漆川梁海戰結束以後，日軍徹底沒有了後顧之憂，開始對朝鮮正式展開大規模的攻擊。
在壬辰戰爭初期，日軍採取的是閃電戰策略，兵分三路從慶尚道急襲漢城，再沿開城、平壤一線挺進，其基本策略是攻敵不備，搗其要害。這個策略，是建築在朝鮮文恬武嬉全無警惕、宗主國大明漠不關心的基礎上。
而丁酉再亂的時候，朝鮮已完成了戰時動員體制，無論國內時局如何不堪，至少在戰略上已經嚴陣以待；而此時大明也對朝鮮半島這場戰爭的嚴重性做出了充分估計，明確了援朝策略。日軍不可能再採取大踏步前進的閃擊戰戰略，他們必須有所改變。
日軍這一次進攻的編制仍舊是八個軍團，分成加藤（1）、小西（2、）黑田（3）、鍋島（4）、島津（5）、蜂須賀（7）六個主力軍團，宇喜多秀家和毛利秀元的一個後備軍團（8）——不過這個軍團的兵力最多，高達四萬人——外加長曾我部的一個水軍軍團（6）。
在這兩個軍團之上，還有七名禦檢使，分別是太田一吉、福原直高、竹中重利、垣見一直、毛利高政、早。川長政、熊谷直盛。秀吉把壬辰戰爭期間以三奉行為核心的監軍團整個兒換了一遍，一方面是石田等人被小西行長和沈惟敬連累，秀吉不願意讓他們繼續在朝鮮呆著；另外一方面也表明秀吉認為設置長老團這個舉措意義不大，只會幫倒忙，所以這一次只選派了七個資歷和影響力都偏弱的七個人，在名義上予以協助，決策權下放給了軍團。
不得不說，秀吉雖然為人狂悖，治人的手段還是有的。這一處組織機構的變動，對此後的戰事起到了相當大的影響。
在戰略上日軍不再是三路齊進，而是兩路並發——哪兩路呢？
一左一右。
右路軍的總指揮是秀吉的侄子小早川秀秋，他的麾下配置了第一、第三一部（只含黑田本隊）、第四、第六以及第八軍團的半數，總兵力高達六萬五千人。
左路軍的總指揮仍舊是宇喜多秀家、麾下配置了第二、第三一部（含毛利吉成、高橋元種隊）、第五、第七以及第八軍團半數，總兵力為五萬人。
根據日軍的戰略，在第一階段，右路軍將從右路發起佯攻，迫使明、朝聯軍把注意力放在慶尚道方向，然後左路迅猛出擊，全力攻克南原，把全羅道一分為二，然後左、右兩路軍會師於全州，徹底控制全羅道。
如果能佔領整個全羅道，不僅可以徹底解除朝鮮水軍的威脅，而且還能讓日軍水軍進入黃海提供補給作業，效率大增。如此一來，日軍便可以以全州為基地，無後顧之憂地進攻忠清道與漢城。
不得不說，李舜臣給日本人帶來的陰影實在太大了。壬辰戰爭的敗因之一，正是因為日本人沒有佔領全羅道，導致李舜臣的水軍對補給造成威脅，進而喪失了戰略主動權。所以，這一次不由得他們不重視。
而此時明、朝聯軍的狀況是如何呢？
在和談期間，大部分明軍陸續撤走回國。截止到丁酉開戰之前，留在朝鮮境內的明軍不超過一萬人。
而遠在國內的明軍主力，仍舊在慢吞吞地集結中。這倒不怪邢玠，而是要怪他的前任孫礦。孫礦擔任經略本來就是一個臨時性任命，加上自身能力也不怎麼樣，到四月份離職之前，他才動員了一萬九千名明軍，還不及宋應昌在同樣時間內籌集兵力的三分之一。
邢玠接過這個爛攤子之後，勞心勞力，截止到六月底，使動員明軍總數達到三萬八千人。而在同一時期，宋應昌達到的數字是七萬。兩下一對比，便可知道宋應昌花費了多少心血。而且明軍這三萬多人是陸陸續續抵達朝鮮，比如解生所部已跟隨麻貴到了開城，李如梅的騎兵才在遼東剛剛挪窩。
當然，邢玠也並非什麼都沒做。他除了調派陸軍之外，還做了一個非常關鍵的決策：水師入朝。當時明軍在朝鮮只有浙江水師三千人，而且擔負的是從山東向朝鮮運輸糧草任務。邢玠從福建、南直隸、吳淞等處又抽調了兩千多水師，開著戰船北上赴援。這說明邢玠已經意識到製海權的重要性，在後期的海上大戰打下了物質基礎。
邢玠之所以這麼熱心調撥水軍，與他的反擊計劃密不可分。
對於即將爆發的戰爭，明軍也制訂了針鋒相對的計劃。總兵麻貴建議先發製人，偷襲釜山擒拿小西行長，逼走加藤清正。可很快他們發現這個計劃行不通，無論是打釜山還是蔚山，都必須要把日本水軍調開，才能放手一打。因此邢玠建議，楊元和吳惟忠分別駐守南原和忠州，鎮守全羅、慶尚二道，麻貴留在漢城居中調度，朝鮮軍駐留二道中間的宜寧。等到明軍水師一到位，便和朝鮮水師一東一西同時襲擾日本水師，陸軍則向釜山、機張兩路進發，把日本趕下海。
按照這個構想，楊元的三千遼東軍駐守南原，游擊陳愚衷的兩千人駐守全州，還有吳惟忠的一部分南軍駐在忠州。另外還有朝鮮軍的主力權僳、郭再佑、金應瑞、李元翼等部駐守在雲峰、黃石、昌寧和星州等地。呈現出東明西朝的態勢。而麻貴帶領的主力明軍，將沿著朝鮮西部南下，兵鋒直指慶尚北道。
結果邢玠千算萬算，沒算到元均這個廢物。漆川梁海戰一夜之間，朝鮮水師全軍覆沒，邢玠的水路並進之計遂無疾而終。
元均的無能不光拖累了自己，還拖累了明軍。因為明軍這個計劃的主攻方向是慶尚道，而日軍的主攻卻是在兵力相對空虛的全羅道。朝鮮水師的潰滅，讓聯軍在全羅道登時陷入孤立的窘境。
還沒等聯軍調整防禦策略，大規模戰鬥便爆發了。
右路軍一開始擺出的架勢，是把主攻方向放在了密陽，大邱。他們一馬當先，兵分兩路。一路虛兵進攻宜寧、三嘉，沿著洛東江而上，擺出劍指星州的架勢，還試探著進攻了附近的重鎮高靈。在這裡日軍遭遇了守軍的殊死抵抗。守將鄭起龍讓全軍都穿上紅衣，冒充是明軍南兵部隊，設伏於高靈附近的山中，等日軍一接近，立刻大起伏殺。日軍對南兵有心理障礙，一看周圍伏兵都是紅衣，嚇得轉身就跑。不過這一路本來也是佯攻，既然攻不下高靈，也沒有繼續糾纏，轉頭從陝川奔向安義而去。
而另外一路先鋒加藤清正，先逼至昌寧。郭再佑知道寡不敵眾，遂閉門死守。郭再佑還給部下壯膽，說這裡形勢險峻，日本人也懂兵法，不會輕易進攻的。過了一夜平安無事，第二天郭再佑派人去打探，發現日本人都撤了；再繼續打探，才發現日軍非但沒撤，反而掉頭朝著咸陽、長水而去，很快攻克了位於咸陽北側的樞紐要道黃石城。
無論是從陝川走安義、居昌，還是從晉州走咸陽，最終都要通過黃石城，才能踏上前往全羅首府全州的大道。所以從一開始，右路軍所瞄準的目標就只有黃石城。他們先虛晃兩槍，讓朝鮮軍對日軍戰略意圖造成誤判，龜縮到星州和昌寧兩處，然後兩路主力這才趕到黃石城會師，從天川、鎮安一線殺氣騰騰地奔全州而去。
攻取黃石城還有一個重要意義，即從側翼威脅全州，使全州的陳愚衷所部明軍不敢赴援南原。這也是日軍根據沈惟敬透露的情報而製定的計劃——可見沈惟敬在臨被捕前的拼死一搏給明軍造成了多大的被動。
就在右路軍成功甩開朝鮮主力的同時，左路日軍與聯軍在南原爆發了激烈的戰鬥。
南原位於全羅南道中部，地理位置極其重要。只要控制了南原，北可上全州，南可扼順天，西可佔光州，進退自如，相當於全羅道的十字路口。日軍如果想佔領整個全羅道，南原必須要捏在手裡。
早在五月份的時候，楊元便派了部下李新芳率領兩千遼東軍進駐了南原。到了六月十三日邢玠的戰略佈局成熟以後，楊元親自帶了一千人前往，使總兵力達到了三千人。
八月初七，作為左路軍先鋒的島津義弘軍抵達了求禮，踏入南原境內。楊元一方面命令朝鮮兵使李福男、助防將金敬老等人集結附近駐留朝軍，一方面派遣斥候去元川附近刺探敵情。
次日斥候回報，敵勢極其浩大，而且更糟糕的是，居昌、三嘉附近也相繼傳來右路軍大舉進襲的情報，這讓楊元異常緊張。他手裡只有三千遼東軍馬加上一百多家丁，算上朝鮮軍也不過六千左右，再算上全州兩千明軍，也不過八千人。而這次大舉進攻的日軍，少說也有五萬多人。
面對這種壓力，楊元沒得選擇，只能死守。他以遼東軍為主力，在城頭四面佈置了八百人，牆下一千兩百人，還有一千人的預備隊。朝鮮軍也是按照這個比例分配，楊元還讓麾下的親信家丁混編入朝軍隊伍中，希望能夠藉此提升他們的戰鬥力。
他早在六月駐留南原的時候，就派人增築了城牆，還在羊馬牆增設了不少射擊孔，城門安了三門大砲，四周挖深壕溝，擺出堅守的架勢。明軍之前在這裡有過駐軍，做過修繕，雖荒棄日久，但總比沒有強。
但楊元知道，這些只能延緩淪陷，無法退敵。唯一的指望，就是大將軍麻貴能夠及時識破日軍的主攻方向，盡快來援。當初麻貴在規劃戰略的時候，有過明確指示：“脫有緩急。南原告全州，全州告公州，公州告京城，次第馳援。”按照這個規定，楊元已經派遣了急使前往全州通知陳愚衷。
他萬萬沒想到，陳愚衷不知哪根弦搭錯了，壓根沒繼續上報。
從八月九日到八月十三日，這大概是楊元最難熬的五天。在這五天裡，每天斥候都馬不停蹄地傳來壞消息：“敵人已至屯山嶺！”（九日）、“敵人已過宿星嶺！”（十一日）“敵人前鋒已抵達蓼川邊！”（十二日）。
蓼川邊就在南原城東南四十里，日軍出現在這裡，說明戰鬥已經一觸即發。從南原的城頭，楊元可以看到遠處村落滾滾黑煙，那是日軍一路燒殺搶掠的標記。南原城裡已經擠滿了軍民，都是這幾天從附近逃難進來的。這個時候的楊元，應該在心中掠過一絲念頭：“乾脆撤退吧。”
六千人對五萬人，根本不成比例，很難守得住。可是南原和晉州不一樣，晉州丟不丟無關大局，南原一丟，整個全羅道就沒了。這個責任太大，楊元不敢承擔。
唯一能讓他稍微放心一點的，是朝鮮兵使李福男的到來。
李福男是一路從求禮潰退而來的，到了南原時身邊只有五十多人。當時南原附近已經有許多日軍小部隊聚集，李福男毫無畏懼，大搖大擺地從敵人之間穿過去。日本人被這種大膽舉動驚呆了，居然沒前去阻攔，就這麼讓他進了南原城。
楊元對此十分佩服，拍著李福男肩膀說：“擁兵自保者，滔滔皆是。而公獨以孤軍赴之，南朝一李侍郎矣。”
八月十三日，日軍主力抵達了蓼川邊。彷彿為了炫耀兵威似的，他們擺列出了無比煊赫的陣勢，拉開了兩道陣線。第一道陣線由小西行長的第二軍團組成，從防川由禪院一直穿過長城橋，圍到南原西門；第二道陣線由島津義弘、來島通總、加藤嘉明的水師組成，從漆場截斷河流，沿越川、栗場到大毋泉，與西門陣線連接到一處。日軍把本陣設在了鄉校山和麒麟山上，在城外四處建營，豎起大旗，號角連營，光是支起來的陣幕就連綿不斷，層層疊疊。時人形容是“相續結陣，連延互回，月暈百匝”聲勢極其浩大。
這是刻意地炫耀武力，吃準了守軍不敢出城。
楊元確實不敢出城，他正忙著分配了守城任務。他自己和李新芳守東門，千總蔣表守南門，毛承先守西門，朝鮮軍戰鬥力偏弱，讓他們守北門。楊元還接連下了數道命令，整肅軍紀，明確號令，絕不讓部隊未戰先亂。
到了十三日中午，五個日本人大搖大擺走到東門，站到東門石橋上仰起脖子，打算喊楊元來談話。這些人是來勸降的，覺得兩國交兵，怎麼也不會斬來使吧？可他們萬萬沒料到，楊元是存了拿他們祭旗的消息。
趁著這些人喊話的當兒，楊元帶著幾名朝鮮弓手偷偷摸出城去，衝著石橋一頓連射，當即射死三個人，另外兩個人連滾帶爬地逃了回去。
這一下子可把日軍激怒了。很快大批日本兵吶喊而來，到了距離城牆百步遠的地方，一邊放槍一邊大罵。忽然城頭飛了幾十個圓滾滾的黑影，落到地上還在嘶嘶作響。
“是震天雷！”
有日本老兵一聲慘叫，隨即這些鐵疙瘩轟轟地都炸開了花，讓日本人死亡慘重。
原來這是一種朝鮮自主開發的新式火器，與大明的霹靂彈類似，是用鐵製容器承載火藥與尖銳硬片，外接引線，通過大碗口銃發射，威力很大。早在壬辰之戰的時候，朝鮮義軍就用這東西嚇唬過日本人。和談期間，這種火器得到了大力發展，生產了數千枚，南原也分配到了不少。此時不用，更待何時。
日本人倉皇地撤退了，守軍都鬆了一口氣。楊元卻怎麼也放鬆不了心情，他久經戰陣，知道日本人一定不會善罷甘休，晚上搞不好要夜襲。他下令在濠溝外多埋菱鐵，又在橋頭偷偷裝好釘板，親自守夜靜待。
果然不出他的所料，到了二更天，三個日本兵偷偷摸摸地從石橋摸過來，一踏中釘板，立刻被埋伏好的明軍幾刀砍死。楊元知道大軍肯定藏在後頭，下令把四面吊橋都拉起來。橋剛拉起來，四面日軍點著火把就衝了過來，一看橋斷了，只得徹夜鼓譟，在南原附近到處放火，搞得百里內都能看得到煙火漲天。
到了八月十四日，日軍經過一天的試探，開始動真格的了。他們欺負聯軍兵少，大搖大擺地在城外建造攻城器具，還運來了大批草谷木石，堆積在大毋泉附近，把壕溝填平，用木頭擋在兩側，形成封鎖。日軍還搜羅了一大堆門板、床板，在上面挖出射擊孔，下面裝有支架，構成一個單兵射擊掩體。
最開始遭到攻擊的是南城。南城城外民戶十分密集。在開戰前，楊元已經派人把這些盡數焚毀，只剩下斷垣殘壁。但日軍利用這些石壁做掩體不斷射擊，給聯軍造成了極大傷害。
很快焦點又轉向東城。日軍在東門城外建起來的高棚，這些高棚都比城頭要高出一頭，日軍射手站在高棚上，有條不紊地向城內射擊。聯軍試圖拿火銃對轟，可惜射程上夠不著，震天雷數量又有限，不得不從城頭撤下來。大明架設在城頭的火砲進行了有限的反擊，可是日軍隊形太過疏散，效果不明顯。
過了中午，西城又出事了。南原西門往外走兩里路，有一座萬福寺，寺裡有四尊天王雕像。日本人佔領了寺院以後，把這四尊雕像拖出來放到車上，拉到西城外去轉悠，讓聯軍士兵驚駭莫名。
楊元覺得上午士氣已經跌了不少，下午如果再坐視敵人挑釁而無所作為的話，對士兵精神是個很大打擊。他拒絕了部下的苦勸，帶了一千人殺出西門，要把雕像搶回來。
這當然是日本人的誘敵之計，楊元的部隊一過石橋，就被日軍伏兵圍住。要說遼東軍人，就是能打。面臨重重包圍，他們毫無懼色，就像在碧蹄館時一樣，背靠背結成堅實的陣勢，與日軍展開對攻。這一場仗打到太陽落山才各自收兵，誰也沒占到什麼便宜。
八月十五日。小西行長派來了正式使者。楊元不好再玩殺使的手段，便在龍城館內接見。使者轉達了小西行長的問候，希望楊元早日撤出城去，大家都不致死傷太多。楊元回答：“我從十五歲從軍打仗，橫行天下從來沒敗過。如今這城裡有精兵十萬，足夠守城。沒有上頭命令，我是斷然不會棄城的。”憤然扯碎了日軍的文書。
可惜這番話對日本人來說，根本起不到任何作用，小西行長早已經從沈惟敬那裡了解到了南原的虛實。既然楊元不肯投降也不肯撤退，那麼就打唄。這時候南原城大部分人已經意識到了身處絕境，士氣低迷，四處可聞哭泣聲。
十五日當晚，天空非常晴朗，月色如晝。位於城南的藤堂高虎找到脅坂安治，說今天晚上天色好，索性乘夜突襲吧，脅坂安治連連稱是。
當時日軍的圍城態勢是：宇喜多秀家親自掛帥，主攻南門；小西行長主攻西門；毛利吉成主攻東門，只有北門沒有配置攻城部隊，但是第六軍團的一部分水軍眾在北面埋伏，準備阻截逃兵。藤堂、脅坂把這事報告給主帥秀家，得到了秀家的熱烈支持。監軍太田一吉主動請纓，也率領本部兵馬進行配合。
說來慚愧，宇喜多秀家自從領銜侵攻以來，自己還沒取得過什麼像樣的戰績，南原是一個正名的好機會。
於是在經過了短暫的調整之後，日軍從三面開始對南原展開最後的突襲。
藤堂軍之前已經收集了無數雜草稻禾，做了無數大束，這時他們每人抱起幾束，開始一層層往城下狂堆。這些大束很快堆出一個小山，先填平了壕溝，又堆的與羊馬城高度平齊，可以非常方便地登上城樓。
俗話說，夏雨無常。偏偏就在攻城的緊要關頭，原本晴朗的天空突然下起雨來。這突如其來的大雨讓聯軍陷入窘境，他們既無法使用火器，也無法用火箭引燃草堆，只能用投石機進行反擊。而日軍則趁機加大了突襲力度，還安排了許多防雨的火槍手向城頭射擊，掩護突襲部隊。
不計血本的投入很快產生了回報。藤堂高虎一馬當先，踩著雲梯踏上南原城頭，奪得“一番乘”的榮譽。緊接著太田一吉的部隊砸開了南門，日軍大部隊一湧而入，喊殺四起。
其他兩面的防守原本就已經陷入苦戰，一聽到南城失陷，士氣當即崩潰，先後被日軍突破。
楊元當時正在城內少歇，忽然聽到南城被突破，大為驚駭，知道已不可守，急忙換了一身傳令官的衣服，光著腳帶著十八個人匆匆離開府衙。在走之前，楊元派人去叫李福男一齊逃，李福男卻拒絕了，他說我誓與此城共存亡，在官府內堆了許多柴薪，舉火自盡。
楊元感嘆不已，又去找接伴使鄭期遠，這是朝廷命官，不能丟棄。可是鄭期遠早嚇得兩股戰戰，從馬上掉了來好幾次，根本爬不上鞍子。楊元一看，得了，不跟你玩了，轉身自己跑了。
城內最後的巷戰非常慘烈，三面圍過來的日軍大肆屠殺。全城軍民驚慌失措，都聚集在暫時沒有敵人的北城。明軍紛紛跨上坐騎，想從北門突破，可是北門關得太死，一時之間不好打開，後頭的人已經擠了過來，當場有許多人喪命在馬蹄之上。
好不容易北門開了，這些潰兵一湧出去，希望能逃得一條性命。在這時候，大雨停了，月亮重新從雲裡出現。這對於逃兵來說，絕對不是個好消息。早已埋伏好的日軍藉著月光一頓砍殺，一時間鮮血亂飛，慘叫四起。明軍將領李新芳、蔣表、毛承先和朝鮮將領金敬老、吳應井等人都死於亂軍之中。軍民死傷更是不計其數。鮮血讓日本人的獸性暴露得極其明顯，他們根本沒打算收容戰俘，基本上逮著一個殺一個。
在混亂中，有五、六百人的聯軍衝破了北門的封鎖，試圖向山中逃去。誰料到島津義弘已經算準了，率主力予以截殺，殺死了四百多人。
當時有一個叫金孝義的朝鮮軍人，本來負責守南城，南城被突破以後他逃到北門，正好遭遇了埋伏。他急中生智，藏身在水田之中，這才得以倖免。他的供述，成為南原城攻防戰的第一手細節，裡面提及了大量日軍攻城的手段，對於聯軍來說，彌足珍貴。
而此時的統帥楊元，正在西門奮戰。
楊元對於這個結局，早有了預感。他憑藉豐富的經驗，知道敵人一定在北門埋伏了重兵，所以一開始就存了走西門的準備。日軍的注意力此時全都在北門，西門反而防守薄弱，被他和親兵們一下子衝到了城外。
在城外，日軍已經挖好了數條壕溝，他們沒有菱角、鹿角之類的專業阻騎設備，就找到許多木樁、丟棄的刀劍埋在壕溝裡，用來阻截逃跑的騎兵。
但這難不倒楊元。他是遼東將領，騎術了得，隨身牽著四、五匹訓練有素的戰馬，隨時換乘。這些馬匹一聽唿哨就散開，以避弓矢鐵跑，再一唿哨就聚到一齊，十分靈活。到了壕溝之前，楊元先讓一匹馬跑過去，踏到利刃倒地，再鞭打著下一匹踩著前者屍體繼續前進。
至於日軍在遠處用鐵炮狙擊，這也難不倒楊元。史書上說他“被甲騰換，有如易席，賊終不能害之。”不能不讚歎，一個人在逃生時迸發出了多麼大的戰鬥力。
憑藉著這种血腥馬戲團式的方式，楊元很快就突破了封鎖，逃出生天。他沿著大陸先逃到鳳山，再繞到恩肆館。一清點人數，跟在他身後不過一百十七人而已。而根據事後大明的統計，是役明軍傷亡的準確數字是二千七百名，馬匹損失三千四百匹——這一次，是貨真價實的“僅以身免”了。
而此時陳愚衷到底在做什麼？
南原先後派了兩次求救信使抵達全州，第一次陳愚衷的回答是：“敵情難測，恐怕顧此失彼”，第二次又回答：“信地難離。”死活不肯發兵。等到他第三次聽到消息的時候，日軍已然攻陷南原。
陳愚衷此時慌了手腳，他再一打探，更是驚駭無極。
原來日軍左路軍在攻克南原以後，留下一部向南掃蕩，其餘主力一齊北向，和在黃石城的右路軍呈鉗形攻勢，逼進全州。換句話說，陳愚衷即將面臨的敵人，大約有十萬之眾。這個消息，讓全州里的居民驚慌失措，紛紛出逃。守軍本欲阻止，反而被這些急於活命的亂民沖散，拆毀了城門，一哄而散。
八月十七日，左路軍前鋒小西行長軍至任實，右路軍前鋒加藤清正進入雲峰。兩路倭寇合兵一處，在八月十九日抵達全州城下。
陳愚衷二話沒說，點齊了兵馬就要撤退。當地朝鮮官員拉著他的韁繩，氣得大叫：“早知今日，何必當初。”
原來這位大將抵達全州以後，發現城裡沒糧食，糧食都藏在全州城外十里的山寨裡。當時朝鮮軍的戰鬥力太差，一遭遇日軍就會潰散，所以守官乾脆不把物資存在城中，省得便宜了日本人。陳愚衷抵達之後，強行命令把這些東西搬回城裡，誰說也不聽。現在好了，全便宜了日本人。
陳愚衷一路北遁，一直逃到公州，才跟前來接應的明軍游擊牛伯英碰上頭，兩人呆在公州不敢動彈，靜等援軍。
最後說說楊元和陳愚衷的結局。
楊元在南原突城逃出的時候身中兩槍，刀傷數處，直接被人抬回了漢城。在漢城，朝鮮國王李昖攙著他的胳膊嗚嗚哭泣，說將軍你為朝鮮辛苦了。朝鮮國王李昖對楊元一直很有好感，他還記得，在壬辰戰爭期間，遼東軍將領對朝鮮人都不友善，只有楊元態度還算和藹，經常居中調停。
可惜楊元傷勢不輕，已經無力統軍，很快便在朝鮮君臣的惜別聲中被送回了國。他萬萬沒料到，等待他的，卻是一場滅頂之災。朝廷宣布以“棄城脫逃”的罪名，給他下了大獄。
說實話，楊元真冤。
南原是一場慘敗，但這場慘敗的根源，是戰略部署上的失誤，主要責任要歸咎於明軍高層未能及時判明日軍動向，導致讓楊元的三千人要面對五萬日軍——這仗換誰來打，都是同樣的結局。更何況楊元並未一開始就棄城而去，而是認認真硬抗了三天，給後續明軍爭取來了寶貴的時間。雖然他最終棄城而走，那也是血戰之後的不得以。
真正該死的是陳愚衷。他第一條罪狀罔顧南原戰局不及時上報，導致明軍反應遲緩；第二條罪狀踟躕不前，不主動策應楊元。雖然他的兵力也只有兩千，但只要稍微在外圍有所活動，日軍必不會把全部壓力加在南原；第三條罪狀是毫無作為不戰而逃，棄全州不說，還把大量物資留給敵人。
一個是敗將，一個是逃將。一個是能力問題，一個是態度問題，誰更該死一目了然。
但明軍對這兩個人是如何處置的呢？
對陳愚衷的懲罰是，打一百軍棍，免死充軍。
對楊元，先是拿下，關了一年多，然後跟沈惟敬一齊處死。
這種厚此薄彼的處置，十分蹊蹺。且不說楊、陳二人的功過清清楚楚，毋庸置疑，就算楊元對南原慘負全責，也不至於要判到棄市這麼嚴重。要知道，同為遼東軍背景的祖承訓當初在平壤城打的那麼慘，都沒受多大懲罰。楊元在遼東軍地位比祖承訓要高得多，怎麼判決卻如此之重？
對這種不對等待遇，朝鮮人也覺得莫名其妙。他們認為“楊總兵血戰孤城，兵單援絕，則南原之敗，勢所然也。陳游擊愚衷，擁師全城，坐視不救，則其罪固大矣。愚衷尚保首領，則總兵先就極刑，人莫不惜之。”
楊元之死，我猜測可能有三點原因：
第一點是黨爭之禍。蔚山之戰後，軍前贊畫丁應泰彈劾率先逃跑的楊鎬“喪師黨欺”，把他和麻貴、邢玠乃至身後的大學士張位、沈一貫等人連到一起要追究責任。在這種情況之下，楊鎬和麻、邢等人必須要把責任往外分，摘出去一點是一點。所以我們查閱史料時能看到，南原之戰在萬曆二十五年八月打完，一直到萬曆二十六五月，兵部才正式提出處置楊元。關於楊元的責任追究，都是在楊鎬被彈之後才紛紛冒出頭來。
這個切割責任的運動是很有效果的。我們看到，在戰後議論功罪的時候，麻貴因為稷山、青山、島山的功績而“免議”，楊鎬也因為單騎入漢城，得了個“功亦難泯”的考語，沒受多大罪，沒人追究他們南原慘敗的責任，這帽子自然而然就得扣到了楊元的頭上。
第二點是政治影響。對大明來說，南原失守比全州失守更加難堪。全州影響的不過是朝鮮三道戰局，南原卻波及到了整個大明沿海的防務。南原一失，全羅南部沿海不保。至此日軍可以從全羅道直入黃海，襲擾天津、山東、浙江等處，航程大大縮短。
所以在得到南原失守的消息以後，北京大為震驚，立刻下令讓沿海各地修備軍務，調集水師陸營加強巡防，防備敵人跨越黃海打過來——差不多半個東亞都因為南原這座小城的失陷而騷動不安。可見南原失守在政治上的影響非常惡劣，必須得有人出來背這個責任。
棄城而逃的楊元毫無疑問是最好的人選，他是直接責任人。再說，南原明軍實打實地損失了三千人，傷亡如此慘重，在朝鮮戰場還是第一次。不管楊元有多少苦衷，於法於理，殺他都說得過去。
第三點原因，是遼東軍奇特的沉默。
讓人不禁想起來，當年祖承訓大敗之後，李如松出面維護，最後朝廷只輕輕打了一下板子。楊元在遼東軍的地位很高，這一次怎麼遼東軍不說話了呢？
李如松離開朝鮮已經很久，朝廷不必顧忌他的面子，反而可以藉機削減遼東軍的勢力。麻貴是宣大系統出身，不會出言相保；邢玠、楊鎬等人雖然跟遼東軍關係不錯，但讓做順水人情可以，下死力撈人可是強人所難——何況他們還得指望楊元幫他們承擔責任。
結果在這三點原因的相互作用下，楊元稀里糊塗地被下獄棄市，與他親手抓獲的沈惟敬同時問斬。沈惟敬這一手報復，總算是見到了效果。
時間回到萬曆二十一年，《平壤續志》裡記載：平壤之戰結束之後。為了感謝李如松及麾下健將的光復之功，朝鮮派了一名叫李臣欽的畫手，要為石星、李如松、楊元、李如柏、張世爵五個人畫像，置於武烈生祠中四時祭拜。
李臣欽前往明軍軍營，說明來意。明軍將領都挺高興，李如松頭一個畫，他擺了個威猛姿勢，用手在下巴做捋髯狀，提醒李臣欽說：“我這人鬍子短，面相太和善了，不夠威猛，你記得給我多加點虯髯上去。”李臣欽點頭稱好。
等輪到楊元坐過來的時候，李臣欽抬頭一看，不由發一聲贊。楊元天生一副絡腮鬍，胡髯從鼻下開始，一路斜上臉側，直到耳後再折下來，繞一圈到下頜處止，兩邊都是如此，煞是好看。楊元的兒子恰好在側，偷偷跟李臣欽說：“我爹這個面相，有人說是貴不可言，有人說是兇不可測，都不知道該聽誰的好。”
南原之戰後，朝鮮人想起這段事蹟，都紛紛感嘆說想不到這一部好鬍鬚的徵兆，居然應在了南原。朝鮮國王特意下旨，為楊元在平壤設了牌位祭祀，總算讓這位遼東大將不至魂無所依。