第二天再審，劉錫彤逼問姦情和毒藥，小白菜還想訴冤，將自己和楊乃武都洗脫了。劉錫彤哪里肯聽，立刻就叫動刑。一連三拶，頓時十指的皮肉綻開，鮮血崩出，小白菜一個柔弱女子哪裡熬得過去，只好照何春芳所教的話供了，說楊乃武十月初五日曾到她家裡，給她一包藥，說是治流火的，葛品連吃下就死了。
說畢之後，小白菜心中總覺得有些對不住楊乃武，不禁哀哀痛哭起來。葛喻氏等人已被劉錫彤有意帶到堂下，當下聽得明明白，都信以為真，把楊乃武恨之入骨。這時堂上早錄下口供，命小白菜劃了供，錫彤即吩咐把小白菜收監，俟提到了楊乃武，再行審問，又命堂下人等不許多言，暫且收監，以防走露風聲。然後立刻回到後堂，寫下了名貼，命一個伶俐家人，送到杭州楊乃武寓所。
餘杭到杭州不過五十多里，上午騎了馬去，下午就到了。這天已是十月十二，楊乃武自中了第一百零四名舉人，便沒有閒的時候。當下在杭州拜老師、會同年，聚親友。又有一般湊趣趨承的人，同楊乃武設宴賀禧，直鬧了一個多月，仍是意猶未盡。因為小白菜是在十月十一被捉入獄中的，楊乃武接到劉錫彤的請貼是十月十二，此時尚未知道小白菜的事，所以並未起疑心。本來大考之後，拜會當地父母官是極平常的事。所以即回復了來人，準時前來。下貼人又趕回餘杭，回復了劉錫彤。劉錫彤急忙將何春芳請來，二人一同商議，設下了天羅地網，只待楊乃武到來。
十月十三日，楊乃武穿了雲龍紋綢箭衣，黑素緞的馬褂，又戴了舉人的銀座冠頂，上銜素金頂，一副春風得意的模樣。出了杭州，迳直到了余杭縣衙中。劉錫彤一聽楊乃武來了，親自迎出來，滿臉帶笑，一直將楊乃武迎到裡面，在書房內分賓主坐下。
楊乃武向四周一瞧，只見兩旁差人排得齊齊整整，十分嚴肅，不像是個請客的樣子。回頭再看劉錫彤，須臾之間已換了顏色。滿面含著一股肅殺之氣，好似罩了一層嚴霜，方才的一臉笑容早丟的無影無踪。楊乃武心中愈發不解，正待說話，卻見一個瘦臉師爺走了進來，對楊乃武拱拱手道：“兄弟何春芳，是這裡的刑名師爺，因有一事不明，要向您請教高見。所以央我家老爺把您請來了，不知可能見教否？”
楊乃武不知是什麼事情，忙道：“先生有什麼問題，晚生自當領教。”
何春芳即在身旁取出了一張東西，交給楊乃武道：“楊兄且瞧這一紙訴狀如何？”
楊乃武接過一看，卻是葛文卿告小白菜因奸謀命，毒死小大的狀子。他見是有關小白菜的案子，心中有些發慌，也不知道劉錫彤的目的何在，便沉吟道：“這般謀死親夫，自得真憑實證，方能有效呀。”
劉錫彤冷笑一聲道：“正是正是，本縣已下鄉驗明，確是服毒身亡咧。”
楊乃武聽了此話，不禁愕然，疑道：“這般說來，葛畢氏實有可疑了。可是因奸謀命，有了淫婦，必有姦夫，公祖可曾問出口供，姦夫是誰呢？”
劉錫彤冷冷道：“兄弟說的不差吶，姦夫倒也供出來了。”
楊乃武聽得小白菜已供出了姦夫，不覺面色一變。沒想到他與小白菜分手三年，小白菜熬守不住，竟然有了姦夫，還乾出這般害命謀夫的大事，過去倒未曾瞧出她，竟如此狠辣，不由得暗暗痛恨小白菜。即正色道：“老公祖，這般大事，自應按法嚴辦。既供出了姦夫，即可將姦夫拿到，使他對口，供出實情，方能替死者伸冤哩。”
劉錫彤聽得楊乃武這幾句言語，將雙目一瞪道：“好，既是如此，楊乃武，你猜猜姦夫是誰？”
楊乃武道：“我怎能猜出？”
這時劉錫彤已經立起身來，向何春芳道：“何先生，你把小白菜的口供，高聲念上一遍。”
何春芳從袖中取出小白菜的口供，高聲念道：“小女子同楊乃武自前年四月起首通姦，那時候小婦就住在楊家。”接下來說的是葛品連後來險些撞破姦情，便起下疑心，立即搬出了楊家，住到太平街內。等等所說一般不差，件件真實。但再往後的供詞便開始捏造起來，說楊乃武色心不死，仍常來行動。此前一月光景，又被葛品連險些撞著。自此之後，葛品連每晚住在家中，楊乃武遂無隙可乘，不能到來，心中十分懷恨。十月初五的時候，葛品連到店中去了，楊乃武悄悄來到葛家，把一包藥粉交給自己，說是可治流火之症。恰巧葛品連在十月初九犯了急症，要小白菜買了桂圓熬桂圓湯治病。小白自稱是一時糊塗，便把藥粉下在藥中，小大服下，即刻便死了。
楊乃武聽畢，又驚又氣，他想不到小白菜竟這般忘恩負義，把自己咬了上去。但想道此事無憑無據，憑著一個婦人的話，劉錫彤也不能便把自己怎樣。方欲分辨，劉錫彤先喝道：“楊乃武，本縣一向以為你是讀書君子，誰知你卻是人面獸心，竟幹這般醜事，皇子犯法，與庶民同罪，今天可由不得你咧。”說畢，向兩旁差人道：“快把楊乃武押將起來，本縣即刻升堂審問，替死者伸冤。”兩旁衙役，早把楊乃武一把在座上扯起，喝著快走。
楊乃武見這般情形，終於明白劉錫彤是為了過去自己曾經弄了他兩次，這回他是要公報私仇，可是自己究竟是個地方紳士，名聲在外，又是新中舉人，僅憑小白菜所言，劉錫彤終究不能把自己怎樣，哈哈大笑道：“好個劉錫彤，原來今天你請我赴的是鴻門筵。好在我楊乃武並未犯下這般歹事，看你能將我怎樣？將來水落石出之時，我不要瞧你的好看？”
劉錫彤並不答言，一抖衣服，竟自出去。何春芳急忙命差人將楊乃武押將下去。過了半個時辰，劉錫彤吩咐升堂。一剎時鼓聲響亮，兩旁差人立得齊齊整整。劉錫彤在大堂正中坐定，一邊坐著刑名師爺何春芳，另一邊是錄供幕府李禁。這時，原來到倉前鎮要提的聽審人，都已經提到。
劉錫彤坐定之後，便命人把楊乃武帶上堂來，卻先不審問。又讓把葛喻氏帶上來。不一時，葛喻氏當堂跪下。劉錫彤問了她年歲籍貫，又問葛品連死的情形，小白菜與楊乃武是否有姦情。葛喻氏前日聽了小白菜的招供，愈發認定楊乃武是害死葛品連的仇人，自然又說出懷疑楊乃武的情由來。又說早就知道二人姦情，只是拿不住憑據，楊乃武又有勢力，只好忍辱不宣，沒想到葛品連還是死在楊乃武的手中。
劉錫彤聽畢，便命她跪在一邊。又將馮許氏等人一一帶上，這些人都親耳聽過小白菜的口供，楊乃武與小白菜以前也的確有過不軋之事，所以個個都指認楊乃武。劉錫彤暗暗得意，當下即把小白菜帶上堂來，又假意喝問了一回。小白菜依舊咬定是楊乃武交的毒藥。劉錫彤把眾人問過，方開始審問楊乃武。
楊乃武此時已是新中舉人，照例不跪，立在下面。劉錫彤把驚堂木拍得山響，喝道：“楊乃武，你尚有何說，快些從實說來，怎地起意，因奸謀斃葛品連的性命。”
楊乃武聽罷，哈哈笑道；“老公祖，我毒死葛品連，可是你親眼看見的嗎？既然沒有憑據，為何要憑空誣我？”
劉錫彤聽楊乃武仍是桀驁不馴，想起來前仇舊恨，早就忿火中燒，喝道：“楊乃武，葛畢氏已招得明明白白，是你親手授給她的砒藥，四鄰、幹證也都說你與葛畢氏暗有往來，你還想刁賴不成？若是好好招出，本縣還能為你存些體面。”
楊乃武道：“晚生又沒有做過這事，說些什麼出來。”
劉錫彤見楊乃武不肯招，又不能動刑，一指小白菜道：“葛畢氏，你把楊乃武怎樣命你毒死丈夫，同楊乃武對來。”
小白菜見了楊乃武，又羞又愧，但她聽了何春芳的恐嚇，要救自己的性命，免受千刀萬剮之刑，又怕劉錫彤再給自己上刑，不得不把天良泯絕，向楊乃武道：“二少爺，事已至此，便說了吧。”
楊乃武聽得小白菜果然攀咬自己，牙齒咬的咯咯響，忍不住向小白菜罵道：“好一個沒良心的淫婦，我當初怎樣看顧於你？你我又定了什麼約定？怎麼都忘得一干二淨。今天不思報答，反將這般事情攀供於我，你的良心何在？”
小白菜被楊乃武說的慚愧，再不敢說話，低了頭不再言語。劉錫彤見了，暗叫聲不好，害怕小白菜良心發現，當堂翻供，再將何春芳賣出來，那還了得，忙把驚堂木一拍道：“好個楊乃武，竟敢仗著科舉威勢，咆哮公堂。我也知道你是個新科舉人，不把我小小縣令放在眼中。但你如今犯下重法，皇子犯法，與庶民同罪，本縣也顧不得體面。”說著，即命人將楊乃武與小白菜各自收監，其他人證回家聽侯傳訊。又命何春芳寫下一角文書到學府中，呈請浙江學政將楊乃武的舉人功名革掉。
浙江省學政胡瑞瀾，是個道貌岸然，張口閉口不離尊禮守教的老學究。一聽本省出了這麼大一件有傷風化的事，立刻大怒，馬上批准斥革。批罷回文之後，餘怒未盡，又寫下“正身潔己，不以財色經懷；敦品勵行，當以作人為先。”二十個字，命通令全省學子要以楊乃武為鑑。
十月十五，劉錫彤接到學台回批，立刻將命差人把楊乃武的舉人素金頂剝下，帶到大堂。劉錫彤將驚堂木一拍道，喝道：“楊乃武，你怎樣與葛畢氏通姦，又如何把葛品連謀死的？從速招來，免得皮肉受苦。”
楊乃武見自己十年寒窗的功名，就這樣輕易被劉錫彤斷送的干乾淨淨，又悲又憤，將劉錫彤恨的咬牙切齒，站在堂上立而不跪，只道：“如今你非要置我於死地，我便也沒有什麼可說的。”
錫彤喝道：“不上刑具，諒你也不肯招出。”當即喝命差人把楊乃武按倒在地，先打了三十大板。楊乃武自出生以來那裡受過這般苦痛，只打得皮開肉綻，鮮血飛橫，趴在地上，爬不起來。
劉錫彤喝道：“這只是小試牛刀，你若不把毒死葛品連的情由，從實招出，莫怪本縣一會兒大刑伺侯。”楊乃武忍著疼痛道：“這事情一點兒影踪全無。你想叫我招出些什麼來呢？”
劉錫彤聽罷，也不再問，又將一支簽扔下來，吩咐給楊乃武上三木大刑伺候。
頓時堂下嗆啷一聲，扔上一付三木夾棍，兩旁差人走將上來，把楊乃武靴襪扯去，雙足套在夾榻之中，一起喝道：“楊乃武，快些招吧，免得受這些零碎苦處。”見楊乃武並不說話，遂將夾棍一收，只痛得楊乃武兩目昏花，眼前金星亂迸，大叫一聲，已昏了過去。上刑的衙役松去夾棍，又有一個差人早備了一碗水，過來把水將他噴醒。劉錫彤再問楊乃武，卻仍是不招。劉錫彤又讓行刑，如此三番，將楊乃武折騰的死去活來，面色昏黃，氣息奄奄。劉錫彤一見，知道不能再用刑，怕楊乃武受不住死在堂上，沒了口供，還要連累自己擔帶。即命差人把乃武先行收監，自己退堂。
楊乃武被押回到監中，只覺雙腿如過火一般，疼痛不止，不住的呻吟。心中也頗不平靜，一會兒想小白菜過於絕情，竟不顧過去情義，一張紅口白牙，隨意攀誣自己，咬定了自己不鬆口，不知是何緣故；一會兒又想她應當是熬刑不過，又不知道按大清律例謀斃親夫者當受臨池之刑的厲害，才會這樣做，倒是情有可緣。又想到劉錫彤一定要將自己置於死地，恐怕即使是熬刑不招，劉錫彤也不會放過自己。說不定劉錫彤為著以前結下的仇怨，在獄中將自己暗暗戕害，那時即便是有冤也無處伸了。想來這裡不過是個知縣衙門，只能擬結，不能定案，將來到了按察使司衙門再申冤不遲。
正在胡思亂想著，聽遠處監牢的大門響動，獄卒領著一個四十多歲的中年人走了進來。那人走到近前輕輕喚道：“二爺，我來看您來了。”
楊乃武見是自己的管家王廷南，急忙爬到獄欄前，道：“你可來了……”話沒有說，卻已經流出淚來。
王廷南也哭道：“二爺，這是從哪裡說起？真是飛來橫禍啊。”
二人對哭了一番，守監的獄卒道：“有話快說，一會兒若有查獄的來，你我都不好過。”
王廷南掏出十塊銀元放到他手中道：“麻煩幾位老哥在外邊放放風，我們略說幾句話就出來，決不連累。”
獄卒方才已經收了十塊銀元，這回見又送過來十塊，頓時眉開目笑道：“我代幾位兄弟謝過了。你們慢慢談。”
楊乃武待獄卒走遠了道：“廷南，你且別悲傷。這一回的事情，也是命中註定。我和知縣劉錫彤，之前便結了仇怨。所以他要藉此事陷害於我。若熬刑不招，不過白受苦楚，說不定劉錫彤惱羞成怒，還要暗害於我。看來只有從上面翻案才能成功。你要報給家中我姐姐葉楊氏和二奶奶楊詹氏知道。讓她們一面速去杭州與同年好友姚士法聯繫，到省裡訴冤；一面趕到京城與族叔楊增生商量，他在都察院經歷廳任六品經歷，官雖不大，但認識的京官卻不少。都察院又向來是核准、參審重大案件的衙門，有族叔說項，大概此案能有轉機。”
王廷南道：“二爺，您放心好哩。既然劉錫彤一定要同您做對頭，二奶奶和姑奶奶就是傾家蕩產也得給您伸冤。這裡我不能多來，家中的事，有我全力操持，您盡可以放心。”
楊乃武又道：“我姊姊比了二奶奶能幹得多，你去轉告姊姊，諸事要請她照應。就是我萬一冤沉海底，家中各事，都得仰仗姊姊了。孩兒年紀尚小，要好好當心。”
王廷南聽得，洒淚道：“二爺放心，我就回去報信，您要自己保重，吉人自有天相，二爺又沒幹這般傷天害理的事情，將來自有水落石出雪冤的一天。”又把身旁帶的幾十塊錢交給楊乃武，作為監內使用，方匆匆的去了。