馬新貽被剌案傳到京師，猶如一顆炸彈在紫禁城內炸開。十五歲的同治帝看完奏報，大驚道：“謀刺重臣的事情，此是千年第一案。最近的一件也只在唐朝元和十年的時候（公元815年），丞相武元衡在早朝時為盜所害。到現在已經一千多年了，今朝身邊又出此事，實在讓朕深為駭異。”當即下旨：魁玉督同司道各官趕緊嚴訊，務得確情，盡法懲辦。
慈禧更是先一步得到消息，她當天下午即將曾國藩與李鴻章召到儀鸞殿商量。慈禧太后坐在鸞座之上問道：“這事豈不甚奇？”
因為事涉自己原任的兩江之地，曾國藩急忙誠惶誠恐地回答：“這事很奇。”卻不敢再說什麼。
李鴻章若有所思：“谷山那地方，近來屢有奇絕之事，過去從來沒有這些事的。”
曾國藩聽了一驚，明明是說南京的事，怎麼扯到自己的家鄉湖南去了（谷山是湖南長沙一處地名）。是李鴻章無意說錯，還是有意為之，以暗示慈禧此案與湘軍有關？馬新貽的案子自己也悄悄派人打聽了，好像的確牽扯到湘軍的事情。雖然他認為這事最多不過是湘軍中下級軍官的謀劃，但身處是非之時，他也不得不小心行事。
但慈禧並未深究此話，只是說：“馬新貽是國家重臣，這個案子必須一二品大員、督撫要職才有資格查辦。這樣才能顯出朝廷的決心來。張之萬辦事很好，他做漕運總督，對兩江的事與人都比較熟悉。我看派他去辦此案不錯。”
曾國藩又不疼不癢的回道：“張之萬是個精細人，定能辦好此案。”
李鴻章道：“張之萬是個中庸的人，不會有偏袒，他去也可安定一下那裡的人心。”
慈禧太后以五百里加緊的上諭，指派漕運總督張之萬，“馳赴江寧，會同魁玉，督飭司道各員，將該犯設法熬審，務將其中情節，確切研訊，奏明辦理”。此諭剛發，接著又發密旨，說“此事案情重大，斷不准存化大為小之心，希圖草率了事。”
張之萬是道光丁未科狀元，其弟是後來支持新法、操練新軍、在兩廣大敗法軍、建造中國第一個兵工廠大名鼎鼎的張之洞。張之洞是同治二年的探花，時任湖北學政。張之萬與其弟張之洞雖是同胞，但脾氣大不相同。張之萬做事沉穩，學問精深，在官場之中上下通融也頗有幾分能耐。但此人膽子極小，非常怕事，特別不願意沾惹有關軍務的事。這一回得了慈禧的懿旨，雖是不敢怠慢，但也十分膽顫。對同僚道：“江寧乃是非之地，我此去兇多吉少。若步馬新貽之後塵，也說不定。家裡有什麼事，還請各位照顧。”又將漕標的數十號官船，上千名兵丁都調來，護著自己順運河南下，他自己一直躲在艙裡不露面。
其時正值深秋，紅蓼白蘋，運河兩岸的風光頗為不惡，這天由河入江，到了瓜州地方，張之萬在船裡悶了好多天，想上岸走走透透氣。
剛下船走了一陣，忽然內急，看看四周，蒿草高過人頭，遠遠延開去，隨風起伏，如大浪一般，四周裡除了自己的人寂寂無音。只在遠處有些農人正在田野勞作。本來隨便找個地方如廁是不難的，但張之萬深怕這裡藏著刺客，轉臉對漕標參將說：“你親自帶領兩百親兵，將這裡圍住。”
不一會兒，只見兩百威風凜凜的綠營兵，拿槍弄刀，團團將茅廁圍住。遠處正在收割稻子的老百姓，大為驚異，不知道那裡出了什麼事，以為是在拿賊，有膽大好事的跑來瞧熱鬧，才知道是“漕帥張大人”上茅廁。於是張之萬人還未到，他的笑話先到了江寧。魁玉一見了面便拿他打趣，“天下總督，漕帥最闊，拉個野屎都得派兩百小隊守衛。”
張之萬苦笑道：“玉公，不知江寧城裡還有多少綠營軍，這湘軍都是六親不認的敢死之士，我可信不過。馬新貽的案子，未必沒有湘軍的事。”
魁玉將城內形勢告知，張之萬鬆口氣道：“我是奉旨來會審的，一切都要仰仗老弟。”
“不然，不然！”魁玉搖著手說：“你是特旨派來的欽差，專為查辦此案，當然一切聽你作主。”
兩個人一見面便互相推責，誰也不想兜攬此事。按道理，張之萬是奉旨查案，且是從一品的文官，因當他作主才是。但畢竟張之萬的推功要比魁玉精深，最後定下來是彼此有關，和衷共濟。當夜魁玉為張之萬設宴接風，陪客有署理藩司孫衣言、臬司梅啟照、候補道袁保慶。
袁保慶時任營務處總辦，平日抓散兵游勇，頗為嚴厲，是馬新貽的親信之人。那孫衣言與馬新貽也處的不錯，馬新貽對其有知遇之恩。兩人對馬新貽之死耿耿於懷，在席間極力主張對張文祥用刑，不追出主使的人來，決不罷休。
張之萬隻是吃菜喝酒，並不說話。待眾人問的急了，只說“好好”，“對對”，並不明確表態。魁玉與梅啟照是目前兩江的最高長官，這兩人又是一種主意。張文祥背景深厚，要審出來，卻不能用重刑。怕的是有人在用刑之時暗中下手腳，將張文祥弄死，那可不是玩的。另外，朝延對此事逼的甚急，前次所報的“拿獲行刺之凶犯，始則一味混供，迨晝夜研鞫，據供系河南人，名張文詳，直認行刺不諱，而訊其行刺之由，尚屬支離狡詐”。並不能讓慈禧滿意。朝廷諭旨責備道：“情節重大，亟應嚴切根究，爾等一味搪突，原屬失職。務將行刺緣由究出，不得含混奏結，否則嚴懲不怠。”所以此時是欲進無路，欲退無門，一直在想辦法讓張之萬將此事承擔下來，也好卸責。
張之萬敷衍掉了袁、孫二人，卻最終沒有推掉魁玉和梅啟照的請求，只好答應第二天便提審張文祥。
第二天一早，孫衣言和袁保慶早早到了欽差行轅，在花廳裡陪著張之萬閒談。過了一會兒督署派來當差的武巡捕來報，說張文祥已經解到，請欽差升堂。
不久，魁玉、梅啟照也到了。一行人坐上堂，張之萬坐了正首。張文祥被帶上堂，站在堂上立而不跪。衙役用踢其膝窩，張文祥紋絲不動，只是冷笑。張之萬並不計較，倒是袁保慶大怒道：“好刁惡的東西，公然蔑視朝廷命官，把國家法度放在了何處？真正十惡不赦！來人啊，先給我夾了！”
張之萬一聽此言，急忙制止道：“大刑之下，焉有實言。先不要動。”
袁保慶只好作罷。張之問讓梅啟照發問。但來言去語，都只是以前那些話。梅啟照根本無心要問案，所以是你有來言我有去語，問來問去，十分很熱鬧，卻非問在要害上面。直到日上三竿，也沒什麼進展。
到了中午一同用飯的時候，孫衣言忍不住道：“張大人，張文祥是個奸詐的小人，不用重刑，讓他吃些苦頭，難吐實言。望大人考慮。”
袁保慶也附合道：“此人十分狡猾，在堂上一派胡言，妄圖玷毀馬太保的清譽。再這樣審下去，恐怕流言傳出去，對不住新亡之人啊。”
張之萬道：“既是如此，那就不要審了。”
幾個人一聽都吃了一驚，沒想到張之萬說出這話來，正思謀著該如何對答。張之萬接著道：“張文祥不肯供，只有抓他的親屬來問，這樣就不怕他胡說了。還有，張文祥是條硬漢子，若用重刑，輕了怕他仍不招供，反倒讓人抓了內有情弊的話柄；重了，擔心刑傷人命，你我都吃不了兜著走。若是加刑於其親屬之上，就算他是一條鐵骨硬漢子，也不敢再吐狂言。”
幾個人聽了恍然大悟齊聲說高，只有魁玉暗笑，這明明是個拖時間的緩兵之計，卻說的官冕堂皇，真不愧是個老油條。
因為孫之言、袁保慶等人盡心催辦，只用了十天，就將張文祥作捻軍時生的一對兒女，從浙江湖州府找到。同時帶來的還有張文祥亡妻的嫂子以及一干鄰居。張之萬命人將他們收了監，卻又拖了十多天，不肯升堂問案。袁保慶等的急了，託了魁玉打問。那魁玉雖然知道張之萬是不願沾腥。但朝廷連連催辦，這事總要有個了結，如此下去怎麼能行？這張之萬一連數天，在南京城裡游玩賞景，根本沒把這件事當作一回事，他葫蘆裡究竟賣的是什麼藥？
魁玉打發了袁保慶，立刻換衣服乘轎去找張之萬。門前差人見了魁玉施個禮道：“魁大人，我家大人說您來不用通禀，直接帶您去書房。”
魁玉笑道：“他還以為他是諸葛呢，擺出一個料事如神的架勢來。”
魁玉進了書房，見張之萬正拿著一個禀帖在看，見了魁玉，隨手將禀帖壓在硯下，起身迎接，說道：“老弟，此番來是為了張文祥的案子吧？”
魁玉道：“張大人，我知道您是能拖則拖，靜觀其變，不願意深究下去。但朝廷是下了決心要審明白的，口氣越來越嚴厲；下面馬新貽的那幫人也不斷催問。這一案到最後如何定讞？該有個打算。打算好了我們就照這條路子去走。我想您已經胸有成竹了吧。不如點醒下官，也讓我放心一些。”
張之萬道：“這幾天我在南京城中私訪，倒是了解了不少事情。”
魁玉道：“都傳說張大人是懈怠公務，哪裡知道您有這樣的心機。”
“是麼？說我懈怠公務？哈哈。由他們說去吧。汪瑞裕茶館掛了《江寧刺馬》的彈詞牌子，生意還不錯。我聽了聽，是說張文祥原是馬制台的小舅子，因為他妻子生的艷麗，被馬制台騙奸。被夫人發現，要告到京里，並告訴張文祥。馬制台便將夫人毒死。張文祥為姐姐報仇，蜇伏數年，幾次尋找機會，終於將他刺死。報仇之後，不但不逃，反而主動就縛。”
魁玉瞪著眼睛大聲道：“一派胡言，怎麼會有這種事？漁色負友的名聲是好隨便安的麼？可嘆馬制台屍骨未寒，又遭此污衊。我勸大人不要再瞻前顧後了，儘早結案，還馬制台一個清白的名聲。”
“不僅是彈詞，聽說在上海還有人編了戲去演，編了書去說。都是把張文祥誇成一個為友復仇、義薄雲天的義士。你不覺的奇怪麼？案子尚未了解，怎麼外邊就有了定語，且都是朝著一邊倒。這個必是有人搞鬼。”
“大人說的對，我立刻就派人去查，是誰這麼陰毒。此人也必是張文祥的幕後主使。”
“我說了這些你還不明白麼？你再看看這個。”張之萬將方才壓在硯下的禀帖遞給魁玉。魁玉接過來，見是一個無頭禀帖。禀帖上說，前兩江總督馬新貽，為江蘇巡撫丁日昌的兒子候補道丁蕙蘅派人所殺。
丁蕙蘅是丁日昌的獨生子，是正房所生。因為丁日昌公事繁忙顧不上管教，正妻早亡，丁蕙蘅在幾個姨太太的放縱下，不僅不愛讀書，而且是常常混在外面吃喝嫖賭，惹事生非，仗著老子的勢力橫行蘇州。後來丁日昌看他實在不成器，單靠他自己的本領是賺不了功名了，愛子心切，只好替他捐了生員，再捐監生，再捐四品候補道台，一步一步捐下來，花了數万兩銀子。丁蕙蘅戴上了青金石頂戴，穿上了四品官服，不念老子的辛苦，倒更覺的自己有所倚仗，目空一切起來。不僅在蘇州，即便在整個蘇南，提了丁蕙蘅沒有不搖頭的。同治八年九月，丁蕙蘅乘其父因公出差的時候，帶了一幫狐朋狗友出外嫖娼。在妓院內遇到一群水師勇兵，雙方爭風吃醋，導致群毆。丁惠衡一幫人哪裡是這群勇兵的對手，幾個人被打的鼻青臉腫，有機靈的急忙跑回巡撫親兵營找來幾百號人助拳。親兵人多勢眾，將水勇全部拿下。丁公子抹著被打出的鼻血下令“棍責”，聲稱打死勿論，不想行刑者也是剛才捱過打的，下手太狠，竟將水勇錢有得亂棍打死。鬧出人命，事情一下子變的無法收拾。何況這水師一貫囂張，哪裡能善罷甘休，要擺平此事，難度極大。幸而丁日昌與李鴻章交情極深，丁日昌知道此事後，先將兒子痛打一頓關了起來，發急書請李鴻章出面斡旋。本來李鴻章已經準備向水師的元老新貴楊岳斌、彭玉麟、李朝斌、黃翼升等人求情的。但此時的兩江總督馬新貽從中插了一槓子。
若不從人情來講，單說法度，那蘇州地面上的事，兩江總督馬新貽是有權利也有義務來管的。他對丁日昌在江蘇與自己爭權早就看不慣了，如今有機會給他上嚼子，哪裡會放過？於是，不留情面，公事公辦，將丁家公子破壞風紀、釀成刑案的報告遞到北京。這邊丁日昌已經用五千兩銀子將苦主擺平，就等著水師那邊賣李鴻章一個面子兩邊講和了。馬新貽來這麼一下子，讓他很是被動。丁惠衡聞訊，畏罪潛逃。後來，費了好大的勁，又花了不少銀子，才找一個替罪羊（直接用刑的親兵）銷案，又將幾個在場的家丁當場杖責。這才將此案平下來。但丁惠衡從同治八年臘月初七逃走之後，一直不知去向。直到八月初一，就是馬新貽被刺後的第五天，才回到蘇州。
那麼，丁蕙蘅把一腔仇恨都集中到馬新貽身上，用重金蓄死士殺馬報仇的事，也並非沒有可能。禀帖最後說：“江蘇巡撫丁日昌之子被案，本應歸馬新貽查辦。馬新貽秉公處置，致有此變。聞此言者非吾一人，吾所聞者亦非一人之言。京師已有所聞，江南必有確實公論，望大人明查。”
張之萬道：“我知道你屢受督責，壓力很重，想儘早將此案完結。不過，結了此案就真能萬事大吉了麼？這個案子背後是什麼？你想過沒有。”
“我也知道此案可能背景複雜，查的太深了對已不利，但既食大清的俸祿，身為朝廷的命官，受命於上，來查這個案子，就決不能馬虎了事，不了了之。”
張之萬心道：這肯定是被馬新貽的那幫親信催的急了，又受了上面的督責，沉不住氣了。倒說些冠冕堂皇的話來擠兌我。輕輕笑一笑說道：“看來你還是不明白，那我就挑開來說吧。”
“大人請講。”
“這個案子查清了，你就真能交差了麼？還是那句話，結了此案，不代表萬事大吉，而是麻煩事才開始。你想想，這案子可能是怎樣的結法？其一，真像張文祥說的那樣，馬新貽是殺友佔妻。那麼，袁保文、孫衣言等馬新貽的人會怎樣看你？不但不會感激你，反會恨你將馬新貽的名聲玷污。風傳的馬新貽漁色負友之事因你而得到證實，你又將身處何位？堂堂朝廷一品大員，作下如此之事而遭刺殺，大清的臉面又被置於何處？老弟呀，你這不是一竿子捅下一個大馬蜂窩來，將來挨蜇的不是你又是誰？”
“這事如果是張文祥胡亂招供的呢？”
“聽我繼續說。第二種結案可能，便是你我都認為可能性很大的湘軍首領。那麼這個人來頭有多大？涉及到誰？你我都不清楚，我們在明處查來查去，他可是在暗裡頭看著咱們呢。查案之中，一不小心做了馬新貽第二，你說值不值。就算是查出來了。這個人如果是朝廷不想懲辦的人呢？你我將被置於何地？若是逼反湘軍，你我又算是功臣呢還是罪人？再說其三，就是這個無頭禀帖。事涉江蘇巡撫丁日昌。丁日昌的底細，你我都清楚，若真是他兒子做辦的，免不了要將他的兒子丁蕙蘅法辦，丁日昌也可能降職或者撤差。那麼你我將來如何面對李鴻章，丁日昌未來重新啟用再入朝堂的時候，你我又怎麼處？這官官相互的道理，你還不明白麼？”
“我所說的這三個結果，僅僅是目前所能夠預料到的。它背後的原委到底是什麼？是否還有其他的隱情，查出來後，還會有什麼樣的影響，你知道麼？若這樣一步步查下去，不知在什麼地方一步失足，便會跌落在萬丈深淵中，不僅粉身碎骨，甚至也可能會像馬新貽這樣，背上許多洗不掉、辯不清的穢名惡聲。你我不可不謹慎啊。”
魁玉聽得呆呆的，好半天才回過神來道：“好厲害。”不知是說這個案子好厲害呢，還是說張之萬好厲害。嘆了口氣又說：“張大人說的句句都有道理，今後的事我一切都聽您的。但現在朝廷那裡催責的緊，你說咱們該如何辦呢？”
張之萬胸有成竹道：“我這個案子就是要拖，日子久了，朝廷必會另派人來，你我便可脫身。我在京中的耳目已經傳來消息了：直隸總督曾國藩要改任兩江總督，刑部尚書鄭敦謹要做奉旨查辦馬案的欽差大臣。一個是湘軍首領，一個是黑臉包公，這兩個人來了，還愁沒處卸責麼？”
魁玉聽了面露喜色，轉念又問道：“那您又要去哪裡？”
張之萬微微笑道：“我自有去處。”