段祺瑞之所以能夠頂替馮國璋，成為袁世凱走馬換將的最適當人選，自然是因為他在和與戰、共和與君主立憲等問題的看法上與馮國璋有著很大的區別。
段祺瑞不僅缺乏“忠於清”的牢固思想基礎，在北洋系遭遇整肅的那段黑暗時期裡，還被載灃、良弼等人穿過小鞋，這導致他對滿洲親貴十分不滿。同時，他也有充分理由認為，大清江山弄到現在這種樣子，全是這些無才無德卻又嫉賢妒能的“小爺們”一手造成的。
以後袁世凱擬就了一個未發電稿，裡面有一句話切中要害，可謂是對段祺瑞等人心聲的直接反映：“三年以來，皇族之敗壞大局，罪難發數！”
有人誇說段祺瑞：“段氏本主張革新之人，自居江北，又久吸南方之空氣，所轄軍隊……無不富有革命思想。”這純粹就是事後諸葛亮的說法。從段祺瑞當時所處環境、地位及其個人性格、從小接受的教育等因素上來分析，實在找不到他已有共和思想的明確證據。至於稱段和段的軍隊“富有革命思想”，那就更是往泥菩薩臉上搽金粉了——“段氏”、“段家軍”什麼時候成革命黨人了？
應該說，段祺瑞原先對“立憲”、“共和”這些舶來品都不是很感興趣，也沒有太深研究。不過他後來逐漸發現，無論是立憲還是共和，有一點是一致的，那就是一旦施行，君權將被削盡，滿族權貴們也必須靠邊站。這是最符合他心意的，由此段祺瑞才開始對政體變革表現出一定的好感和熱情。
在馮國璋被調走之前，南北雙方在武漢已達成局部停戰協議，基本未發生過大規模的武裝衝突，但手下將領仍有躍躍欲試之心，前線士兵尋釁滋事、破壞停戰協定的情況也時有發生。
段祺瑞到任後恃其舊日聲勢，數日之間不與各將領見面。此舉莫測高深，將領們沒人敢主動跑來搞什麼請戰。與此同時，他又令徐樹錚組織執法隊，上街維持秩序。
徐樹錚自信陽整飭軍紀開始，在士兵們中就有了狠辣絕情之名。他所率領的執法隊一律佩大刀、軍棍，發現不良行為立即制止，情節嚴重的就地正法、梟首示眾。
馮國璋在進攻革命軍的過程中曾經縱火燒城，漢口許多地方都被燒成了一片瓦礫。段祺瑞為此電奏朝廷，請求撥款賑救和賠償損失，這也使得他大得人心，一時間外界都盛傳段祺瑞頗具“儒將之風”。
一俟穩住局面，段祺瑞即考慮如何同南方進行談判。袁世凱、段祺瑞最希望的談判對像是黎元洪，畢竟曾在北洋一個炕頭上吃過飯，比較容易打交道。此前袁世凱派往湖北的朱芾煌找的就是黎元洪。當時朱芾煌帶去了汪精衛致黎元洪的信件，內容是約定南北聯合，逼迫清室退位，而後舉袁世凱為總統。黎元洪對此已表示同意。
可是自漢陽失守，黃興以及追隨者返回上海後，武漢“首義之區”的地位和影響力下降，上海轉而成為革命黨人的活動中心，和談地點也由武漢移往上海，事情要解決起來就沒有那麼容易了。
1911年12月18日，南北談判代表團在上海正式展開和談，結果談判一開始，雙方就產生了重大的原則性分歧：北方代表堅持立憲，南方代表主張共和。
北方代表秉承的是袁世凱之意。其實袁世凱並不是真的想立憲，共和對他來說更好，當然前提是必須讓他當總統。問題是現在談判對像變了，原先答應讓他當總統的黎元洪已經插不上手，能夠插上手的是上海方面，而上海方面卻從沒有做出過類似的承諾。
設想一下，萬一他袁世凱頂著清廷的壓力，同意改建共和了，可自己卻當不上總統，那豈不是白忙一場，成了為他人作嫁衣裳？
袁世凱精明過人，在感到時機尚不成熟的情況下，他不得不一再告誡北方代表：“只有維持君憲到底，不知有他。”
談判陷入僵局。作為武漢前線的北方最高指揮官，段祺瑞的態度成了社會關注的焦點。為此，各方面的勢力紛至沓來，有的要摸清他的思想傾向，有的要對他進行遊說。不管是接待哪方面的代表，段祺瑞翻來覆去總是一句話：“國家大事應由民眾來決定，我等軍人，將尊重民眾的意見。”
在拿模棱兩可的套話敷衍外界的同時，段祺瑞也在積極尋求破局之法。這時，他得到了帳下另一名幕僚靳雲鵬的鼎力相助。