袁、趙都低估了宋教仁的雄心和政治抱負。無論是在野的承諾，還是收受重金，宋教仁都不過是給他們玩了一招障眼法而已。
當然，政治場本身就是權力場，袁世凱在與唐紹儀等人的權力爭奪中其實也耍了許多陰謀。歸根到底，只要這種權力鬥爭被限制在民主法制所允許的範圍之內，便無太多可指責之處。
宋教仁正是在規則裡面玩遊戲的高手，他在南方力倡“爭內閣不爭總統”的理念，並儼然以多數黨候補內閣總理自許。這使袁世凱感受到了強烈的危機感，他時刻擔心大權旁落，曾對自己的高級幕僚說：“我現在不怕國民黨以暴力奪取政權，就怕他們以合法手段奪取政權，把我擺在無權無勇的位置上。”
眼看國會召開在即，形勢之緊迫，大大超出了袁世凱及其派係人馬的預料。 1913年3月20日晚，宋教仁被刺殺於上海北火車站。一般人都認為，宋案系袁世凱、趙秉鈞共同密謀，但也有資料稱袁世凱並非主謀，宋案乃趙秉鈞等人“毀宋酬勳”的獨斷行為。
宋教仁被刺，為袁世凱在政治上除去了一個大敵，與此同時，袁世凱還初步解決了北京政府所面臨的財政危機問題。
最早出現財政危機的其實是南京臨時政府。就在南北還處於戰時狀態時，有一次安徽都督派專使去見孫中山，要求馬上接濟部分軍餉。孫中山批了二十萬元，但手下人查了一下金庫，卻發現僅有十元存洋。
為了這個惱人的“孔方兄”，孫中山、黃興傷透腦筋。當時每天到南京陸軍部索餉的人員不下數十撥，時任陸軍總長的黃興被弄得寢食俱廢，甚至急吐了血。
在袁世凱當選臨時大總統後剛剛一星期，尚在執行職務的南京政府就提出需銀七百萬兩，其中二百萬兩為急需。袁世凱也不是財神爺，他能想到的辦法就是找外國借款。
袁世凱的法子，南京政府同樣想過做過。孫中山在回國前後就多次借款，但外國銀行家們多精明，南京政府能存在幾天他們都不知道，又怎麼肯把錢借給你？在那段日子裡，孫中山每天都盼望能得到外國銀行的複電，可是一直等到他辭去臨時大總統職務，也沒有見到錢的影子。
袁世凱出手借就不一樣了。這時南北已走到一起，且北京政府就實力和信用而言，更符合外國銀行家心目中“能負責任的中國政府”的形象。在此情況下，美英德法四國銀行團便接受袁世凱的要求，付銀二百萬兩給南京政府作為軍政費用。
除了結束南京政府、遣散南方民軍外，北京政府需要用錢的地方還有很多，其中比較大宗的就有整頓在京政府機構、償付承接自清政府的外債和賠款、履行對遜清皇室的優待條件等。這使北京政府的財政困難程度很快就接近了當初的南京政府，而解決困難最方便最快捷的途徑只有繼續向外國銀行借貸。
4月26日夜至27日凌晨，袁世凱以國務總理趙秉鈞等人為全權代表，與英法德日俄五國銀行團談判簽署了“善後藉款合同”，這就是歷史上的“善後大借款”。
據說著名學者辜鴻銘曾應邀在這次借款談判中擔任翻譯。他說了一句名言：“所謂的銀行家，就是晴天千方百計把傘借給你，雨天又兇巴巴地把傘收回去的那種人。”
辜鴻銘的話很形像地說明了借款合同的苛刻程度。根據合同規定，中國必須以鹽稅、海關稅以及直隸、山東、河南、江蘇四省所指定的中央政府稅項作為擔保，這還不包括其他一些有損國家主權的附加條件。
借款合同簽署於第一屆國會開幕後不久。依照國會組織法，政府所有法律、財政、國務院同意等案，都須得到參眾兩院的一致同意，像“善後大借款”這樣重大且涉及國家主權的決策更不能例外，但國會卻是事後才得知。
宋案和借款案引起了南方革命黨人的極大憤怒。兩案發生之前，孫中山、黃興曾先後北上與袁世凱商討國是，對袁俱有好評。二人還不約而同地做出過樂觀估計，認為民國若能由袁世凱執政若干年，必可躋身於強國之列。袁世凱對孫、黃亦不乏好感，與人交談時，曾稱孫中山坦白、黃興憨直，言下頗有相互提攜之意。
兩案一起，南北領袖之間這種一度尚算融洽的關係便告完全破裂，雙方皆視對方為眼中釘、肉中刺，必欲拔之而後快。孫中山首先力主對袁世凱進行武力討伐，袁世凱也被激起了怒火，他發出“傳語國民黨人”的長電，聲稱：“現在看透孫、黃除搗亂外無本領。左又是搗亂，右又是搗亂。我受四萬萬人民託付之重，不能以四萬萬人民之財產生命聽人搗亂。”