段祺瑞在北洋系中擁有很高威望，同時護國軍方面也把他視為一個當仁不讓的實力派，不敢輕視，蔡鍔回雲南之前就曾拜訪段府，由他來與西南交涉是袁世凱不得不做出的選擇。
3月23日，段祺瑞被任命為國務卿兼陸軍總長。按照段祺瑞的想法，他此時的地位和作用就好比是辛亥革命時的袁世凱內閣，一定要有實權，而不是一個橡皮圖章，否則只會一事無成。
袁世凱取消內閣，設置政事堂和國務卿，是把後者作為他的辦事機構以及辦事人員。段祺瑞當然不會滿意，他要求改政事堂為責任內閣制，改國務卿為總理。
袁世凱是個把權力看得很重的人。他生平最恨的就是責任內閣制，知道那樣一來，內閣將掌實權，總統就被架空了。當初宋教仁要搞責任內閣制，他知道後每天覺都睡不好，飯也吃不香，直到宋教仁被暗殺才鬆了口氣。
換在其他時候，袁世凱是死也不肯交權的，只是時移勢易，一切都由不得他了。 5月8日，袁世凱正式下令取消政事堂，恢復國務院和總理名稱。
段祺瑞組閣後，首先想到的就是起用徐樹錚擔任國務院秘書長。考慮到袁世凱非常不喜歡徐樹錚，二人還曾因此鬧過幾次不愉快，段祺瑞便請張國淦去向袁世凱進言。
袁世凱聽後果然很不高興，他恨恨地說：“真是笑談，段總理是軍人，徐某亦軍人，以軍人總理而用軍人秘書長，這裡是東洋刀，那裡也是東洋刀，太不像話！”
張國淦受段祺瑞之託，不得不婉言相勸，袁世凱這才讓了一步：“總理若以徐某之才可用，不妨令其為陸軍次長。”
徐樹錚是段祺瑞的“靈魂”，碰誰都可以，就是不能碰他。張國淦向段祺瑞復命，話還沒有說完，段祺瑞便猛地將桌子一拍：“就是不肯答應吧！”
隨後，他又把銜在嘴裡的煙斗使勁甩在桌上，怒氣沖沖地說：“到了今天，還是如此！”對袁世凱的不滿之情溢於言表。
胳膊扭不過大腿，最後徐樹錚只當了國務院的幫辦秘書。除此之外，為進一步加強內閣的權力，段祺瑞要求撤銷大元帥統率辦事處等三大機構，袁世凱非但不肯撤，還讓梁士詒等人暗地裡予以掣肘，段祺瑞得知後自然更為生氣。
段祺瑞重新出山以來，本想有所作為，替袁世凱擺平時局，盡可能幫他保住總統的位置。現在見袁世凱對自己仍持這種態度，既不能放心又不肯放手，頓感心灰意冷，在聯絡北洋將領、應付南方反袁聲潮上也不再盡心盡力，很有點聽任其發展的架勢。
袁世凱到此境地，還能跟人討價還價，當然是以為瘦死的駱駝比馬大，北洋將領縱使大部叛己，畢竟還有一些未獨立省份和親信心腹可以作為倚靠。
在未獨立省份中，陝西、四川最為緊要——陝西被袁世凱作為根據地，由其心腹之一陸建章擔任將軍，四川則是對西南作戰的最前線，所以派陳宧做總督，兩省一前一後，稱得上是袁世凱的兩大精神支柱。
進入5月中旬，連這兩根支柱都相繼倒了下去。 5月18日，原同盟會會員、陝南鎮守使陳樹藩宣告陝西獨立，陸建章被逐出陝西。
僅隔四天，即5月22日，袁世凱最為信任的陳宧竟然也在四川宣布獨立，並致電袁世凱，表示與他“斷絕關係”。
從前的馬屁拍得有多響，“心腹”們如今反擊的火力就有多猛。由於本為其親近之人，陳宧在通電中揭發袁世凱的力度和語氣，甚至為蔡鍔等人所不及，在電報末尾，他還無中生有地爆料說，“袁逆”（指袁世凱）已經秘密將三千万巨款匯往英國，準備逃亡了。
陳宧通電送到的時候，袁世凱正在吃饅頭，還沒來得及拆看電報。一個饅頭被切成四片，吃完三片，梁士詒走了進來，袁世凱問他，陳宧發電報來是什麼意思？也要反戈一擊，逼我退位嗎？
梁士詒知道袁世凱極為寵信陳宧，於是連忙回答說不至於這樣吧。袁世凱聽了頓時覺得心裡踏實了些，這才把剩下的饅頭片吃了下去。
接著，他和梁士詒一同閱讀來電。看完電報內容，梁士詒瞠目結舌，袁世凱更是又驚又氣，立刻拂袖而走。之後，他便一個人喃喃自語：“人心大變，才會弄成這樣……”
段祺瑞剛剛出山和袁世凱會面的時候，曾把略通醫術的曾毓雋一道帶去袁府，讓他對袁世凱察言觀色，以便判明對方究竟是真病還是假病。當時袁世凱的病榻前放著中醫脈案和藥方，但曾毓雋發現袁世凱面色紅潤，言語動作也沒有什麼明顯異常，換句話說，他有病不假，然而病情並不重。
可是此後袁世凱事必躬親，即便請出徐世昌、段祺瑞後，依舊不肯完全放權，大事小事都要過問，這就極大地損耗了他的精力和體力。與此同時，外界今天一個獨立電，明天一個勸退電，國賊之罵不絕於耳，連一些老朋友、老部下也都指名道姓地罵他，無疑又讓他在精神上承受了巨大壓力。
就算是這樣，老袁還能硬撐，陳宧電報一來，他就再也支撐不住了，開始不斷咳嗽氣喘，原本尚不算嚴重的病情逐漸加重，直至一病不起。有好事之人戲言，三國陳琳替袁紹寫檄文，痛罵曹操，不料反而治癒了曹操的頭痛病；同樣姓陳，陳宧的電報對袁世凱而言，卻不啻一道催命符。
5月29日，袁世凱的另一名寵臣、湖南將軍湯薌銘也通電獨立。至此，袁世凱徹徹底底地嚐到了眾叛親離的滋味，同時也受到致命打擊，時人有“送命二陳湯”之語，“二陳”指陳樹藩、陳宧，“湯”指湯薌銘。