刑部尚書皂保轉向兩湖派，使案子有了微妙的變化，他將勘題擬奏全部改過，雖然驗屍結果和判櫝供狀沒有辦法改動，但題奏用詞卻用心進行了修飾。其中，將“誘勒具結，羅織成獄”改為“雖係捏報，卻屬無心”；將“捏報擦洗銀針”和“塗改屍狀”改為“任聽仵作草率相驗”；將“非刑逼供、有違律法”改為“承審各員尚非故勘故入”等。
不僅如此，又以關係朝廷的面子為由，隻字不提各級官吏行賄受賄之事；楊乃武刑傷過重，幾乎被折磨成了殘廢，卻說刑傷業已平復，並無傷筋折骨之情；又將有關劉錫彤之子劉子和的事全部隱去不報；對巡撫楊昌睿、欽差胡瑞瀾也未提出參革。
光緒三年（1877年）二月十日，這封經過修改的奏疏終於遞了上去。皂保原以為按著他的奏疏，楊乃武案應當是馬虎了事，涉案各官受到的處罰也不會過重。特別是楊昌睿，頂多也就是個革職留任罷了。但他沒有想到，在兩湖派頻頻行動的時候，浙江派也在謀劃著最有力的一擊。
醇親王奕澴在最後的關鍵時刻下了一劑猛藥。
二月十一日，天晴日朗，春風和暢，萬里無雲。剛剛散了早朝，左都御史廣壽見時辰尚早，天氣又好，便將自己的綠呢大轎打發了回去，帶了幾個從人一路步行向草帽兒胡同走去，打算找毓慶宮授讀夏同善喝酒。剛走了一里多地，便有一頂藍呢大轎從後面追過來。快到時落了轎，從裡面鑽出一個人，一邊追一邊喊：“廣壽大人留步。”
廣壽回頭看，見那人黑瘦臉，戴著暖帽，水晶頂戴熠熠閃爍，八蟒五爪袍子外套白鷳補服。正是刑部郎中浙江司郎中翁曾桂。翁曾桂緊跑了幾步趕上廣壽，顧不得行禮便悄聲道：“不好了廣大人，皂保不知怎的改了判語，重寫了題奏，昨日已交到軍機處。幸虧我叔父知道的早，他讓我立刻找到您想辦法。”
廣壽也是吃了一驚，道：“皂保怎麼站到丁寶楨那邊去了？難道他不知道這案子是冤的麼？何苦要撈這個罵名。”想了一下又道：“這事除非是同王昕商議。王昕和皂保不同，不會首鼠兩端，還算是個清正的官。”
“他不過是御史，即便鐵面無私，又有多大能量？”
“你不要忘了，他同醇親王的關係可不一般。眼下王昕又是太后跟前的紅人，最知道太后脾氣。從他那裡必能找出些辦法。雖然王昕只是個五品官，可比我主意要多咧。事不宜遲，你我現在就去他的府上。”
王昕在府中接著了兩個人，在書房中落坐之後，翁曾桂即把楊乃武一案遭皂保干預的事講了，請王昕想個辦法。王昕聽罷，沉吟了一回道：“這事不難，只須去同醇王爺說好。我來將底本寫就，醇親王看過記下，今日申時就去面見老佛爺。不僅要講此案中官官相護，有意瞻詢的事，更要將地方官跋扈不羈，恐怕尾大不調的利害講清，才能挽回局勢。”
三個人又商議了一會兒，因怕有聚議之嫌，只讓王昕一人去西城太平湖東里醇親王府。
到了醇親王府見了奕譞，王昕即將前情講了，醇親王馬上讓王昕動筆，立刻寫了向慈禧太后勸諫的底本。也虧得王昕文思敏捷，又深諳慈禧的心理，勸諫之語寫的直中要害，一針見血，其中有兩句寫道：“兩宮垂簾，新皇登基，大臣倘有朋比之事，朝廷不無孤立之憂。”就是說兩宮皇太后是女人，新皇帝是小孩，以兩湖派為首的地方官這麼做是不是瞧不上當今的這些中央當權者呢？其時太平軍被滅不過八九年，雖經慈禧一再打壓調度，在平滅太平軍時發展起來的湘淮勢力仍然在地方上特別是長江南北一帶掌控著一定的實力，一直是慈禧的一塊心病。王昕把這件普通的刑事案上升到政治的高度，娓娓勸諫，正中時弊，不由得慈禧不深加考慮。
當日下午申時三刻的時候，醇親王奕譞來到紫禁城遞了牌子請見慈禧。進到儀鸞殿東暖閣，見到慈禧，醇親王一邊叩頭一邊說道：“老佛爺，臣是為了楊乃武的案子而來。”
慈禧不動聲色道：“我猜著十有八九也是這事。近來這些大臣奴才們怎麼不想著國家大政，都一股腦的向楊乃武的案子上使勁？我都覺厭煩了，不是讓刑部審決了麼，人證也都問過，也開棺驗了屍，還有什麼可說的？”
奕譞道：“刑部審決並非不公，勘題擬奏亦無不當。不過，臣對此案還有些想法，認為此案影響之深決非普通刑案可比，尚有隱情在內不得不詳加考慮。”
慈禧噢了一聲，道：“你講。”
“老佛爺，自這個案子移交刑部勘審時，臣就一直琢磨，為什麼從知縣、知府到巡撫、學政，十數名官員數審數決，卻總不能審清這個案件呢？他們就是心存回護，結黨互保，他們心裡想的不是忠於朝廷，而是怎麼來保護他們自己朋黨派系中的官員。眼下正是新皇登基之初，對此事不能不糾正，以樹朝廷的權威啊。”
慈禧點點頭道：“想不到幾日沒見你，說話長進了，想的倒是透徹。還有什麼要奏對的，一起講出來。”
“臣方才所講，是其一；其二，百姓雖有上控之權，但向來京控案件，能得反判者，百不得一，竟成定例。縱有冤濫，刑部雖復核原卷，終難以駁回。觀當今司法之權，早已不在朝內了；其三，臣觀其案，朝中三令五申，幾次復審勿求實情，而這樣一個案情簡單的案件，卻歷時四年未能審清，當真是案情複雜，或審官無能麼？非也，楊昌睿、胡潤瀾之心，尤不可問。加上這幾天丁寶楨等地方大員，嘵嘵至辯，干擾刑部，這些地方官吏對朝廷的忠心值得懷疑。”
慈禧聽罷沉默不語，過了一會兒突然抬起頭道：“你說的這些話，我怎麼聽的和王昕是一個口氣啊，這是怎麼回事？”
奕譞笑道：“老佛爺聖聰高遠明察秋毫，這件事情的確是臣與王昕商議過的。”遂把王昕勸諫的底本遞上去。
慈禧將底本看罷，亦笑道：“奕譞一張利口，王昕一枝好筆，都甚合我的意思。看來，地方上湘淮的勢力仍是過盛，也該再整頓一下了。”
二月十六日，慈禧以光緒帝的名義發下來平反諭旨：
本案主犯楊乃武與葛畢氏俱無罪開釋，但葛畢氏不該攀誣楊乃武，杖責八十。
葛喻氏不該聽信教唆，無事生非，姑念女流無知，杖一百，徒四年。
陳竹山病死不論。
王心培、王林、馮許氏等鄰居證言不實，杖八十。
餘杭仵作沈祥，將病死屍體認作服毒，檢驗不實，使無辜慘遭重刑，杖八十，徒二年。
何春芳為虎作倀，誘供錢寶生，出具假供狀，革去其生員的功名，著回原籍訓導。 （何春芳此時仍然在逃。）
楊昌睿的門丁沈彩泉作為聯絡兩頭收受賄賂通關節的犯人也被帶到北京，但此案中既不能提各級官吏行賄受賄之事，又不能輕易放過這個人，便在大清律例中找了一個罪名給他安上，叫做依仗長官滋事，杖一百，流三千里。
對該案中參審官吏的處罰是：
餘杭縣知縣劉錫彤勘驗不實，非刑逼供，出入人罪。發配黑龍江充軍，不准收贖，遇赦不赦。
杭州知府陳魯、浙江巡撫楊昌睿、浙江提督學政胡瑞瀾均革職查辦。
浙江按察使蒯賀蓀已死免議。
湖州府知府錫光，紹興府知府龔同綬、富陽縣知縣許加德、黃岩縣知縣陳寶善，寧波知府邊葆誠，嘉興知縣羅子森等均降職罰俸。
還有兩個參審此案的候補知縣顧德恒和龔世潼，由七品降為八品。
最奇怪的是有一個刑部主事，也因資助葛喻氏旅費而受到處分。
楊乃武案終於在光緒三年（1877年）二月十六日結束了。從同治十二年（1873年）十月發案算起，前後歷時三年零四個月，案中處分官吏近二十名，而參與到此案當中的官員竟達三百多人。若不是最終演變成江浙派與兩湖派的政治鬥爭，這個案子的結果仍是很難預料。
劉錫彤充軍死於途中，也算罪有應得。
楊昌睿雖然被革職，但第二年（光緒四年）就很快被重新起用，竟擔任正二品閩浙總督，比從二品浙江巡撫還升了一級。楊昌睿畢竟是兩湖派中舉足輕重的人物，更是晚清四廷柱之一左宗棠的生死至友。他的起復也就不奇怪了。
胡瑞瀾因為斷案太糊塗（其實是過於精明），而且是奉旨斷案，讓慈禧丟了面子，根基也不是很深，被永不起復。
冒充楊乃武把兄弟吳玉琨毒死錢寶生的那個人，刑部也曾派人暗中查訪，但終無線索，不了了之。