邊，他不相信朱深所說，認為太過離奇，不足為信。朱深賭咒發誓他所說的都是事實，乃至於聲淚俱下。其他人見狀都站到了朱深一邊——且不說朱深吃的是警察飯，沒有確鑿證據，不會在這麼重要的事情上撒謊。即從早期國民黨人的處事風格來看，刺殺乃其家常便飯，未必就不會有國民黨人因孫氏的去世而遷怒於段，從而做出極端之事。
當然，也很有可能朱深只是神經過敏。可是試問，段祺瑞若真的去主祭，誰能確保他絕對安全？誰都不能，曾毓雋亦不例外。
段祺瑞患足痛症已有四五年之久，嚴重時，即便用大量的麻醉劑也無法減輕疼痛，必須將兩腳放在裝滿冷水甚至冰水的桶內泡上半個小時，方可減輕疼痛。當是與段比較熟悉的軍政界人士經常看到的一幕。
就在公祭前兩天，段祺瑞又正好足痛症發作，於是他便以腿腳腫脹，不能穿鞋為由，臨時改派內務總長龔心湛主祭。汪精衛、李烈鈞等國民黨人本就對段政府心存種種誤會，見此情景，更令他們大發雷霆，認為段祺瑞是有意托故不來參加。李烈鈞公開大罵段祺瑞，說是“死總理嚇倒了活執政”，前來主祭的龔心湛也被禁止從中路進入靈堂。
段祺瑞失去了與國民黨恢復情感聯繫的最後一次機會。至此，段政府與國民黨的關係完全破裂，國民黨表示堅決不會再與段合作。與之相應，廣東國民黨政府決定仍由胡漢民代行大元帥職權，繼續為北伐進行準備。