紅城軍營乃袁世凱當政時下令修建的駐軍區域。這座軍營規模很大，能夠容得下足足五個師。徐樹錚只帶來了一個旅，雖然西北軍混成旅的編制名額比一般部隊要多，但也只有八千多人，無法住滿營房。徐樹錚的設計是，每個連應入住容納一個團的營房，即便營房內人不多，但營房門口必須佈滿哨兵，並嚴禁當地人接近營區。
外蒙古人不知真相，看到後以為每座營房都住滿了人。這樣粗略估計下來，進入庫倫的西北軍至少不下五萬人，與進城時的氣派完全對應。
此時日本駐兵的繳械事件已經傳遍全城，令一般外蒙古人對徐樹錚更是奉若神明。
外蒙古人其實並不好騙，徐樹錚抵達庫倫後，就發現他們的性格中有多疑的一面。這讓徐樹錚想到，如果今後在談判交涉時使用翻譯，不但會失去原意，還很容易導致誤會。為此，他在到庫倫的第三天就請來一名蒙古語翻譯，向對方學習蒙古語。他還特地關照左右：“在我學習蒙古文之時，非有特別重要事故，概不會客。”
徐樹錚在京時就對蒙古語有所留意，加上他天資極高，所以僅花了兩週時間“惡補”，就已經能大致掌握蒙古語。後來與外蒙古高層的談判交涉，他都是自己說蒙古語，而不用翻譯。
除了學說蒙古語外，徐樹錚還對外蒙古高層的情況做了詳細了解。
外蒙古有自己獨特的官僚政治體制，其高層分為兩派，其中王公稱為黑派，喇嘛稱為格魯派。在前清時，外蒙古實行政教分離，黑派王公治政，格魯派喇嘛管教，各有所司。自宣布獨立起，活佛哲布尊丹巴成為政教合一的領袖。哲布尊丹巴信賴喇嘛，於是在沙俄的支持下，格魯派喇嘛便得以全面把持政權，黑派王公則受到了排斥。
概而言之，王公一派提出撤治，其真正目的並不是要歸附中央，而是想趁著俄國內亂，無力兼顧外蒙古之機，摧毀喇嘛秉政的政治法律依據，以奪回他們手中失去的權力。
在掌握這些內幕後，徐樹錚認為陳毅拋開喇嘛，只以王公為唯一交涉對象的做法是不對的。道理很簡單，撤治是王公的一致意願，沒必要再做什麼工作，現在的阻力全部來自喇嘛，他們為了維護既得權位，對王公所提出的撤治倡議必然抱有本能的敵意。
格魯派喇嘛不可忽視，除了他們實際把持政權外，還在於宗教對於外蒙古的政治和世俗生活有著無可替代的影響力。在這裡，即便是王公，若不借宗教之力，也“不能行其權”。
徐樹錚得出結論，外蒙古撤治之關鍵不在王公，而在喇嘛。他明確表示：“活佛強制之力尚在，縱全數王公迫請，而活佛不應，終無如何。故喇嘛一流人物，未可過於拋荒。”
接著，徐樹錚又發現，陳毅自鳴得意的“六十三條”也存在很大問題。
陳毅非常希望達成撤治，以建成不世之功，但他卻不知道要巧妙地利用王公與喇嘛之間的矛盾，以達成政治上收回外蒙古主權的目的，而只是很呆板地和王公代表商討辦法，結果導致“六十三條”簡直就是他在幫蒙古王公向北京政府“爭取”自治，而不是“撤銷”自治。
在前往庫倫的路途中，徐樹錚一路上對“六十三條”進行研究，已經弄清了其中的利弊所在。一到庫倫，他就找陳毅商量此事，但陳毅把徐樹錚招來庫倫，不過是想藉重一下西北軍的聲威，其實根本不想讓徐樹錚插手自己一手經營的撤治交涉。
自此以後，只要徐樹錚一談到與撤治有關的事，陳毅就刻意迴避，其態度和黃成垿類似。另一方面，他又繼續鑽牛角尖，在哲布尊丹巴已經公開表明反對意見後，索性和王公們拋開喇嘛、活佛，單獨實施撤治行動。 10月底，王公具名遞送了一件請求撤治的呈文，由陳毅電達北京。
在格魯派喇嘛看來，王公們一意孤行地向北京遞送撤治呈文，無異於在自治政府內部發動政變，他們豈能容忍。於是，格魯派的態度變得比黑派還要強硬，雙方劍拔弩張，氣氛十分緊張。
與此同時，哲布尊丹巴又特派地位僅次於他的嘉亨尊活佛前往北京，送來他致徐世昌的第二封親筆信，繼續表態不承認“六十三條”。嘉亨尊蒞京後，為了向北京政府施加壓力，還“意欲請美使援助”。俄、法等國聞訊後，也聞風而動，分別就喇嘛入京一事向中方提出了問訊。
此時靳雲鵬已繼龔心湛組閣。意識到外蒙古局勢不斷惡化，徐樹錚直接致電新任國務總理靳雲鵬，一針見血地指出，“六十三條”有“七不可”，若完全依據該條例行事，即便撤治成功，外蒙古也將由王公總攬政權，中央無法行使完全主權，撤治云云不過是徒托空言而已。他同時要求待他召集籌邊會議研究後，再決定下一步策略。
徐樹錚不上書還好，這一上書，事情卻變得更複雜了。