詩人、畫家、革命者威廉·布萊克用“牛頓之眠”來比喻牛頓物理學觀察事物角度猶如井底之蛙，以及牛頓自己從神秘主義的(不徹底)脫離。布萊克認為原子和光粒子的想法是可笑的，牛頓對人類的影響就像“魔鬼”一般。對科學更一般性的批評是科學太狹隘了。由於我們被充分證明的易謬性，在嚴肅的論述之外，科學拒絕考慮法庭、不同程度令人振奮的想像、遊戲式的概念、真誠的神秘主義和使人目瞪口呆的奇蹟。沒有客觀證據，科學不承認精神、靈魂、天使、魔鬼、釋迎牟尼的法體，以及天外來客。
美國心理學家查爾斯·塔特認為超感覺存在的證據是令人信服的，他寫到：
為什麼“心靈”體驗總是向我們的物質觀念挑戰，而與其它觀念沒有衝突呢？毋庸置疑，物質(和能量)存在於日常世界中，這樣的證據比比皆是。相反，正如我前面所提到的，非物質的“精神”或“靈魂”存在的證據卻非常值得懷疑。當然，我們每一個人都有豐富的內心世界。但是，考慮到物質世界是驚人的複雜，我們如何能證明我們的內心生活不全部來自於物質世界？不錯，關於人類意識的許多問題，我們並沒有充分理解，也不能用神經生理學來解釋。人類的能力有限，科學家比其他人更清楚地懂得這一點。但是，幾代人之前，自然界許多被認為是神秘莫測的現象，都已經通過物理學和化學的手段被徹底理解了。至少今天的一些神秘現像也會被我們的後代徹底揭示。比如說，我們現在還不能通過大腦化學來給出意識狀態的變化的詳細解釋，這並不意味著“精神世界”的存在是非物質的奇蹟。正如我們懂得趨光性和植物荷爾蒙以前，將向日葵總是朝著太陽當做是確確實實的奇蹟存在的證據一樣。
如果這個世界並不完全和我們的意願一致，這是科學之錯嗎？還是那些將自己意願強加於此世界的人的過錯？所有的哺乳動物，以及許多其他動物，體驗著情感：如恐懼、慾望、希望、痛苦、愛、憎惡，以及被引導的需要。人類可能對未來思考得更多些，但並沒有什麼感情是人類所獨有的。另一方面，沒有其他物種像人類一樣探求科學，如何能說科學“使人失掉人性”呢？
這個世界看似如此不公平：有些人尚未出襁褓就飽受飢餓而夭折；而另一些人僅是由於出身的原因，過著富足華麗的生活。一個人可能生在被凌辱的家庭或被咒罵的種族，或天生有某種殘疾，一輩子在命運的作弄中生活，直至死亡。這就是生命的結局嗎？僅僅是一場無夢、永無盡頭的睡眠嗎？公正何在？這是慘淡、殘酷而無情的。難道我們不應該在公平的競技場上有第二次機會嗎？如果不管前生命運如何與我們作對，我們來生的出身取決於我們前生努力的程度，那該多好啊。或者，如果我們死後存在一次審判：——只要我們扮演好這一生所注定的角色，為人謙卑、誠實等等——作為獎賞，我們將在擺脫了這個世界的痛苦和動亂的永久避難所中愉快地生活，直到時間的盡頭。如果這個世界是經過考慮。事先設計好的，而且是公平的，它就會是這個樣子。如果承受痛苦和磨難的人將得到他們應得的安慰，它就會是這個樣子。
所以，那些引導人們滿足於現在的生活狀況，期望死後有所回報的社會，傾向於灌輸給人們安於現狀、反對變革的思想。更有甚者，對死亡的的恐懼，在某種程度上本來是生存鬥爭和進化中的一種適應，在戰爭中反而變得不適應。那些宣揚英雄(或者甚至是那些僅僅是按照權威的吩咐行事的人)來生會得到極大幸福的文化，可能會贏得一些競爭性的優勢。
因此，死後精神永存的思想和關於來生的概念，宗教和國家兜售起它們來，應該是不費吹灰之力的，在這個問題上，我們不能期望存在廣泛的懷疑主義。儘管幾乎毫無證據，人們仍然願意去相信它們。不錯，大腦損傷會使我們喪失大部分記憶，可以將我們由癲狂變得平靜，或由平靜變成癲狂；大腦化學的改變會使我們相信有一個針對我們的大規模的陰謀，或者使我們認為聽到了上帝的福音。但是，儘管這提供了像我們的個性、特徵、記憶(如果你願意，可以將靈魂包括在內)根源於大腦的物質之中一樣強有力的證據，不重視這一證據，迴避這一證據的可信度是很容易的。
如果由一個強勁有力的社會制度堅持來生的存在，那麼持異議者人數很少並且保持沉默、遭到憎惡是不足為奇的。一些東正教、基督教、新時代教派和柏拉圖主義者，堅持說世界是非現實的，苦難、死亡和物質本身都是幻覺，除了“思想”之外，沒有什麼東西真的存在。與此相反，盛行的科學觀點認為思想是我們感知大腦活動的方式，即思想是大腦中無數個神經神經連結的一種物質。
從60年代起，興起了一種奇怪的學術觀點，認為所有的觀點與幻覺一樣具有同樣的武斷性，正確性和謬誤性。由於文學批評、宗教、美學和大部分哲學、倫理學不能像歐幾里德幾何學的定理那樣被證明，也不能用實驗來驗證，科學家們長期以來一直認為以上人文學科僅僅是主觀看法。也許，這種觀點的目的在於試圖扭轉在科學家們的論爭中所處的劣勢吧。
對那些期望每件事都成為可能的人來說，他們的現實是不受限制的。他們感覺，人們想像和慾望的要求要多於科學教給人們所能理性地確信的相對少的東西。許多“新時代”的宗師(女演員雪利·麥克萊恩就是其一)走得如此之遠，以至於信奉唯我論，斷言唯一的實在是他們自己的思想。實際上，他們常這麼說，“我即上帝”。 “我真的認為我們在創造現實的一切”，一次，麥克萊恩告訴一個懷疑論者，“我認為我正在創造面前的你”。
如果我夢到與死去的父母或子女相會，誰能告訴我它並沒“真正”發生，如果我感覺我自己漂浮在太空，俯瞰地球，也許這也是真的，不能分享這些體驗的科學家們，誰又能告訴我這些都只是在我的頭腦中發生的？如果我的宗教告訴我，宇宙年齡只有幾千年是上帝的不可更改、正確無誤的斷言，那麼當時的科學家宣稱宇宙有幾十億年曆史時他們就是錯誤的，冒犯神靈的，不虔誠的。
令人惱火的是，科學斷言為我們能做什麼，甚至根據什麼原理來做，劃定了界限。誰說我們不能超越光速，他們以前也說過無法超越聲速，不是嗎？如果我們真的擁有了強有力的儀器，誰能阻止我們同時測定電子的位置和動量？如果我們非常聰明，我們為什麼不能製造出“第一類”永動機呢？ (即能量不必守衡，輸出的能量比供給的能量更多。)或者製造出“第二類”永動機呢？誰膽敢對人類的發明天才劃定界限？
事實上，自然界制定了界限。在這樣一些無法實現的行為中，蘊藏著關於宇宙如何運轉的相當完備而又非常簡單的自然規律。顯然，偽科學和迷信企圖說明自然界不存在限制。他們揚言，“一切事物都是可能的”，他們承諾了一個無限的產出，但他們的支持者只會感到失望和被愚弄。
另外一個對科學相關的指責是科學太簡單化，太“還原主義”；科學天真地以為宇宙最終的解釋只是幾個自然規律(也許是非常簡單的幾個)，它們就能解釋任何東西。整個世界的精細微妙之處，雪的晶體，蛛網的格子構架，旋渦星系，人類洞察力的火花，最終都能還原為這些規律。還原主義似乎對斑駁複雜的宇宙不夠尊重，它顯得就像一個傲慢與懶惰的奇怪的產物。
對伊薩克·牛頓(他在科學批評者眼中，正是還原主義的化身)而言，宇宙就像鐘錶一樣。行星圍繞太陽，月球圍繞地球按照其規則的、可預測的軌道運動，和我們司空見慣的鐘擺擺動和彈簧振蕩的運動一樣，都可以從本質上用完全相同的微分方程精確地描述出來。現在有一種傾向，認為我們處於高貴的優越的地位，而憐憫可憐的牛頓學派只能看到那麼狹窄的範圍。但在某些合理的約束下，描述鐘錶工作的簡諧方程，確實描述了整個宇宙中天體的運動。這是一個深刻的、而非膚淺的對應。
當然，太陽系中並不存在齒輪，萬有引力的'鐘錶'各部分的部件互不衝突。一般而言，行星的運動比鐘擺和彈簧複雜得多。鐘錶模型在某些環境中不再成立：經過一個漫長的時期後，來自遙遠天體的引力(對少數軌道的影響可能看起來微乎其微)逐漸形成，一些小天體可能出乎意料地偏離了原來的軌道。但是，擺鐘也存在一些類似於混沌運動的現象，如果我們將擺球過度偏離垂直位置，隨之而來的將是紊亂怪異的運動。太陽係比任何機械鐘能更好地保持時間，而設置時間的思想。恰恰就來自於觀察到的太陽和恆星的運動。
令人驚訝的是，無論對鍾表還是行皇，相似的數學原理都能完美地應用。其實大可不必驚訝，我們又沒有把它強加給宇宙。這不過是宇宙運行的方式。如果這被稱為慪原主義”的話，那就算是吧。
直至20世紀中期，在神學家、哲學家和許多生物學家中間，流行這樣一個強烈的信仰——生命無法“還原”為物理和化學定律，而是存在一種“生命力”、一個“生命原理”，一種“道”、一種使生物能生存的“瑪那”。它“激活”了生命。不可能想像僅靠原子或分子，就能解釋活生生的生命所具有的複雜和精美，以及形式與功能的和諧。因而，宗教應運而生了：上帝或眾神使無生命的東西具有生息和靈魂。 18世紀化學家約瑟夫·普里斯特烈試圖找到“生命力”，他稱量了一隻耗子活著和死去時的質量。毫無疑問，兩次稱量的結果完全相同。所有這類嘗試都以失敗而告終。如果確有靈魂物質存在，顯然它沒有質量，——也就是說，它並不是由物質組成的。
然而，即使生物唯物主義者也對此持有保留意見；也許，就算植物、動物、真菌和微生物是沒有靈魂的，理解生命仍需要尚未發現的科學原理。例如，英國生理學家J·S·哈丁(JBS Hardin之父)在1932年提出這樣的疑問：
但僅僅幾十年後；人類獲得了關於免疫學和分子生物學的知識，徹底揭開了這些曾被認為是無法理解的奧秘。
我清楚地記得，50年代和60年代，當DNA分子結構和遺傳密碼的性質首次被詳細闡述時，研究宏觀有機體的生物學家是如何譴責那些分子生物學的倡導者是“還原主義”的(“用DNA，他們連一個蠕蟲都根本弄不明白”)。當然，將一切事物都歸結為“生命力”比“還原主義”好不了多少。但現在我們已經知道得很清楚，地球上的所有生物，每一個有生命的東西，核酸中都攜帶密碼形式的遺傳信息，基本上都採用相同的一套密碼來執行遺傳指令。我們已經了解瞭如何解開這些密碼。生物不斷重複利用著相同的幾十個有機分子，執行著各種功能。科學家已經確認出膽囊纖維化和乳腺癌的致病基因。組成流行性出血熱細菌的1743個基因的1800萬個DNA鹼基對，已經被排列出來。大多數基因的特定功能，都被詳細地了解：從製造和折疊上百個複雜分子、防熱、抵抗病原體、提高變異率，到嚴格的自我複制。其他許多有機體(包括蛔蟲)的大部分整組遺傳基因圖譜也被繪製出來。現在，分子生物學家正忙於將決定人類特徵的30億個核苷酸序列記錄下來。再過一二十年，他們就可以完成這項工作。從此項成就中，人類獲得的利益是否會大於風險，似乎目前還無法確定。
原子物理學、分子化學與最神聖的繁殖和遺傳本質之間的密切聯繫，現在已經被科學家建立起來了，並不需要引入新的科學原理。看起來好像只需要幾個簡單的事實就足以理解生命體的極端的複雜性和多樣性。分子基因學同時也告訴我們，每個有機體都有其特殊性質。
還原主義更好地應用於物理學和化學。稍後，我將描述一個意想不到的一致性，我們對電、磁、光和相對論的理解可以歸為一個單一框架。幾百年來，我們已經知道了少數幾個相對簡單的規律，不僅可以解釋，而且可以定量地準確預測多得令人吃驚的各種現象。這些現像不但發生在地球上，還可以發生在整個宇宙中。
從神學家倫敦·吉凱所著的《自然、現實和神靈》(Natural,Reality and the Sacred)一書中，我們看到這樣的觀點：所謂四海皆同的自然規律，僅僅是一幫容易犯錯誤的科學家和他們的社會環境所強加給宇宙的先入之見。他渴望其他類型的“知識”在它的領域中能和科學在科學領域中一樣，真實有效。然而，宇宙的秩序並非假設，而是觀察到的事實。我們能探測到來自遙遠類星體的光只是因為電磁學定律在100億光年之外和在地球上一樣有效。我們能夠辨認出它們的光譜只是因為類星體和地球存在相同的元素，因為二者都遵從同樣的量子力學定律。星系間相互圍繞的運動遵循我們熟知的牛頓萬有引力定律。萬有引力透鏡和脈衝雙星的螺旋形下降(spin-downs)揭示了宇宙深處的廣義相對論。我們也許可以生活在一個每個區域都有不同規律的宇宙中，但事實上並非如此，這一點不能不令人驚嘆和敬畏。
我們或許生活在僅通過幾個簡單規律無法理解的宇宙中，自然界複雜得超過了人類的理解能力，地球上的定律不適用於火星或遙遠的類星體。但是，我們所得到的證據(注意，不是先入之見，而是證據)證明情況恰恰相反。我們是如此幸運，生活在許多事物可以“還原”為幾個相對簡單的自然規律的宇宙中。否則，我們的智力可能不足以理解整個世界。
當然，我們在把還原主義的方法應用於科學時可能會犯錯誤。正如我們所知道的，也許許多事物不能還原為幾個相對簡單的規律。然而，根據最近幾百年的發現，抱怨還原主義似乎是愚蠢之舉。它不是一個缺陷，而是科學最主要的成功之一。對我而言，它的發現於許多宗教是完美地吻合的，儘管它不能證明宗教的真實性。為什麼幾個簡單的自然規律能夠解釋那麼多的東西，而且適用於整個廣袤的宇宙呢？這不正是人們對宇宙的創造者的期望嗎？為什麼宗教神秘主義者反對科學上的還原主義方法，而不去反對他們錯置了的對神秘主義的愛戀呢？
幾個世紀以來，宗教的議程上，一直試圖調和它與科學的分歧。至少那些不願在文字上刻板地堅持《聖經》或而不給寓言和比喻任何空間的人是如此。羅馬天主教神學的最高成就是聖·托馬斯·阿奎那所著的《神學大全》和《反異端概要》。除了12、13世紀複雜的伊斯蘭教哲學湧入基督教世界的漩渦之外，古希臘的書籍，特別是亞里士多德的著作(即使隨意翻檢一下也會發現其偉大的成就)也隨之而來。這些古代學識與上帝聖言是和諧的嗎？ (原註：對許多人來說，並不存在困境。11世紀的聖·安瑟倫說：“我相信，所以我理解。”)在《神學大全》中，阿奎那企圖協調基督教與古代經典之間的631個問題。但是，在有明顯分歧的情況下如何做到這一點呢？沒有一些附加的組織原則，一些了解世界的更好的途徑，是無法完成此項任務的。通常，阿奎那求助於常識和自然世界——即科學，正是用它們作為糾正錯誤的手段。通過在一定程度上扭曲自然和常識，他設法去解決所有的631個問題。 (當“推”變成了“猛擠”，想要的答案可以被簡單地臆想出來。此時，理性總是讓位給對宗教的忠誠。)猶大法典和後猶大法典及中世紀伊斯蘭哲學中，也充斥著類似的嘗試。
但宗教的核心教義，卻能科學地驗證。這導致了一些宗教人士和信教者謹慎地對待科學。聖餐，如教會宣傳的那樣，不只是一個引人聯想的比喻，而在事實上，的確是那穌基督的血肉嗎？還是不論從化學的、微觀的或其他什麼方式看，僅是牧師遞給你的一小塊未經發酵的圓麵包片(所謂“聖餅”)呢？ (原註：有一段時間對這一問題的回答事關生死，邁爾斯·菲力浦斯，一個英國水手，擱淺於西班牙屬墨西哥，他和他的同伴在1574年被帶到宗教法庭。他們回憶到：“我們是否相信教士舉在他頭頂的主的麵包和聖餐杯中的紅葡萄酒是真實的、毋庸置疑的救世主耶穌基督的肉體和鮮血，是還是否？”“對這個問題”，菲力浦斯補充道，“如果我們的回答不是'是'，那麼我們就死路一條了”。因為這一中美洲的儀式已有500年沒有真正舉行過了，我們可以從這個角度反思那些成千上萬獻給阿茲台克和瑪雅神祗的自願和不自願的犧牲者，他們通過寧靜的信仰和確信他們的死亡是為了拯救字宙而使自己甘心於這一命運)如果不用人向神靈獻祭，在金星52年的循環週期結束時，世界就會毀滅嗎'一個偶然未受割禮的猶太男子，會比他遵循與上帝的古老契約(上帝要求割下每個男性崇拜者的一小塊包皮作為祭品)的篤信宗教的同伴生活得較為糟糕嗎？如伊斯蘭民族斷言，白種人的一個瘋子科學家是用黑種人製造出來的嗎？如果印度教徒不舉行犧牲儀式，太陽果然就不再升起了嗎(在Satapatha Bramana中斷言確實會如此)？
通過研究那些不熟悉的宗教和文化，我們可以對祈禱者的人性根源有所洞悉。例如，在公元前2000年的巴比倫圓柱形印章上，銘刻有這樣一段楔形文字：
寧麻的薩達姆在很久以前就存在了。儘管寧利爾和恩利爾是主神——整個西方文明世界向他們祈禱了2000多年——可憐的米利·史帕克實際上只是對一個幻想、一個能為社會寬恕的想像的產物在作祈禱嗎？如果他是這樣的話，那我們又如何呢？這是一個被禁止的，褻讀神聖的問題嗎？對恩利爾的崇拜者而言，無疑是這樣的。
祈禱真的會發揮作用嗎？它們發揮什麼作用呢？
有一類祈禱乞求上帝干涉人類歷史，或者只是解除某些真實或虛幻的不公正或自然災難。例如，美國西部的主教乞求上帝援手，終止一場毀滅性的干旱。為什麼需要祈禱呢？上帝不知道這場旱災嗎？他沒有意識到旱災威脅到主教的教民嗎？一個被認為是無所不能、無所不知的神的局限意味著什麼呢？主教也要求他的追隨者一起祈禱。當更多的人而不是僅僅少數人祈求憐憫和公正時，上帝更可能進行干預嗎？我們一起來看看下面這則請求(出版於1994年“祈禱者及行動周刊：依阿華基督教每周信息”)：
我們討論過信仰療法。祈禱會使人長壽嗎？維多利亞時代的統計學家弗朗西斯·高爾頓認為；英國君王應該非常長壽，因為全世界每天都有數百萬的人在虔誠地吟誦，“上帝保佑女王(或國王)”。然而，君主們並不比富有而養尊處優的貴族階層的其他成員活得更長。中國自古以來都稱皇帝“萬歲”。古埃及幾乎每個人都祈求眾神讓法老“長生不死”。這些共同的祈禱都失敗了，他們的失敗成為歷史的見證。
通過宣稱宗教是可以驗證的(哪怕是在理論上)，宗教，儘管不情願，進人了科學的競技場中。只要宗教不抓緊世俗的權力，如果它們無法強迫信仰，就不再能夠不受挑戰地對現實作出斷言。這當然激怒了某些宗教的追隨者，他們有時會用能想到的最可怕的懲罰來威嚇懷疑者。看一下威廉·布萊克在他無意中取名為《無辜者的徵兆》的書中描述的信教與否的截然不同的結果吧：
當然，許多宗教由於熱衷於尊敬、敬畏、倫理、禮儀、團體、家庭、慈善和政冶經濟的公平等方面，不但沒有受到科學的挑戰，反而被科學發現所支持。所以說，科學和宗教之間的衝突，並不是必然存在的。在某一層次上，它們共同扮演著相似而和諧的角色，彼此互相需要。公開的激烈的辯論，甚至對神聖的懷疑，可以追溯到約翰·密爾頓的《論出版自由》(1644)的基督教傳統。一些主流的基督教和猶太教派含有甚至期望至少是一定程度的謙遜、自我批評和理性討論，甚至對科學所提供的已被接受的最好的知識的質疑。但另一些教派(有時被稱為保守派或原教旨主義派，現在看起來似乎處於上升狀態，而主流教派幾乎是既聽不到也看不見了)仍站在易被證偽的事物的立場上，因而對科學感到恐懼。
宗教傳統通常是如此的豐富多彩、多種多樣，因而給更新和修改提供了眾多的機會，尤其是當聖典能夠被比喻式或寓言式地解釋的時候。所以，存在著一個承認過去錯誤的緩沖地帶。正如1972年羅馬天主教會承認伽利略終究是正確的，地球確實是圍繞太陽運動。儘管這一承認發生在300年之後，但仍然是需要勇氣的，並受到了人們的極大歡迎。現代的羅馬天主教不再就大爆炸、宇宙有無150億年曆史、最初的生命起源於無機分子、人類由類似猩猩的祖先演化而來等問題與科學家爭論不休，儘管它堅持“上帝使人具有靈魂”的觀點。大多數主流清教派和猶太教派堅持同樣頑固的立場。
在與宗教領導人討論神學時，我常問的一個問題是：如果他們信仰中的一個中心教義被科學否決，他們會做出什麼樣的反應。個別教派的宗教領袖回答說，如果那樣，宗教就不得不發生變化。
進一步，我又問，如果確實是一個中心教義呢？
他回答到，那也一樣。
但是，他又補充道，想否證中心教義往往極其困難的。
坦白他說，他是正確的。隔絕於證偽的宗教教義幾乎沒有理由懼怕科學的進步。像在許多宗教信仰中都存在的，造物主創造宇宙這樣一個偉大思想，就是這樣的教義，證明或證偽同樣困難。
穆斯·邁蒙尼德在《迷途指津》中指出，只有自由和公開地同時研究神學和物理學，才能真正了解上帝，如果科學證明宇宙的年齡無限古老，將會發生什麼呢？顯然神學不得不作一番重大修正。事實上，這是一個可想像到的能證明創世主不存在的科學發現。因為無限古老的宇宙從未被創造過，它一直存在著。
其他一些教義、興趣和關注同樣在擔心科學將會發現什麼。他們建議，也許不知道這些發現更好一些。如果證明了男人和女人具有不同的遺傳特性，難道這不會成為前者壓迫後者的藉口嗎？如果存在暴力傾向的基因，這會不會成為一個種族壓迫另一個種族(甚至是計劃好的血腥屠殺)的合理理由呢？如果精神病源於大腦化學，難道這不會使我們放棄試圖把握現實並對自己行為負責的努力嗎？如果我們不是創世主的手筆，如果我們基本的道德準則只是容易犯錯誤的立法者的發明，這不會削弱我們的為維持一個井然有序的社會所進行的鬥爭嗎？
在上面這些不論是宗教或世俗的例子裡，如果我們知道了最有效地逼近真理的方法，並且對過去得到承認的利益集團和宗教體系所犯的錯誤開明一些，那麼我們現在會好過得多。在每個事例裡，真理被普遍了解的對宗教所造成的損害被誇大了。再者，我們的智慧還不能充分地了解究竟什麼可以服務於更高的社會目的，特別是從長遠考慮更沒有把握，無論在謊言面前，甚至在紛雜的事實面前都是一樣。