王輔臣被搞定了，耿精忠卻還在蹦躂。他的思路是佔領江西，跟吳三桂在湖南的大軍連成一片，繼而佔領浙江，控制東南沿海地區，在長江下游地區，與吳三桂所佔據的長江中游，成犄角之勢。
如果耿精忠的部隊進入江西、浙江，與吳三桂會師，將會使清軍處於極其被動的地位。康熙帝命清軍死守各戰略要地，一定要擋住耿軍，使之不得入江浙。
算起來，耿精忠自康熙十三年三月起兵叛清，至年底，已連續攻占江浙二十餘城。清軍援兵陸續趕到，分佔南昌、杭州、衢州、吉安、袁州、九江、金華、廣信、饒州、建昌、萍鄉等各戰略要地。雙方圍繞著這些據點，展開拼死爭奪，均是傷亡慘重。清軍雖未能阻止耿軍進入江浙，卻減緩了其猛烈的攻勢，使之最終未能進入湖南。吳三桂雖佔領了聯結江西與湖南的萍鄉、吉安等要地，但始終無法與耿軍會師。
康熙十四年，耿軍與清軍的交戰愈演愈烈。年前，康熙帝已命康親王杰書、將軍希爾根分別由浙江、江西作速進剿閩境，命平南王尚可喜派部隊克復潮州後，即發兵救援困守在漳浦的海澄公黃芳度。黃被台灣鄭經的軍隊打得毫無還手之力。
大陸已經夠亂的了，要是台灣鄭氏再摻和進來，那就更麻煩了。而要不讓鄭氏在大陸立足，就需要盡快平定福建。
清軍開始進行反攻，除了解決福建，還要收復江浙失地。
江西吉安就像一塊肥肉，饞得耿精忠直流口水，他一直沒有放棄佔有的打算。該郡萬安縣（今仍名），是“贛南水陸咽喉之地，賊寇出沒靡常”。康熙十四年正月，清軍先在這裡給了叛軍一頓痛擊，而後雙方不斷展開拉鋸戰。
在此期間，浙江戰場，雙方也是打得難分難解。
江西的局勢，雖有反复，但從五月下旬開始，清軍逐步取得優勢。
但敢於造反的，從來就沒有省油的燈。清軍攻克建昌後，本欲掃蕩盤踞在建昌附近的叛軍，於六月二十五日攻取石峽（建昌東，靠近福建省）。但因天氣炎熱，人困馬乏，加上一連取得的勝利，讓他們大意起來，以致中了耿軍埋伏。全軍損失慘重，只得退回新城。福建方面，清廷的海澄公黃芳度，仍堅守城池，台灣鄭氏大軍已猛攻一月有餘。康熙十四年十一月二十日城破，黃芳度全家遇害，漳州也被鄭軍攻占。
清軍雖不斷有損失，但從整個戰局來看，對他們還是比較有利的。戰局有利，康熙帝的胃口也被吊了起來。他想徹底解決掉福建，以便早日與吳三桂決戰。他試著向耿精忠發出了招撫的信息。康熙十四年八月二十三日，兵部報告：安親王岳樂已遵聖旨，曾派陳廉前往福建再次勸告耿精忠接受朝廷招撫。
此一時，彼一時，耿被打疼了，也學得乖巧，這次他不但沒有扣留使者，還送了銀兩和衣服，放其回來。並捎話說：我原本就是被總督范承謨逼反，並非真心要和朝廷作對，此番我願意歸順，只是我的部下們，還很有顧慮，怕被追究，在清朝，我已是王爺，地位無以復加，我還有什麼不滿的，還有什麼要追求的。範總督我並沒有殺他，就是要留著他，來日見到皇上，與他當面對質。兵部分析耿精忠的話，認為“回答言語，並無悖謬之詞，似有悔罪之心”。因此建議，繼續招撫，可讓其弟耿聚忠捧奉皇帝敕諭發往浙江康親王杰書處，再商酌派人轉送福建，重申朝廷已寬免其弟耿聚忠、耿昭忠及族中官員，一切親屬及耿精忠屬下官兵之罪，向耿精忠“明白曉諭招撫”，促其投誠。看了兵部的報告，康熙帝當天就批复“依議速行”。
次日，康熙帝向耿精忠頒發一道敕諭。詔書由耿精忠之弟耿聚忠帶往浙江。耿聚忠到了杭州，與傑書商定後，親自去見耿精忠。不料行至衢州，耿精忠卻拒不接納。
耿精忠不傻，朝廷的過於寬厚與心急，反倒讓他生疑。他雖屢受打擊，但還未到山窮水盡之時，所以他還要再觀望觀望。
對於耿精忠的態度，康熙帝還是有思想準備的，平叛從來就不是一朝一夕的事。拒絕招撫，他就繼續派援軍，增強福建清軍的實力。
在清軍的不斷打擊下，耿軍日子越來越難過，為了補充給養，他們甚至開始劫掠老百姓。一個政權的基礎便是百姓，做這等欺負百姓，傷天害理之事，只能加快自己的垮台。如此亂象，耿集團內部不少人士，也開始做好為自己留退路的打算。總兵張存率八千人馬，駐紮順昌，開始不聽調遣。總兵羅元生統兵固守，邵武總兵彭世勳等按兵不動。他們已暗通清軍，表示願作內應。
康熙十五年（1676年）二月，傅喇塔誓師黃岩向溫州進軍，一路所向披靡。到達溫州地區時，遭到曾養性的頑強抵抗。他憑江固守，竟然撐了數月。
康熙帝命李之芳部固守衢州、金華，傅喇塔繼續進攻溫州、處州。康親王杰書從金華移師衢州，進攻福建。
計劃雖好，但還得有人執行。領兵的皇室貴冑，畏首畏尾，遲遲不動。此時清軍已發起長、岳之戰，突然，吳三桂派大將高得捷出醴陵，進江西，經萍鄉，一舉攻陷吉安。這可不得了，吉安是通向湖南的咽喉，也是通南康、贛州水路要道，此地一失，直接影響清軍在福建的行動。簡親王被迫撤往廣信，專力攻吉安。康熙帝大為震驚，嚴厲斥責江西方面的各統兵將帥。
康熙十五年六月六日，耿精忠叔父耿繼善焚毀營盤，從建昌、新城撤走。康熙帝估計，耿精忠應該是被台灣鄭氏所迫，我軍宜乘機前進。他命令大將軍傑書，貝子傅喇塔、賴塔，江西總督李之芳等“速剿閩寇，酌量招撫，勿坐失事機”。
康熙帝估計的沒錯，鄭經與耿精忠內訌，鄭索性直接派兵攻打耿軍。耿腹背受敵，大敗。老婆孩子，還有金銀財寶全都丟了，只帶了少數親兵逃往邵武。
鄭軍一路奪取了漳州、泉州、汀州、邵武諸府。康熙帝覺得這是一個好時機，趁著“狗咬狗，一嘴毛”，清軍應當大舉進兵。
七月，康親王杰書、總督李之芳、賴塔等部清軍，會師衢州，決定徹底解決福建問題。
耿軍大將馬九玉等率數万兵馬，守在衢州府江西岸，建營寨於九龍山。另分萬人由大將林福等統率，紮營於衢州南，衢江（今港山江）右岸的大溪灘，為馬九玉部押運糧餉。
衢州位於衢江右岸，順流而下可通金華，溯流而上可通仙霞關。此為通福建的要道，從衢州到仙霞很近，進軍福建這是一條捷徑。耿精忠大軍集結於此，便是為全力阻擊清軍入閩，併計劃奪取衢州，以絕後患。
清軍盤算著先斷耿軍餉道，這樣可以動搖其軍心，削其優勢。八月十五日，賴塔等率滿漢大軍乘夜突襲，直撲耿軍後勤中心大溪灘。耿軍沒有防備，倉促間迎戰，未作有力抵抗。清軍奪得大溪灘，乘勝攻取了大溪灘附近的江山縣城。馬九玉得知情況，料想也無堅守可能，只得撤退。途中遭清軍副都統胡圖部追殺，耿軍狼狽不已，清軍一舉收復常山縣。
雖連遭重創，但馬九玉還未喪失鬥志。他洞察清軍有奪仙霞關入閩的意圖，遂率殘部繞道趕赴仙霞關，企圖依險阻擊清軍。不過清軍趕在他們前面到達仙霞關，二十日雙方遭遇，最終馬九玉僅攜三十餘騎逃出。守關的耿軍參將金應虎，被迫獻關迎降。清軍長驅直入，攻入福建，一路上顧不得歇息，於二十三日，攻克浦城（今仍名）。
該縣的石塘是由浙江進入福建的要道，耿精忠派都尉連登雲以重兵防守。清軍士氣正旺，連破耿軍九營，打開了這條通道。
清軍於九月三日奪取建陽縣城（今仍名），殺至建寧，耿軍已棄城而逃。
與此同時，留守江西的安親王岳樂屬下，大將希爾根擊敗耿精忠屬下白顯忠部，奪取了建昌、饒州。 “江寧將軍”額楚收復廣信，白顯忠降清。
耿精忠一面遭受著清軍無情的打擊，一邊背後還被台灣鄭軍插上了一把無義的刀子。耿精忠已到窮途末路，似乎只有投降一條路可走。投降不是為了尋死，而是為了謀生。可是怎樣才能活下去呢？
他跟清廷講，自己是被總督范承謨逼反的，所以他留著範的性命，以便一起去皇帝那裡對質。這自然是鬼話，作秀而已。范承謨若活著，就是對他的威脅。只要皇帝見了範就什麼都清楚了，要是范死了，興許他還有忽悠的機會。
康熙十五年九月三十日，耿精忠派心腹前往關押范承謨處，逼其自殺。範的死很有講究，要是他殺，耿精忠難逃殺人滅口之嫌。耿知範是個聰明人，未必會成全他，所以之前已囑託心腹，若對方不肯就範，你便除之，但一定要做成自殺狀。范承謨熬了幾年，終於還是被害。一起遇害的還有屬下嵇永仁、王龍光、沈天成，及弟范承譜。最後連看守他們的隸卒，也一併秘密處死。然後，將屍首焚燒，餘燼骸骨丟到野外，不留任何痕跡。
康親王杰書抵達建陽時，根據康熙帝的指示，再次給耿精忠發去一封招降信。
這封信就像一陣及時雨，按理說不該再討價還價，但耿卻立即答复說：“自願歸誠，恐部眾不從，致茲變患，望賜明詔，許赦罪立功，以慰眾心，乃可率屬降。”
耿已沒什麼資本再提條件，康親王多次被康熙帝訓斥，他也不願冒險再給耿氏苟延殘喘的機會。於是沒有理睬，命大軍繼續向福州進發。經建寧府，於九月底抵延平（今南平市），守城的大將耿繼美獻城投降。沒有了這一屏障，福州已是一座孤城。這下耿精忠慌了手腳，急派官員劉蘊祥趕赴延平，獻上“總統將軍”印。接著，派他的兒子耿顯祚同被扣留的前使臣周襄緒、陳嘉猷一起前往迎接康親王來福州。十月一日，康親王派官侍讀學士尹泰攜，攜帶康熙帝的赦免詔書，先一步到達福州宣示，接受耿氏的投降。
十月四日，耿精忠率文武官員出福州城外，迎接康親王杰書與諸將入城，獻上所屬官兵冊籍。
耿精忠投降的奏報，很快送達京城，康熙帝大喜過望。為穩定人心，他作出決定：耿精忠仍保留靖南王爵，率所屬部眾，隨大軍征剿台灣鄭氏，圖功贖罪。原藩下官員與所屬兩鎮標下武弁仍留原任，兵丁有願歸農的，可到原籍安插。
眼見耿精忠也降了，其他叛軍將領知大勢已去，紛紛放棄抵抗。固守溫州的大將曾養性“勢迫無所歸”，只好獻城降清。十二月，自溫州率部至福州。廣東原潮州總兵劉進忠、碣石總兵苗之秀，也隨之投降。康熙帝命他們仍留任原職，另加授劉進忠為“徵逆將軍”。江西、浙江叛軍殘部，沒了後援，也相繼請降。兩省逐漸穩定了下來。
鑑於沿海一些城鎮還被台灣的鄭軍佔據，清軍發起進攻，於康熙十六年正月收復興化城。二月初，攻克泉州。鄭軍放棄漳州、海澄等城，撤回台灣。清軍收復了漳州等十個縣城。
康熙帝與吳三桂，兩位時代最強音的牛人，即將迎來世紀大PK的時刻！