鄭成功在收復台灣之後，第二年（康熙元年，公元一六六二）就死了，享壽不過三十九歲。他的早死，和他的“家變”可能也有一點關係。
他的長子鄭經也是個將材，他收復台灣後，命鄭經駐守金門、廈門。鄭經的行為卻是不大正經，和乳母通姦生子。鄭成功聞知大怒，曾派人持令箭到廈門要殺鄭經。但鄭經很得軍心，諸將不肯奉命。不久，鄭成功就病死了。
禍延下代，鄭經接延平王之位，他和奶母所生的兒子鄭克臧也漸漸長大了。史稱他剛毅勇斷，有乃祖風，鄭經很疼愛他，在出兵大陸時，令他守台，號“監國”。但他的祖母（即鄭成功的夫人）董氏認為丈夫是給兒子和奶母生子一事氣死的，因而遷怒於他，極力主張立嫡孫克塽（鄭經次子，正室所生）為世子，後來鄭經又短命死了（比他父親還少一歲，只活三十八歲），克臧遭祖母所廢，自縊而死。克塽嗣延平王位，不過二年，台灣被清水師提督施琅攻陷，克塽降清。
台灣人痛惜克臧之死，建有“監國祠”在鄭成功祠內，附祀克臧夫婦。 （克臧夫人陳氏在丈夫自縊後，絕食七日而死）監國祠有陳謨所題一聯：
說的就是這個家庭悲劇。